Дубельшлюпка также не отставала, и здесь было не мало больных, а остальные «насилу волочатся». Похоронив в морских волнах 13 человек, в том числе лекаря, Шпангберг 14 августа прибыл в Большерецк, а отсюда, не дожидаясь разбежавшихся своих спутников, отправился в Охотск, куда и прибыл 29 августа.
Путешествие Вальтона в общем сходно с плаванием Шпангберга, а потому мы долго останавливаться на нем не будем. Он также побывал на Ниппоне, откуда вынёс не мало ярких впечатлений. «На сей земле, — замечает он в своём путевом журнале, — много золота и жемчуга, и винограду, и сарачинского пшена; но всего по краткости времени осмотреть было не можно». Плывя мимо японских берегов в направлении к юго-западу, он сделал несколько остановок. На него особенное впечатление производят покрытые богатейшей яркозеленой растительностью берега, виноградники, лепящиеся по склонам гор, распространяющие одуряющее благовоние мандариновые рощи, каштановые деревья, а вокруг них обширные селения с жителями учтивыми и ласковыми, но всегда осторожными. Вальтон спустился ещё ниже Шпангберга и достиг 33° 28' широты. Остановившись здесь у одного из островов, моряки высадились на берег, где нашли жемчужные раковины и ветви каких-то невиданных деревьев. В Охотск добрались вполне благополучно.
Далеко не столь благополучно протекало плавание третьего корабля экспедиции — шлюпа «Надежды», которым командовал мичман Шельтинг. Закончив обследование японских берегов, он последним спешил в Охотск. На борту корабля было множество больных, несколько человек уже умерло. Тихая погода, сопутствовавшая плаваниям Шпангберга и Вальтона, сменилась теперь полосой штормов, всю тяжесть которых в этот поход и суждено было испытать «Надежде» и, что всего досаднее было для моряков, всякий раз вблизи от дома. Уже совсем близко находились от Большерецка, как вдруг, вследствие налетевшего неистовой силы шторма, потерявший способность управления корабль едва не очутился на мели. С тяжёлыми повреждениями все же вошли в реку. Залечив раны, через несколько дней двинулись в центральную базу флотилии — Охотск. 18 сентября были уже совсем близко от него, как вдруг — новый шторм с дождём и снегом. «На якорь, за худостью каната, не решались стать и потому, оставаясь в дрейфе, были волнами многократно накрываемы». Шторм унёс моряков на целый градус к югу. При все ещё противном ветре опять стали подниматься на север. Корабль имел весьма потрёпанный вид: снасти по большей части перебиты, паруса изодраны, из людей почти никого здоровых. Погода упорно издевалась над несчастными моряками. Вторично подходили к Охотску, и вторично жестокий противный шторм с дождём и снегом гнал измученных моряков обратно. «Спасая живот», опять легли в дрейф, «и от того момента — широта 58° 18' — счисление прекратилось, потому что не только лаг бросить, но едва можно было на палубе стоять, потому что сильными волнами многократно судно покрывало».
Подошедшим валом огромной величины судно едва не было опрокинуто; люковицы оказались разломанными, вода стала заливать трюм. Привязанные канатами к бортам и мачтам, — чтобы не вынесло за борт, — не покладая рук работали промоченные до нитки моряки, заделывая повреждения и вычерпывая вёдрами воду из трюма. 1 октября снова приблизились к Охотску, и снова та же картина, а между тем провизии и воды становилось на корабле все меньше. Неизвестно, чем закончился бы поход «Надежды» в Охотск, если бы команда не обратилась к командиру с просьбой оставить эти попытки и идти на зимовку в Большерецк на Камчатку. Шельтинг согласился. В Большерецк пришли 7 октября, ещё до наступления заморозков.
Так или иначе, японский поход был выполнен и с результатами не плохими: были открыты, осмотрены и описаны Курильские острова, а также северные части Японии. Весь этот район земного шара получал теперь совершенно иной вид, ничего общего не имевший с теми обозначениями на картах, которые считались в ту пору правильными. Проблематические земли, все эти Компанейские острова, Штаты и пр., красовавшиеся до той поры на картах и прочно запечатлевшиеся во многих умах, должны были навсегда исчезнуть.
