Через год после этих событий (март 1549 г.) из Казани пришло известие, что Сафа-Гирей, в очередной раз напившись допьяну, упал и разбился насмерть и ханом провозглашен двухлетний Утемиш-Гирей — его сын от красавицы Сююнбеки, дочери могущественного ногайского князя Юсуфа. Понадеявшись на поддержку крымчаков и ногайцев, казанские вельможи не торопились как-то оформить свои отношения с Москвой, что дало повод московскому царю в феврале 1550 года подступить под стены Казани с 60-тысячным войском. Штурм города, несмотря на огромные потери с той и другой стороны, положительных результатов не дал. А потом начались оттепель и связанные с ней бездорожье, затруднения с подвозом продовольствия и фуража. Русские войска во избежание больших потерь вынуждены были отступить. Тем не менее, не взяв Казань штурмом, Иван Васильевич решил взять ее измором, для чего повелел основать новый город при впадении в Волгу реки Свияги. Свияжск, возведенный за четыре недели, давал возможность русским воеводам контролировать всю правобережную часть Казанского ханства, так называемую Горную Черемису, населенную черемисами (марийцами), чувашами и мордвой, которые с началом строительства крепости стали добровольно переходить в русское подданство. Эта относительно мирная экспансия была подкреплена выставлением казачьих отрядов на всех переправах на Каме, Волге и Вятке. Таким образом, Казань без войны лишалась половины своей территории. Попытки князя Юсуфа оказать давление на Москву, совершая набеги на Рязанские земли, и тем помочь своей дочери и внуку не увенчались успехом. Ногайские орды были разбиты царскими воеводами, а морозы довершили дело. В родные кочевья вернулось лишь несколько десятков воинов.
В Казани же нарастало возмущение против засилья крымчаков, чей предводитель Улан Кощак, став любовником Сююнбеки, уже вынашивал планы по захвату престола. Недовольство обрело форму вооруженного противостояния, и крымчаки, опасаясь, что их выдадут Москве, побросав своих жен и детей и пограбив все, что было можно, бежали вверх по Каме и Вятке, где были наголову разбиты вятским воеводой Зюзиным. Кощака же взяли в плен, отослали в Москву, где вместе с другими пленниками и казнили.
Так Казань оказалась в руках сторонников московского царя, к которому незамедлительно было направлено посольство с просьбой дать им Шиг-Алея и взять к себе малолетнего Утемиш-Гирея с матерью. Иван Васильевич согласился принять под свое покровительство неспокойное ханство, но при условии, что ему будут выданы не только царь с царицей-матерью, но и оставшиеся в Казани крымчаки. Кроме того, он потребовал отпустить всех русских полоняников, чье число приближалось к ста тысячам. В августе 1551 года Шиг-Алея посадили в Казани, и он, согласно договоренности, приступил к освобождению русских пленников. Но уже через некоторое время от оставленных при новом хане боярина Хабарова и дьяка Выродкова стали поступать доносы в Москву. Сообщалось что среди казанцев из-за отказа Ивана Васильевича возвратить им Горную Черемису, а также в связи с убытками, причиняемыми освобождением пленников без всякого выкупа, зреет недовольство. Казанские вельможи, передавали Хабаров с Выродковым, вновь ведут переговоры с крымчаками и ногаями с целью свержения Шиг-Алея и выхода из-под московской зависимости. Узнав об этом, Шиг-Алей, верный слуга московского царя, под предлогом пира заманил к себе всех заговорщиков, а когда те напились, приказал своим слугам и московским стрельцам умертвить их. Семьдесят заговорщиков было убито, остальные разбежались. После этого шаткое положение Шиг-Алея только усугубилось, в связи с чем Иван Васильевич предложил ему ввести в Казань московские войска, но тот, посчитав это прямым предательством своего народа, отказался от подобных действий. Единственное, на что он пошел, так это на увеличение численности стрелецкой охраны.
А недовольство казанцев продолжало расти. В январе 1552 года в Москву прибыла большая делегация, которая, обвинив своего царя во всех смертных грехах, потребовала его смещения, а взамен согласилась перейти в прямое и полное подчинение Москве, принять царского наместника и русский воинский гарнизон. Если этого не произойдет, говорили казанские посланцы, то народ может убить Шиг-Алея и принять к себе царя из других земель.
