Все недостатки стиля руководства Хэлси проявились практически немедленно, ведь адмиралы Быстроходного Авианосного Соединения привыкли к четкой работе команды Спрюэнс — Митчер. В середине декабря 1944 года промахи Хэлси привели к трагическим последствиям, так как он ухитрился подставить свой флот под удар тайфуна. В результате перевернулись и затонули 3 эсминца, погибло много людей. Хэлси защищался привычным образом — он должен был любой ценой провести намеченные воздушные атаки в поддержку войск МакАртура. В начале следующего месяца он завел 3 Флот в Южно-Китайское море, прикрывая высадку американских войск в заливе Лингаен на западе Лусона, хотя лично адмирала больше интересовало уничтожение 2 линкоров-авианосцев, спасшихся во время битвы за Лейте. Он даже приказал пропустить большой конвой, чтобы сохранить элемент внезапности и попытаться поймать эти 2 почти бесполезных корабля. Впрочем, он их так и не нашел. Нанеся серию ударов по целям в Индокитае, 3 Флот обнаружил, что выход из Южно-Китайского моря закрывают штормовые муссоны. Хэлси потребовал разрешения вывести флот через узкий пролив Суригао. Это было бы слишком рискованно и подставило бы флот под удары камикадзэ. Поэтому Нимиц приказал Хэлси ожидать улучшения погоды, которое позволит обогнуть Филиппины с севера. После потери «Принстона» Хэлси стал опасаться подводить свои авианосцы слишком близко к вражеским аэродромам. Он предпочитал наносить удары с предельной дистанции, хотя это сокращало время пребывания ударной группы над целью и бомбовую нагрузку (самолетам приходилось брать больше топлива). Все это приводило к утомлению пилотов и повышало уровень потерь. Эффективность ударов авианосной авиации падала.
С февраля по май Хэлси и МакКейна сменили Спрюэнс и Митчер, которые и руководили действиями флота во время высадок на Иводзиме и Окинаве. Хэлси вернулся, когда началось планирование высадки в Японию. В ходе ударов по аэродромам южной Японии он еще раз завел свой флот в тайфун. Адмирал Кинг обвинил в обоих инцидентах лично Хэлси. Подобные промахи во время решающих боев Тихоокеанской войны были недопустимы, поэтому в середине июня, когда авианосцы начали серию ударов по заводам и аэродромам в самой Японии, Кинг объявил, что осенью произойдет смена командования. Десантными силами должен был командовать Спрюэнс, а Хэлси приходилось ограничиться стратегической поддержкой, крейсируя вдоль японского побережья. Откровенно слабого МакКейна, который вдобавок еще и заболел, на посту командира ОС 38 сменил пунктуальный вице-адмирал Джек Тауэрс. Но Япония капитулировала в середине августа, и необходимость высаживать десант отпала.
К дню капитуляции Японии морская война значительно изменила свой характер. Отважные командиры отдельной эскадры — каким был Хэлси — должны были уступить место скрупулезным штабистам, которые могли справиться со сложнейшими проблемами организации десантных операций и управлением огромными соединениями. Однако нельзя преуменьшить роль, которую сыграл вдохновенный стиль Хэлси в 1942 году. Он был одним из главных факторов, поднявших моральный дух американцев и обеспечивших перелом в ходе военных действий на юге Тихого океана. Именно за эти достижения в декабре 1945 года Хэлси, вполне заслуженно, получил звание адмирала флота.
Хотя Хэлси не сыграл большой роли в выработке стратегических решений, этим занимались более глубокие умы, он все-таки показал искру гения, когда порекомендовал обойти Минданао и ускорить высадку на Лейте. Его ошибки в ходе битвы за Лейте не привели к катастрофе. Они даже не замедлили темп операции на Филиппинах, однако послужили причиной потерь в людях и технике. То же самое можно сказать и об эпизодах с двумя тайфунами. Агрессивный стиль руководства был сильной стороной Хэлси, однако он не раз допускал публичные бестактности, вроде намерения проехать верхом на императорской лошади через Токио. В результате в последние 12 месяцев войны он подвергался жесткой критике внутри флота. Кроме того, Хэлси явно устал от долгой и тяжелой службы. Благодаря своим ошибкам и шутовству, он стал досадной помехой для командования флота, и сам заставил забыть о своих выдающихся действиях в годы войны. Хэлси ушел в отставку в апреле 1947 года. Критика, которой он подвергался со стороны исследователей и историков, отравляла ему жизнь до самых последних дней. Хэлси скончался 16 августа 1959 года.
Однако в длинной череде флотоводцев харизматический образ Буйвола Хэлси останется навсегда, благодаря его блестящим личным качествам, проявленным во время первых авианосных рейдов, в боях за Гуадалканал и кампании на Соломоновых островах. Как и ранее Нельсон, Хэлси стал идолом для публики и своих подчиненных, которые не желали видеть его недостатков, так как им требовался великий флотоводец. Так создаются легенды, особенно когда герои, подобные Хэлси, уходят вместе со своей эпохой, оставляя потомкам лишь теплую память о себе.