Работая в 1902—1903 годах гродненским и ковенским губернатором (там земля по большей части находилась в подворном владении), Петр Аркадьевич познал все преимущества этого владения. В 1904 году в докладе правительству из Саратова П. А. Столыпин писал: «Жажда земли, аграрные беспорядки сами по себе указывают на те меры, которые могут вывести крестьянское население из настоящего ненормального положения. Единственным противовесом общинному началу является единоличная собственность… Если бы дать возможность трудолюбивому землеробу получить сначала временно в виде искуса, а затем закрепить за ним отдельный земельный участок, вырезанный из государственных земель или из земельного фонда Крестьянского банка, то наряду с общиной, где она жизненна, появился бы самостоятельный зажиточный поселянин, устойчивый представитель земли. Такой тип уже зародился в западных губерниях».
В 1905 году в Саратове в доме Столыпиных был убит генерал-адъютант Сахаров, присланный подавлять мятежи. Был бы рядом Петр Аркадьевич — и ему бы несдобровать! Летом того же года в Столыпина стреляли в одной из деревень губернии, а один погромщик попал в его больную правую руку булыжником, когда тот защищал от расправы группу земских врачей. А потом было покушение на театральной площади: бомба упала к его ногам и убила нескольких человек, но губернатор остался чудом жив. Еще раз револьвер был наведен в упор и тоже перед толпою, «Стреляй», — сказал Столыпин. И террорист бросил револьвер. Угрожали: отравим двухлетнего сына — единственного после пяти дочерей. Но Столыпин ездил без оружия по губернии, и именно туда, где шла необъявленная революционная война, подогреваемая левыми. И то было следствием неустройства крестьянской жизни: невозможности подлинного владения землею, которую только и любил крестьянин и которая только и врачевала его нравственно-духовные раны. Причина всему — видел Петр Аркадьевич — общинное землевладение.
В апреле 1905 года П. А. Столыпин был назначен министром внутренних дел. Два его предшественника на этом посту были убиты. По просьбе государя 3 июля 1906 года Петр Аркадьевич возглавил правительство. Преследователи не оставляли его в покое и здесь, в С.-Петербурге, все время охотились за ним. Как писал его сын — Аркадий Петрович, да и сообщали многие свидетели того времени, новый глава правительства настоял на том, чтобы его субботние приемные дни были доступны для всех. Ни предъявления письменного приглашения, ни даже какого-либо удостоверения личности от приходивших на прием не требовалось. Таким путем и проникли в подъезд террористы, переодетые в жандармскую форму. Они взорвали его дачу на Аптекарском остроге. Тяжелые ранения получили 32 человека, а 27 человек были убиты. Единственный сын Аркадий — 3-х лет и старшая дочь Наташа— 14 лет, были выкинуты взрывом на набережную и также получили ранения. Сам же Петр Аркадьевич чудом уцелел.
А затем за один год были пресечены покушения на него групп Добржинского, Строгальщикова, Фейги Элькиной, Лейбы Либермана, «летучих отрядов» Розы Рабинович, Леи Лапиной и Трауберга. Террористы пытались убить Столыпина во что бы то ни стало. Крестьянский мир, а значит, и Россия висели на волоске, ибо от его веры, таланта и воли зависела их судьба.
Главный устой России был завязан здесь, в деревне, и его надо было укрепить, несмотря на то, что продолжали гореть поместья, взрывались бомбы, убивались честные служители государства, бунтовали воинские части и крестьяне. Как никто, он понимал, что лечить страну надо с решения крестьянского вопроса, что нужна и уступка казенных, удельных, кабинетных, заповедных земель, и понижение платежей по ссудам, и увеличение кредита,— все это надо делать, но главное — свободный выход из общины. «Чувство личной собственности такое же естественное влечение, как чувство голода, как влечение к продолжению рода, как всякое другое природное свойство человека»,— неустанно говорил П. А. Столыпин. Он считал, что реформа 1861 года осуществила только первую часть задачи, вторая ее часть, опоздавшая на 45 лет,— освобождение крестьянина от общины. На осуществление этой главной части реформы потребуется 10—15 лет — и тогда никакие потрясения государству будут не страшны. Летом 1907 года опять готовилось покушение: в Петра Аркадьевича должен был стрелять из ложи Думы социалист-революционер с паспортом итальянского корреспондента. Оно не удалось, П. А. Столыпин знал, что погибнет от рук убийц, и потому завещал «похоронить его там, где он будет убит». Но в Думе, и в печати, и в народе продолжал звучать его голос.