Впрочем, археологические свидетельства предполагают, что блеск античной Александрии к тому времени отчасти померк. Фаросский маяк еще светил на входе в гавань, и главная улица города все еще повторяла курс древнеримской Виа Канопика, но восточная часть города пришла в сильное запустение. Более того, важная южная гавань на озере Мареотис была разрушена во время стычек между сторонниками императора Фоки и его соперника Ираклия в 608-610 годах. Они же уничтожили систему каналов. Разрушения заставили жителей покинуть и эту часть города. Когда аббасидский халиф Мутаввакил (847-861) в IX веке приказал выстроить новую городскую стену, она окружила лишь треть древнего города. Землетрясения, рейды крестоносцев с Кипра в 1365 году и перестройка города в начале XIX века по распоряжению Мухаммада Али уничтожила большую часть Александрии времен древности и раннего Средневековья. Все же небогатые археологические находки позволяют предположить, что город, захваченный мусульманами, сжался в кольце своих древних стен и что многие его кварталы были покинуты. Укрепления эпохи птолемеевского расцвета, возможно, были слишком велики, чтобы сократившееся население могло с успехом защищать их.
Несмотря на все проблемы, Александрия могла бы продержаться месяцы, и даже годы, особенно если бы город снабжался с моря, но этого не случилось. Город, как и всю империю, разрывали в клочья зависть и соперничество. Подробности известны нам исключительно по хронике Иоанна Никиусского, потому что арабские источники не упоминают о внутренних конфликтах.
Император Ираклий скончался 11 февраля 641 года, за два месяца до сдачи Вавилона. Он завещал императорскую власть двум сыновьям, Константину и Ираклию, разделив наследство между ними. Такое разделение никогда не приводило к добру.
Константин немедленно принял меры, вызвав на совещание изгнанника Кира и командующего военными силами Египта. Те согласились, что в Египет следует послать новые войска. Подготовка к экспедиции уже началась, однако 24 мая Константин неожиданно умер. Теперь власть перешла к его младшему, сводному брату Ираклию и его честолюбивой матери Мартине. Новое правление явно стремилось к миру с мусульманами, так что Кира отослали обратно в Александрию не для усиления обороны, а для ведения переговоров. Возможно, новая власть в Константинополе полагала, что войска нужны им самим, чтобы удержать позиции в столице. Кир мог надеяться, что ему удастся возобновить договор о выплате дани, действовавший до 639 года. Как-никак, византийцы нередко выплачивали варваром субсидии, чтобы те держались подальше от их территорий, и эта маленькая группа мародеров должна была, по их мнению, с готовностью принять те же условия.
Тем временем в Александрии шли ожесточенные споры между двумя претендентами на пост командующего войсками: Доменцианом, успевшим уже сдать Файюм и Никиу, и Миной, пользовавшимся, кажется, большей популярностью. Каждого из них поддерживала одна из ипподромных партий: Доменциана — «синие», а Мину — «зеленые». Соперничающие партии, названные по цветам, первоначально были болельщиками на колесничных бегах. В эпоху поздней античности они привлекали много сторонников и играли важную роль в политической борьбе больших городов, но ни одна их них не пережила мусульманского завоевания. Оба военачальника могли воззвать к своим сторонникам на улицах и делали это. Неясно, стояло ли за их соперничеством что-либо сверх личной вражды. Иоанн Никиусский говорит о религиозных разногласиях, но далее не уточняет. Могли иметь место и политические расхождения: Домен-циан соглашался с Мартиной и Ираклием относительно мира с арабами.
Иоанн не упоминает о серьезных стычках, но в египетско-арабской традиции рассказ о блокаде города оживлен описанием нескольких вылазок и схваток один на один. Очевидно, схватки за городской стеной случались, но общего штурма, похоже, не было. Конец определили не военные действия, а переговоры.
Кир вернулся в Александрию утром в праздник Святого Креста— 14 сентября 641 года. Сначала он остановился неподалеку от порта в Тавенисийском монастыре, где хранился фрагмент подлинного Креста Господня, присланного туда по приказу Ираклия. Затем он торжественно прошествовал по улицам к знаменитой церкви Цезарион. По словам Иоанна Никиусского, народ устилал его путь коврами и распевал гимны в его честь, причем толпа была так густа, что люди давили друг друга. Любопытно, что коптский историк описывает радушный прием, оказанный народом главному врагу его церкви. Кир произнес проповедь о Святом Кресте, но в конце службы дьякон завел не тот псалом, надеясь польстить патриарху прямым намеком на его возвращение. Народ при этом отступлении от должного порядка богослужения качал головами и предсказывал, что Киру не встречать Пасхи в этом городе: во всяком случае, так гласит повествование.