Успешное наступление с юга под руководством дуэта Хэлси — МакАртур стало возможным, благодаря усилиям обоих командующих по нейтрализации Рабаула. Необходимость высадки десанта отпала. Одновременно с этим адмирал Спрюэнс добился серьезных успехов в центральной части океана на Гилбертовых и Маршалловых островах. Поэтому в марте 1944 года ОКНШ решил обойти мощную японскую базу на Труке, нейтрализовав ее, как и Рабаул, атаками с воздуха. МакАртур настаивал на необходимости сосредоточить все американские силы для совместного удара с юга в направлении Филиппин под его общим командованием. Силами флота в этом наступлении должен был командовать Хэлси. Хотя это означало подчинение генералу, Хэлси согласился с предложением МакАртура, как и большая часть самых влиятельных советников Нимица. Однако возобладало мнение адмирала Кинга, и в марте 1944 года ОКНШ принял решение продолжать наступление на Лусон и Формозу с двух направлений, что не позволило бы японцам сосредоточить свои силы.
Хотя дальнейшее развитие событий показало правильность мнения Кинга, оно оказалось роковым для Хэлси. Наступать должны были МакАртур (Юго-Запад Тихого океана) и Нимиц (Центральная часть Тихого океана). В результате Южная часть Тихого океана, где главнокомандующим был Хэлси, в июне 1944 года оказалась тыловой зоной. Адмирал получил новое назначение. Он стал командующим 3 Флотом, то есть тем же самым «большим голубым флотом», которым командовал Спрюэнс, хотя в его руках он превращался в 5 Флот. Спрюэнс находился у руля во время захвата Филиппин летом 1944 года, пока Хэлси со своим штабом оставался в Пирл-Харборе, вместе с Нимицем планируя будущую операцию. Ею должно было стать освобождение Филиппин, и флоту просто предстояло поменять номер. В отличие от Спрюэнса, который находился в прямом подчинении Нимицу, Хэлси снова приходилось играть двоякую роль. Он должен был обеспечить стратегическое прикрытие войск МакАртура, действуя под командованием Нимица. Нимиц и МакАртур подчинялись только ОКНШ в Вашингтоне. Такое разделение командования объяснялось очень просто. Флот не желал рисковать, передавая в подчинение МакАртуру свое Быстроходное Авианосное Соединение. Опасения моряков усиливал тот факт, что сам МакАртур не передавал в подчинение флоту ни одно из своих подразделений.
Возникло еще одно затруднение, которое могло помешать Хэлси действовать во время Филиппинской кампании наиболее эффективным образом. Хотя он имел титул командующего 3 Флотом, теперь ему подчинялись уже не десантные соединения. Впервые за последние 2 года Хэлси пришлось непосредственно командовать эскадренными авианосцами. Когда в 1942 году он покидал пост командующего Авианосными силами Тихоокеанского флота, в его распоряжении находились всего 2 корабля — «Энтерпрайз» и «Хорнет». Сегодня, в конце августа 1944 года, он вернулся в море, чтобы получить не меньше 16 быстроходных авианосцев — новые корабли типа «Эссекс» и его любимый «Большой Э».[83] Так как за десантные операции отвечал 7 Флот, подчинявшийся МакАртуру, 3 Флот можно было с любой точки зрения считать возродившимися Авианосными силами. С административной точки зрения он назывался Оперативным Соединением 38 и имел своего собственного тактического командира — вице-адмирала Марка Э. Митчера, который занимал этот пост и под командованием Спрюэнса. Митчер должен был вернуться в Пирл-Харбор вместе со Спрюэнсом, как только его преемник вице-адмирал МакКейн освободится от обязанностей командира оперативной группы. Хэлси получал свободу тактических действий и мог руководить своими авианосцами с прежними энергией и независимостью, которые он продемонстрировал в первые дни войны. Хэлси поднял флаг на новом быстроходном линкоре «Нью Джерси». Эти корабли были распределены в качестве прикрытия между авианосными оперативными группами, но при необходимости их можно было свести в отдельное Оперативное Соединение 34. Координация действий соединения с действиями МакАртура была очень сложной задачей из-за масштабов предстоящей десантной операции.