Всѣ сыновья Никиты Романовича, по ложному доносу холопа, были обвинены въ намѣреніи извести царя волшебствомъ и отправлены Годуновымъ въ заточеніе. Его не пережили Александръ, Василій и Михаилъ Никитичи. По сказанію лѣтописей, Александръ былъ удавленъ у Бѣлаго моря; Василій и Иванъ были сосланы въ Пелымъ, гдѣ первый умеръ отъ дурного обращенія съ нимъ приставовъ. Михаилъ Никитичъ, богатырь тѣломъ, закованный въ цѣпи въ 3 пуда 10 фунтовъ, содержался въ подземной тюрьмѣ, въ Ныробской волости, близъ Чердыни, гдѣ мѣстные крестьяне сохраняютъ часть его оковъ въ выстроенномъ храмѣ и чтутъ его за святого. Ѳеодора же насильно постригли въ монахи, подъ именемъ Филарета, въ Сійскомъ монастырѣ, а жену его Ксенію разлучили съ дѣтьми, мужемъ и сослали въ Новгородскій уѣздъ, Обонежской пятины, на Онежское озеро. Сына ихъ Михаила, которому шелъ шестой годъ, отправили на Бѣлоозеро съ опальными тетками: княгинею Марѳою Никитичною Черкасскою, Анастасіей Никитичной (тогда еще дѣвицею) и женой Александра Никитича Ульяной Семеновной (рожденной Погожевой). Среди этого родственнаго кружка маленькій Михаилъ, будущій государь Россіи, и его сестрица Татьяна Ѳеодоровна (8-ми лѣтъ) терпѣли на Бѣлоозерѣ тяжкую нужду и росли при очень суровыхъ условіяхъ. Достовѣрно извѣстно, что пристава, смотрѣвшіе за содержаніемъ опальныхъ, часто отказывали имъ даже въ молокѣ и яйцахъ для ихъ стола, а заботливыя тетки Михаила Ѳеодоровича иногда не могли допроситься и куска холста, необходимаго для бѣлья дѣтямъ, ввѣреннымъ ихъ попеченію.
Рис.: Патріархъ Филаретъ, отецъ Міхаила Ѳеодоровича.
Такимъ образомъ боярская знать скрылась по подворьямъ и дальнимъ тюрьмамъ, а обезумѣвшій Борисъ разослалъ всюду особую молитву, которую во всѣхъ домахъ должны были читать за трапезой при заздравной чашѣ за царя и его семейство. Самъ же Годуновъ укрылся во дворцѣ, не выходилъ принимать челобитныхъ, какъ то дѣлали прежде цари, — словомъ, показалъ, что всѣхъ боится. Въ 1604 г. разнеслась по Москвѣ вѣсть, что агенты Годунова въ Угличѣ зарѣзали подставного ребенка, а настоящій царевичъ живъ и идетъ изъ Литвы добывать свой престолъ.
Борисъ, услыша о появленіи Лжедмитрія, прямо сказалъ боярамъ, что это ихъ рукъ дѣло. Личность самозванца до сихъ поръ остается загадочной. По мнѣнію, идущему отъ самого Бориса, это былъ сынъ галицкаго мелкаго дворянина Юрій Отрепьевъ, въ иночествѣ Григорій, который служилъ въ Москвѣ холопомъ у бояръ Романовыхъ и у князя Черкасскаго, затѣмъ сдѣлался монахомъ и за книжность и составленіе похвалы московскимъ чудотворцамъ взятъ былъ къ патріарху въ книгописцы и тутъ съ чего-то сталъ говорить, что онъ будетъ царемъ въ Москвѣ. Ему предстояло заточеніе, но какіе-то сильные люди укрыли его, и онъ бѣжалъ въ Литву въ то самое время, когда гнѣвъ Бориса обрушился на романовскій кружокъ. Большинство историковъ въ Лжедмитріи признаютъ Отрепьева. Н. И. Костомаровъ говоритъ, что ничего не знаетъ объ его личности, а В. С. Иконниковъ и графъ С. Д. Шереметевъ видятъ въ немъ настоящаго царевича. Несомнѣнно одно, что Отрепьевъ участвовалъ въ замыслѣ бояръ, такъ какъ есть извѣстіе, что онъ пріѣхалъ въ Москву вмѣстѣ съ Лжедмитріемъ, а потомъ былъ сосланъ имъ за пьянство. Въ Литвѣ Лжедмитрій во время болѣзни, находясь слугою у русскаго ополячившагося князя Адама Вишневецкаго, открылъ свое царское происхожденіе. Первые, пустившіе въ ходъ самозванца, въ польскомъ обществѣ, были Вишневецкіе и Мнишекъ. Какъ только онъ основался у Мнишковъ въ ихъ Самборѣ, въ Галиціи, около него явились францисканцы, которые овладѣли его умомъ и склонили въ латинство; іезуиты продолжали ихъ дѣло, а ловкая панна Марина Мнишекъ завладѣла сердцемъ юнаго царевича. Король польскій Сигизмундъ III, фанатическій ученикъ іезуитовъ, подавлявшихъ тогда православіе въ западной Россіи, поддержалъ Лжедмитрія деньгами и разрѣшилъ ему набрать войско.
Такимъ образомъ Лжедмитрій явился въ Московское государство сильнымъ искателемъ престола; ему предались не только казаки, но цѣлые города. Вотъ почему давались легко побѣды самозванцу надъ царскими войсками. Борисъ Годуновъ, потрясенный волненіемъ, внезапно умеръ 13 апрѣля 1605, года; войско и народъ Москвы присягнули 16-лѣтнему сыну его Ѳеодору, который, видя, что князья Шуйскій и Мстиславскій не предпринимали рѣшительныхъ дѣйствій противъ сидѣвшаго въ Путивлѣ самозванца, послалъ Басманова, но онъ со всѣмъ войскомъ перешелъ на его сторону, и всѣ высшіе бояре признали Лжедмитрія настоящимъ царемъ.