Такое решение, бескровное завоевание неспокойного царства, вполне устраивало Ивана IV и его окружение. Далее события развиваются следующим образом. Алексей Адашев едет в Казань и сообщает Шиг-Алею решение Москвы. Тот напоследок выводит из строя несколько пушек, отправляет в Свияжск пищали и порох, а 6 марта под предлогом рыбалки сам выезжает из Казани. Через два дня «лучшие казанские люди» уже принимают в Свияжске присягу на верность московскому государю. В ответ Симеон Микулинский, назначенный казанским наместником, клянется, что он и его люди будут «жаловать добрых казанских людей». После этого в Казань направляются Иван Черемисинов — для приведения к присяге остальных людей и восемь детей боярских — для наблюдения за подготовкой помещений, в которых предполагается поселить наместника, его людей и прибывшие с ними полки. Все идет хорошо. В Казань прибывает легкий обоз со съестными припасами и семьюдесятью казаками. Наместник вместе с Иваном Шереметевым и Петром Серебряным в сопровождении сторожевого полка под командой князя Ромодановского направляется к Казани. По пути их дружелюбно встречают татарские князья и мурзы с заверениями в своей преданности. Из Казани поступают радостные вести, что народ казанский продолжает присягать, что царский дворец готов к приему гостей. Ничто не предвещало неудачи до тех пор, пока русские воеводы не совершили роковой ошибки, послав впереди себя князей Ислама и Кебяка, а также мурзу Аликея, которые по прибытии в Казань возмутили население и затворили город. Простояв под стенами Казани два дня, несостоявшийся наместник, не причинив никакого вреда татарским селениям, со всеми своими людьми возвратился в Свияжск. Не столь мирно повели себя казанцы. Перебив всех русских пленных, они послали к ногаям за помощью и пригласили на казанский престол астраханского царевича Едигер-Мехмеда, ранее состоявшего на службе у московского царя и участвовавшего в походе на Казань в 1550 году.
В апреле того же года царь и Боярская дума постановили предпринять решительный поход на Казань. Возглавить поход взялся сам Иван Васильевич. Хотя есть интересное место в последующей переписке Ивана IV с Андреем Курбским, где царь упрекал князя в том, что «ближняя рада», к которой принадлежал и Курбский, против его воли принудила его возглавить поход на Казань. «Вы меня, как пленника, посадили в судно, повезли сквозь безбожную и неверную страну. Если бы не всемогущая десница Божия защитила мое смирение, то я бы непременно лишился жизни». Так что предстоящий подвиг, прославивший Ивана как защитника православия и добавивший к его имени почетную приставку «Грозный», в большей степени «заслуга» его опекунов и воевод. Иван же, выходит, только присутствовал при сем: молился, произносил речи, соглашался с предлагаемыми решениями. А наружу, для истории, выходило: «царь повелел», «царь решил», «царь прозорливо и счастливо предвидел». Итак, произнося «царь», мы должны иметь в виду его ближайшее окружение. «Свита делает короля», — говорили французы.
Но вернемся к самому походу. Первым делом царя в казанском походе стало усиление гарнизона Свияжска, куда он направил своего шурина, царицыного брата Данилу Романовича. Туда же по рекам начали свозить боевые припасы, продовольствие, ратных людей. По всей земле Русской был объявлен сбор войск. Но наступление основных сил на Казань откладывалось в связи с тревожными вестями о походе на Москву нового крымского царя — Девлет-Гирея. Весь июнь 1552 года Иван IV с воеводами и большой ратью поджидал неприятеля в районе Коломны и Каширы, только Девлет-Гирей, опасаясь генерального сражения, решил попользоваться малым и направился к городу Тула, стоящему в степи. Однако тульский воевода князь Григорий Темкин с малочисленным гарнизоном при помощи местных жителей не только отбил два приступа, но, выйдя из города, в открытом бою обратил вспять татаро-турецкое войско. Разгром довершили подоспевшие царские воеводы, догнавшие противника на речке Шивороне.