Восстановление административной власти Восточной Римской империи само по себе не нарушило мира и гармонии. В этот период, как и во многих других случаях, ожесточение вызывалось враждой между различными христианскими сектами: в данном случае — между преобладающей монофизитской коптской церковью и малочисленными халкедонцами, пользовавшимися поддержкой константинопольских властей. В Египте вражда еще подогревалась жестким личным соперничеством. Коптский патриарх Вениамин происходил из семьи богатых землевладельцев. На Рождество 621 года, во время персидского владычества, он вступил в монастырь под Александрией, где скоро выделился своей ученостью и благочестием. По словам преклоняющегося перед ним биографа, он был «красив и красноречив, и речи его были сдержанны и полны достоинства». Он скоро переселился в город как главный помощник коптского патриарха Андроника, и тот перед кончиной в 623 году назначил Вениамина, которому тогда было около 35 лет, своим преемником. При сравнительно мягком отношении персидского правительства новый патриарх принялся за реформацию церкви, отправившись в инспекционную поездку в Вавилон и Хулван, где народ радушно принимал его.
Восстановление власти Византии положило конец эпохе веротерпимости. Ираклий в Египте, как и в Сирии, решительно стремился объединить церковь под властью империи. Для этой цели он назначил некоего Кира, по непонятным причинам называемого в арабских источниках Аль-Мукавкисом. Тот, как многие сторонники Ираклия, был уроженцем Кавказа и до тех пор епископствовал в Фасисе. У него, в отличие от Вениамина, не было египетских корней, и страны он не знал, теперь он оказался на посту патриарха Александрии и одновременно гражданского правителя Египта, практически наместника.
С прибытием Кира осенью 631 года Вениамин бежал из города, получив, как рассказывали, предупреждение от явившегося во сне ангела. Перед бегством он призвал священство и мир крепко держаться своей веры и написал ко всем епископам, советуя им бежать в горы и пустыни, чтобы скрыться от грядущего гнева. Затем он ночью выбрался из города и направился сначала к поселению Map Мина, а оттуда, следуя вдоль западного края дельты Нила, добрался до маленького монастыря близ Куса в Верхнем Египте, прославленного в будущих веках как его убежище.
Кир прибыл во всеоружии имперской власти и взялся за задачу по объединению халкедонян-диофизитов и коптов-монофизитов в изобретенной императором монофелитской теологической формуле, которая стремилась отыскать общую почву для обоих течений. Насколько мы можем судить, Кир был человеком решительным, но довольно жестким, и приказывать для него было естественнее, чем убеждать. Он созвал собор в Александрии, но собрание не достигло успеха. Сторонники Халкедонского собора считали, что должны слишком многим поступиться, и оказывали очень вялую и неохотную поддержку. Копты же напрочь отвергали новое учение. Для них эта формула была вовсе не компромиссом, а новой попыткой провести ненавистную доктрину Халкедонского собора. Сгладить противоречия не удалось, и пропасть между грекоязычным военным и правящим классом Александрии и большинством коптского населения осталась столь же глубокой и непреодолимой, как прежде.
По всей стране расставили ромейские гарнизоны, и Кир начал силой устанавливать власть империи. Коптские источники — жития святых и патриархов — рисуют живую картину беспощадных и систематических преследований, а Кира ставят чуть ли не на одну доску с языческими императорами, подвергавшими гонениям христиан в III веке. Коптская церковь не выиграла от замены власти персов на христианскую. Как говорит Батлер: «Наказание бичами сменилось на наказание скорпионами». Множились рассказы о жестокости Кира и византийских властей и о героическом сопротивлении коптов. Родной брат Вениамина Мина стал мучеником, и верующие с трепетом описывали страдания, принятые им за веру. Сначала его пытали огнем, «пока жир не стал капать с его боков на землю». Затем ему вырвали зубы. Затем его засунули в мешок, полный песка. Всякий раз ему предлагали сохранить жизнь, если он примет решение Халкедонского собора, и всякий раз он отказывался. Наконец его вывезли на семь полетов стрелы в море и утопили. Биограф Вениамина не сомневается в том, за кем осталась победа: «Не они торжествовали над Миной, но Мина своим христианским долготерпением победил их».
Рассказывают, что гонения продолжались десять лет. Действительно ли они были так жестоки и беспощадны, как рисуют их жития мучеников, мы не знаем, но описания передают атмосферу страха и глубоко укоренившейся враждебности к имперским властям. Вероятно, многие копты считали, что любая перемена будет к лучшему.