Хотя Тромп не участвовал в крупных сражениях, когда командовал «Гельдерландом», если не считать боя с 5 крупными дюнкеркскими корсарами весной 1627 года, он привлек внимание адмиралтейства. В начале 1629 года только что назначенный лейтенант-адмиралом Голландии Пит Хейн попросил Тромпа стать капитаном его флагманского корабля «De Groene Draek».[5] Хейн писал, что у него достаточно храбрых капитанов, однако в Тромпе он видит задатки великого флотоводца. К несчастью, сотрудничество этих двух великих людей оказалось не слишком долгим. Во время их первого сражения с 10 крупными корсарскими кораблями у Данджнесса 17 июня 1629 года Хейн был смертельно ранен. Тромп продолжал бой, не спуская адмиральского флага. Голландцы победили после тяжелого сражения, шедшего весь день. Позднее Тромп доставил тело Хейна в Роттердам и получил в награду от совета провинции Голландия золотую цепь.
На следующий год Тромп продолжал действия против дюнкеркских пиратов, добившись значительного успеха. Однажды он захватил губернатора Дюнкерка и доставил его в Роттердам в качестве пленника. За этот подвиг он получил еще одну золотую цепь и другие награды, на сей раз от адмиралтейства.
Когда его новый главнокомандующий вице-адмирал Лифхеббер сошел на берег, чтобы следить за строительством флагманского корабля, Тромп временно стал командиром крейсерской эскадры. 16 марта 1630 года штатгальтер Фридрих-Генрих присвоил ему звание старшего капитана. Это означало, что Тромп получает постоянное звание капитана, не считая должности командира корабля. Вдобавок он получил титул капитан-командора и золотую медаль от Генеральных Штатов. Теперь он принадлежал к группе из 60 капитанов, которые имели постоянные должности, и его доля в призовых деньгах, полученных от продажи захваченных судов, резко возросла.
Характерной для Тромпа чертой было то, что он делил свои успехи с подчиненными. Не раз он требовал и получал вознаграждение для команды своего корабля. За свою всегда дружескую манеру разговора, ровный характер и блестящие командирские качества Тромп получил прозвище «Bestevaer», что в буквальном переводе означает «Дедушка» или «Старик». Однако на флоте это слово означало «лучший из командиров». После Тромпа лишь де Рейтер заслужил его.
В конце 1631 года произошел инцидент, который серьезно огорчил Тромпа. Его знаменитый «De Groene Draek» разбился в 2 милях к западу от Флиссингена из-за ошибки лоцмана. Но через 6 месяцев Тромп получил новейший корабль «Prince Hendrik».
Следующий год принес Тромпу массу разочарований, и по многим причинам. Нехватка кораблей вызвала перепалку между адмиралтействами и Генеральными Штатами относительно использования единственной эскадры, оставшейся в отечественных водах. Роттердамское адмиралтейство желало помочь своим купцам, прикрывая конвои торговых судов. Генеральные Штаты, напротив, подчеркивали важность защиты от корсаров, а также необходимость перехватывать подкрепления и оружие, отправленные из Испании вражеской армии во Фландрии. Чтобы решить обе задачи, флот почти постоянно находился в море. Экипажи не получали отдыха, а корабли — ремонта. И венчала всё проблема выбора нового командующего флотом. Традиция требовала, чтобы на эту должность был назначен дворянин, невзирая на его способности. В случае с Питом Хейном штатгальтер Фридрих-Генрих сумел поломать глупое правило, но после неожиданной смерти Хейна традиция снова взяла верх. Командующим флотом был назначен достопочтенный Филипс ван Дорп, с которым Тромп не желал даже разговаривать.
Когда в ноябре 1633 года скончалась жена Тромпа, оставив ему троих маленьких сыновей, он сделал свой выбор. 30 мая 1634 года Тромп увольняется со службы. Это было свидетельством некомпетентности ван Дорпа и говорило о полном разложении в руководстве страны, так как ни флот, ни правительство не попытались убедить Тромпа остаться.
Маартен Харпертсзон нашел очень спокойную работу дьякона и посвятил себя воспитанию сыновей. Он нашел свое счастье, женившись 12 сентября 1634 года на Эльтген ван Аркенбоут. Однако через 15 месяцев совет провинции Голландия попросил его вернуться на флот в должности вице-адмирала. Летом прошлого года известный дюнкеркский корсар Жак Колер сумел прорвать голландскую блокаду с флотом из 14 прекрасных кораблей и 6 фрегатов и начал истреблять рыбацкие суда вместе с их слабым сопровождением. Досталось и крейсерским эскадрам голландского флота. Наконец совет провинции признал, что флоту требуется профессиональный командующий. Тем не менее, Тромп отклонил предложение, помня о своих спорах с ван Дорпом и отказе Роттердамского адмиралтейства возместить ему расходы, которые он лично понес при оснащении своего корабля. Кроме того, памятны были и проблемы с набором экипажа. Даже вмешательство Фридриха-Генриха не смогло переубедить Тромпа. С ядовитой вежливостью Тромп объяснил, что не хочет оскорбить командующего флотом, выведя корабли в море, тогда как «джентльмены» — ван Дорп и Лифхеббер — останутся на берегу. Оба адмирала проглотили оскорбление молча.