В октябре Кир, не привлекая внимания, выехал из города и вступил в переговоры с Амром в Фустате. Наступило время разлива Нила, и Амр после кампании в Среднем Египте вернулся на свой лагерь. Если верить Иоанну, Амр приветствовал патриарха словами: «Ты хорошо сделал, что пришел к нам», на что Кир ответил, что «Бог отдал эти земли в ваши руки: да не будет вражды между вами и Римом». Согласно сирийской хронике[48], Кир объяснил, что не он в ответе за нарушение договора и неуплату дани, и «красноречиво убеждал мусульман принять от него золото», но Амр возразил ему: «Теперь, когда мы взяли землю, мы не покинем ее». Киру ничего не оставалось, как принять свершившийся факт, и 28 ноября 641 года был заключен мир. Население Александрии обязывалось выплачивать дань. Ромейская армия должна была оставить город со всеми его сокровищами и морем вернуться в Константинополь. Для этого на срок в одиннадцать месяцев до сентября 642 года устанавливалось перемирие. На это время мусульмане удерживали заложниками 150 солдат и 50 гражданских лиц, чтобы обеспечить выполнение условий.
После этого Кир вернулся в Александрию, чтобы вручить договор военному командующему Феодору и сообщить о нем императору. Горожане должны были вносить дашь ему лично, но он не осмелился объяснить им, что произошло. Город узнал о заключении мира, только когда арабские войска принялись собирать дань. Увидев мусульманских воинов, жители Александрии взялись за оружие и приготовились к бою, но командующий объявил им, что город сдан. Первой реакцией на это известие было сильное недовольство. Патриарха грозились забросать камнями. Кир сумел вывернуться: он с горестным плачем уговаривал горожан смириться с условиями, говоря, что заключил договор, чтобы спасти их и их детей. Наконец их удалось успокоить: деньги были собраны и выплачены 10 декабря 641 года, или в первый день мусульманского 21 года.
После падения Александрии сопротивления практически не возникало. Вероятно, Амр уже ввел войска в Средний Египет. Глава Антинополя оказал некоторое сопротивление, но в целом мусульмане продвигались по стране беспрепятственно. За время перемирия, последовавшего за сдачей Александрии, мусульманская армия побывала в небольших городах северной части дельты и сталкивалась лишь с редкими вспышками сопротивления.
Между тем Александрия приспосабливалась к новому положению. Многие ромеи, включая, надо полагать, большую часть войска, отплыли в Константинополь и в другие области, еще остававшиеся за Византией. Сам Кир мирно умер своей смертью. На возвращение к нормальной жизни указывает законное избрание его преемника, патриарха Халкедонской церкви. В то же время коптский патриарх Вениамин перестал скрываться и вернулся в город. Последние византийские войска вместе с Феодором отплыли на Кипр 17 сентября, и последнее действие драмы разыгралось, когда Амр официально и беспрепятственно вступил в город 29 сентября. Закончилось тысячелетие греко-римского правления.
Во многих отношениях власть мусульман продолжала политику предшественников. Из папирусов с административными записями мы многое знаем о будничной жизни
Египта. Налоги собирались мусульманами так же, как до того византийцами, и языком управления оставался греческий. Понадобилось еще полстолетия, чтобы государственным языком стал арабский.
Однако приход мусульман произвел и много коренных перемен. Самая очевидная состояла в том, что приказы теперь исходили не из Константинополя, а из Медины, и наместником стал не говорящий по-гречески христианин, а арабоязычный мусульманин. Индикатором этой перемены стало изменение в направлении потока зерна. Египетское зерно кормило сначала Рим, а впоследствии Константинополь. После завоевания оно потекло в Медину и Мекку. Одним из первых проектов нового правительства стало восстановление древнего канала, тянувшегося от Нила у современного Каира к Красному морю. Теперь зерно с тучных полей Египта отправлялось прямо в новую столицу.