Операция началась в первых числах сентября 1944 года ударами авианосных самолетов по японским аэродромам на острове Минданао (Южные Филиппины). Хэлси был удивлен слабым сопротивлением врага. Его задачей было уничтожение японской авиации перед высадкой МакАртура на Минданао, которая должна была произойти 15 ноября. 20 декабря планировалось провести высадку на острове Лейте в центре архипелага, а еще позднее — на Лусоне и Формозе. После захвата островов на них планировалось создать базы армейской авиации, которая поддержала бы последующие десанты. 12–13 сентября авианосцы нанесли удары по островам Визайяс (Центральные Филиппины), и снова сопротивление врага было минимальным. Пилот, сбитый над Лейте и спасенный филиппинцами, из первых рук узнал о слабости японской авиации на центральных островах. Эти сведения были сразу переданы Хэлси, когда летчика забрал гидросамолет.
Хэлси и его штаб сразу решили, что можно обойти Минданао и высадиться на Лейте гораздо раньше, чем планировалось. Быстроходные авианосцы и два десятка эскортных авианосцев 7 Флота вполне могли обеспечить поддержку войск, пока на берегу не будут построены аэродромы. В полдень 13 сентября Хэлси передал эти рекомендации Нимицу. Нимиц и МакАртур 14 сентября обсудили их и запросили утверждения у Союзного ОКШН, проводившего совещание в Канаде. Разрешение было получено, и сроки операций на Тихом океане были сдвинуты на 2 месяца вперед. Теперь планировалось высадиться 20 октября сразу на Лейте, а не на Минданао. Высадку на остров Миндоро, находящийся чуть южнее Лусона, планировалось провести 5 декабря, а на сам Лусон — 12 декабря, хотя эти операции позднее были немного задержаны. Войска, предназначенные для высадки на Минданао и другие острова, теперь должны были подготовиться к выполнению иных задач. Снова операция была связана с некоторым риском, так как осенние дожди могли помешать армии построить аэродромы на Лейте. Однако это был оправданный риск, типичный для Хэлси, и дальнейшие события показали, что он не потерял своей интуиции.
Остаток сентября авианосцы Хэлси наносили удары по японским укреплениям на Филиппинах. В результате было уничтожено почти 900 вражеских самолетов (большей частью на земле) и были потоплены торговые суда общим водоизмещением 224000 тонн. Пошли на дно также несколько мелких военных кораблей. Потом 3 Флот отошел на недавно захваченные якорные стоянки в центре Тихого океана, чтобы подготовиться к высадке на Лейте.
Задача Хэлси была совершенно ясна. 3 Флот — он же ОС 38 — должен был изолировать остров Лейте и не допустить переброски туда вражеских подкреплений по морю и воздуху. Это означало, что 4 авианосные группы будут наносить удары по японским аэродромам и судоходству на всех Филиппинах до начала высадки, во время ее и после 20 октября. 7 Флот вице-адмирала Томаса К. Кинкейда, который находился в прямом подчинении МакАртура, должен был оказывать тактическую поддержку армии. Его старые линкоры, крейсера и эсминцы должны были обстреливать побережье, а 18 эскортных авианосцев обеспечивали поддержку с воздуха. Неизвестным оставался лишь один фактор — японский флот. Американцы не предполагали, что он решится на выход в море до их высадки на Минданао или Лусоне. Однако Нимиц надеялся, что высадка на Лейте все-таки вынудит японцев выйти в район к востоку от Филиппин, откуда им будет очень трудно вернуться в свои базы.
Как был уверен Нимиц, если японские линкоры и авианосцы дадут бой, чтобы защитить Лейте, Хэлси постарается их уничтожить. Один из приказов, полученных Хэлси, гласил: «Если появится возможность уничтожить большую часть вражеского флота, его уничтожение становится нашей главной задачей». Причиной появления этого приказа было откровенное неудовольствие Нимица, высказанное после июньского боя в Филиппинском море, когда американцам не удалось окончательно разгромить японский флот. В этом сражении Спрюэнс держал авианосцы как можно ближе к десантным силам, чтобы не позволить японцам обойти себя и нанести удар по плацдармам на Сайпане. Были уничтожены 3 японских авианосца и 400 самолетов, однако 6 авианосцев удрали и снова могли вступить в бой. Нимиц не давал Спрюэнсу конкретных приказаний, отсюда и его решение четко определить задачу Хэлси у Лейте. Учитывая агрессивность Буйвола Хэлси, можно было не опасаться, что японцы обойдут 3 Флот, чтобы атаковать плацдармы МакАртура.