Но вот пред нами ещё одна поучительная и вместе печальная страница из истории развития науки. Рутина, косность, интрига, злоба сделали то, что Шпангбергу ещё долго не верили и отнеслись к его донесениям вначале с полнейшим невниманием.
Вернёмся к нашему путешественнику. Прибыв в Охотск, Шпангберг ещё застал там Беринга, оставшегося очень довольным результатами японского похода. Задача похода была безусловно выполнена. Шпангберг заслужил и ожидал для себя больших наград. Но он полагал, что успех всего предприятия станет ещё более значительным, если он приведёт в русское подданство обитателей Курильских островов, о чем было рассказано выше. С этой целью Шпангберг просил Беринга разрешить ему на следующий год совершить ещё один поход. Не учтя предложения Шпангберга и исходя из чисто формальных соображений (по программе на японский поход полагалось лишь два лета, каковые и были уже использованы), Беринг не решился самолично продлить срок экспедиции, а потому направил своего коллегу в Петербург для самостоятельных действий. Донесения же его немедленно отправил в Петербург через Якутск, где Шпангберг должен был провести зиму. Шпангберг выехал в дальний путь, не подозревая, что против него уже вьётся клубок интриг.
Лишь только японская экспедиция закончилась, тайные и явные враги Шпангберга воспрянули духом и принялись строчить в Петербург кляузы. Штурманский офицер Петров, тот самый, которого Шпангберг грозил повесить на рее, объявил на своего начальника страшные «слово и дело». Другой его недруг, готовый при первой возможности перегрызть ему горло, уже известный нам беспокойный Писарев, «боясь бога», но тем не менее исходя из ложных предпосылок и в дальнейшем не без логической последовательности развивая их, — горячо доказывал, что все путешествие Шпангберга обман, что он не был в Японии вовсе, а лишь прошёлся у берегов Кореи.
Своё утверждение Писарев обосновывал прежде всего на некоторых подробностях плавания, главным образом на румбах направлений, которые он разузнал у Вальтона; во-вторых, у него под руками находилась единственная карта Японии Штраленберга, где страна была обозначена прямо на юг от Камчатки. Происхождение этой карты было таково: сделав кое-как поверхностные наблюдения во время своего путешествия с Массершмидтом в Сибирь, Штраленберг, вернувшись к себе на родину в Лейпциг, поручил кому-то на основании представленных им материалов написать за него книгу, а заодно составить и карту. И эта злополучная карта, долго вводившая в заблуждение географов, стала свидетельством против мореплавателей, лично посетивших страну. Вот все аргументы Писарева, но их было достаточно, чтобы возбудить смятение в умах петербургских заправил экспедиции, недоверие и тысячи сомнений, усугублённых ещё Берингом и самим Шпангбергом: первый, просматривая журналы Шпангберга, нашёл там немало ошибок, а второй то же проделал с тетрадями Вальтона. В общем получилась неразбериха, и вполне понятным становится недоумение Адмиралтейств-коллегий: подлинно ли моряки посетили Японию?
Коллегия довольно просто вышла из затруднения: Шпангбергу предписывалось ещё раз проделать вояж в Японию, о чем представить более точные и основательные данные. Как громом, поразило Шпангберга приказание, вручённое ему ещё в Якутске, вернуться в Охотск и повторить своё плавание. Разгневанный незаслуженной несправедливостью, моряк отправился к месту назначения. Но в Петербурге не успокоились на этом; повидимому, у Шпангберга были не только недруги, но и заступники. Для проверки и перевычислений показаний моряков была избрана авторитетная комиссия из моряков под председательством Дмитрия Лаптева и гидрографа адмирала А. Нагаева.
В тяжёлом настроении духа, в августе 1740 года вернулся Шпангберг в Охотск и, конечно, не смог в ту же навигацию осуществить поход. В Охотске ещё находился Беринг, деятельно готовившийся к своему походу в Америку. Никак не предполагая, что Шпангбергу ещё раз придётся пускаться в море, он забрал все его запасы, а также и лучшие его суда; вряд ли он и придавал какое-либо значение новому походу своего коллеги.