Утрата древней языческой культуры не означала, что Египет лишился письменности и хроник. Имперская администрация, как и повсюду в Восточной Римской империи, пользовалась греческим языком. Церковь тоже приняла видоизмененный греческий алфавит для записи устного народного языка египтян. Коптский язык стал инструментом, донесшим до нас разрастающуюся христианскую литературу и предания. Коптской стали называть и местную церковь.
Введение христианства в качестве единственной официальной религии Египта и обращение большинства населения в новую веру не означали окончания идеологической борьбы. Монофизитская схизма, вызвавшая раскол церкви в Сирии, в Египте приняла еще более яростную форму. Огромное большинство египетских епископов и монахов наотрез отказывались принимать решения Халкедонского собора 451 года, объявившего диофизитское христианство государственной религией Римской империи. Начиная с этого момента между назначенным имперскими властями патриархом Александрии и остальной египетской церковью образовался открытый и часто враждебный раскол. Оппозиция, которую теперь называют коптской церковью, избирала собственного патриарха и епископов. В маленьких городах и селениях долины Нила и в многочисленных монастырях на краю пустыни на византийских священников из Александрии смотрели как на чужаков, угнетателей и, прежде всего, еретиков. Не многие встали бы на их защиту при нападении извне.
Власть Византии, как и в других областях Среднего Востока, была подорвана серией катастроф, начавшихся с середины VI века. В 541 году Египет стал первой из стран в бассейне Средиземноморья, пострадавших от чумы, вызвавшей громадные опустошения повсюду. За первой вспышкой эпидемии последовали новые, и предполагают, что население в результате сократилось до трех миллионов человек. Великие персидские войны, начавшиеся в 602 году, тоже сказались на Египте. Сначала военная кампания ограничивалась севером Сирии и Анатолией, но после падения Иерусалима в мае 614 года Египет попал во фронтовую полосу. Страну заполонили беженцы, спасающиеся от персов. В 617 году персидская армия вторглась в Египет по прибрежной дороге из Палестины. Персы захватили Пелизиум, разграбили монастыри и направились на юг в верховья дельты Нила. Неизвестно, оказал ли сопротивление Вавилон Египетский с древним римским фортом, охранявшим этот важный стратегический пункт. Миновав его, персидское войско направилось на северо-запад вдоль западного края дельты к Александрии. Здесь персы впервые за всю кампанию столкнулись с серьезным сопротивлением. Городская стена явно была в хорошем состоянии. Современный сирийский источник сообщает, что город «был выстроен Александром согласно советам его учителя Аристотеля, опоясан стеной, окруженной водами Нила, и снабжен крепкими воротами». Эти стены активно оборонялись, и персидская армия встала в осаду. При этом она, пользуясь случаем, захватила и разграбила окружавшие город монастыри. Возможно, горожане пали духом, оказавшись отрезанными от подвоза продовольствия и без надежды на помощь из Константинополя, но известны также и предания об измене и предательстве одного из жителей города. В конце концов персидское войско, видимо, вошло в город через гавань и водоводы, оборонявшиеся слабее, чем стены. В 619 году персы овладели Александрией. Затем персидское войско ушло на юг, грабя селения и захватывая многочисленные монастыри, пока не покорило всю страну в долине Нила до самого Асуана.
Поначалу персы, захватывая Египет, как и Палестину, кажется, не щадили ни людей, ни имущества, ни, тем более, церквей и их сокровищ, однако, установив свою власть, они стали править более легкой рукой: отсутствуют свидетельства, что они принуждали кого-либо принять зороастрийскую религию или хотя бы призывали к обращению в новую веру Персы, несомненно, оставались в стране чуждым и отдельным меньшинством без глубоких корней.
Нам мало известно об одиннадцати годах персидского правления, окончившегося вполне мирно. В июле 629 года император Ираклий, к тому времени вступивший в Персию и захвативший Ктесифон, встретился с персидским военачальником Сарваразом (Шахбаразом) в Арабиссосе на юго-востоке Турции и заключил соглашение о выводе всех оставшихся в Египте войск.