Ю. Ф. Самарин считал, что в основе исторического развития крестьянства лежит понятие «о нераздельности земледельца с землею».
Еще в 1856 году Самарин распространил записку «О крепостном состоянии и о переходе из него к гражданской свободе», в которой писал: «Правительство, заподозренное народом в предательстве и не внушающее ему никакого доверия, — вот чем мы обязаны крепостному праву в отношении политическом. Может ли считать себя безопасным внутри и благоустроенным государство, под которое подведен этот страшный подкоп? Может ли оно свободно и бестрепетно двигать всеми в нем заключенными силами?» В записке подчеркивалось, что крепостная система нарушает основной закон производительности труда— его свободу. Самаринская записка лежала на столе Александра II зимой 1856— 1857 годов, и нет никакого сомнения в том, что она вселила в государя твердую решимость провести в жизнь освобождение крестьян. И 3 января 1857 года Александр II создал Секретный комитет по крестьянскому делу, в котором принял участие и Самарин, оставивший результаты той деятельности в трех своих дополнительных записках. В комитет привезли свои проекты освобождения крестьян также Кошелев, Терновский и другие. В феврале того же года издан Рескрипт западным губерниям, по которому сохранялись усадебная оседлость (по выкупу) и пользование некоторым количеством земли за оброк и барщину, а с декабря те же меры были предложены петербургскому дворянству.
21 февраля 1858 года Секретный комитет был переименован в Главный комитет по крестьянскому делу под председательством государя, созданы 48 губернских комитетов. В июле 1653 года последовал указ об удельных крестьянах, которые могли приобретать в собственность ненаселенные земли, равно как и отчуждать собственные свои земли без согласия департамента уделов, переходить в сословия однодворцев и мещан и совершать договоры. По предложению Якова Ивановича Ростовцева 17 февраля 1859 года были созданы две редакционные комиссии по крестьянскому делу— общая и частная. Ростовцев на первом заседании комиссия 4 марта 1859 года сказал, что крестьяне должны получить полную возможность на приобретение в собственность не только усадебные земли, которые не представляют собой обеспечение их быта, но и достаточное количество полевой земли. И что к обязательным отношениям, особенно барщине, надо относиться отрицательно, так как они представляют то же крепостное право, только облеченное в законные формы и потому еще более невыносимое. В его речи также было подчеркнуто, что ежегодная плата крестьянами как процентов, так и погашения выкупного капитала не должны быть выше существующих повинностей, иначе не будет улучшения их быта.
Со второй половины 1859 года фактическим руководителем работ по подготовке крестьянской реформы становится Николай Алексеевич Милютин. На совещании 10 августа 1859 года был собран весь цвет редакционных комиссий: и Милютин, и Черкасский, и Як. Соловьев, и Жуковский, и П. Семенов, и Самарин. 10 октября 1860 года был закончен редакционный свод об освобождении крестьян, и комиссии были закрыты. Но при их закрытии Ростовцева уже не было. Ежедневный тяжкий труд, душевные переживания за судьбу крестьянства, удушливые наскоки некоторых членов редакционных комиссий надломили здоровье этого истинного гражданина России, и он 6 февраля 1860 года скончался в расцвете сил. Вечная ему память!
Ю. Ф. Самарину суждено было в записке 1856 года произнести первое смелое слово по разработке крестьянской реформы и на его же долю выпало сказать заключительное слово — составить краткую объяснительную записку к проекту крестьянского положения. Самарин в ней говорил: «Пробужденные силы народа получат правильное направление, и опасность потрясений будет избегнута». 14 января 1861 года закончилось прохождение проекта через Главный комитет, а 28 января дело перешло в Государственный совет и там было завершено 17 февраля. Последнее поручение, которое выполнил Самарин,— это написание проекта Манифеста об освобождении крестьян, но он, подготовив его, остался им недоволен, а граф Панин нашел его длинным и по языку негосударственным актом. Потому обратились к митрополиту Филарету, который и составил текст Манифеста. 19 февраля 1861 года Александр II подписал закон об освобождении крестьян и этот Манифест к народу.