15 мая 1591 г. царевич Дмитрий был найден на дворе своих угличских хором с перерезанным горлом. Созванный церковным набатом народ застал над телом сына царицу Марию и ее братьев Нагих. Царица била мамку царевича Василису Волохову и кричала, что убийство – дело дьяка Битяговского. Его в это время не было во дворе; услышав набат, он тоже прибежал сюда, но едва успел прийти, как на него кинулись и убили. Тут же убили его сына Данилу и племянника Никиту Качалова. С ними вместе побили каких-то посадских людей и сына Волоховой Осипа. Дня через два была убита еще какая-то «юродивая женка», будто бы портившая царевича. 17 мая узнали об этом событии в Москве и прислали в Углич следственную комиссию, состоявшую из следующих лиц: князя В. Шуйского, окольничего Андрея Клешнина, дьяка Вылузгина и крутицкого митрополита Геласия. Их следственное дело (оно напечатано в «Сборнике государственных грамот и договоров», т. II) выяснило: 1) что царевич сам себя зарезал в припадке падучей болезни в то время, когда играл ножом в «тычку» (вроде нынешней свайки) вместе со своими сверстниками, маленькими жильцами, и 2) что Нагие без всякого основания побудили народ к напрасному убийству невинных лиц. По донесению следственной комиссии, дело было отдано на суждение Патриарха и других духовных лиц. Они обвинили Нагих и «углицких мужиков», но окончательный суд передали в руки светской власти. Царицу Марию сослали в далекий монастырь на Выксу (близ Череповца) и там постригли. Братьев Нагих разослали по разным городам. Виновных в беспорядке угличан казнили и сослали в Пелым, где из угличан будто бы составилось целое поселение; Углич, по преданию, совсем запустел.
Несмотря на то, что правительство отрицало убийство и признало смерть царевича нечаянным самоубийством, в обществе распространился слух, будто царевич Дмитрий убит приверженцами Бориса (Годунова) по Борисову поручению. Слух этот, сначала записанный некоторыми иностранцами, передается затем в виде неоспоримого уже факта, и в нашей письменности являются особые сказания об убиении Дмитрия; составлять их начали во время Василия Шуйского, не ранее того момента, когда была совершена канонизация Дмитрия и мощи его были перенесены в 1606 г. из Углича в Москву. Есть несколько видов этих сказаний, и все они имеют одни и те же черты: рассказывают об убийстве очень правдоподобно и в то же время содержат в себе исторические неточности и несообразности. Затем каждая редакция этих сказаний отличается от прочих не только способом изложения, но и разными подробностями, часто исключающими друг друга. Наиболее распространенным видом является отдельное сказание, включенное в общий летописный свод. В этом сказании рассказывается, что сперва Борис пытался отравить Дмитрия, но видя, что Бог не позволяет яду подействовать, он стал подыскивать через приятеля своего Клешнина таких людей, которые согласились бы убить царевича. Сперва это предложено было Чепчугову и Загряжскому, но они отказались. Согласился один только Битяговский. Самое убийство, по этому сказанию, произошло таким образом: когда сообщница Битяговского, мамка Волохова, вероломно вывела царевича гулять на крыльцо, убийца Волохов подошел к нему и спросил его: «Это у тебя, государь, новое ожерельице?» «Нет, старое», – отвечал ребенок и, чтобы показать ожерелье, поднял головку. В это время Волохов ударил царевича ножом по горлу, но «не захватил ему гортани», ударил неудачно. Кормилица (Жданова), бывшая здесь, бросилась защищать ребенка, но ее Битяговский и Качалов избили, а затем окончательно зарезали ребенка. Составленное лет через 15 или 20 после смерти Дмитрия, это сказание и другие рассказы крайне спутанно и сбивчиво передавали слухи об убийстве, какие ходили тогда в московском обществе. На них поэтому так и нужно смотреть, как на записанные понаслышке. Это не показания очевидцев, а слухи, и свидетельствуют они неоспоримо об одном только, что московское общество твердо верило в насильственную смерть царевича.