Вызванное ею разорение трудно выразить в цифрах, но его вполне можно сравнить с разрухой после Гражданской войны 1918—1920 годов или ущербом от военных действий и оккупации во время Великой Отечественной войны. Официальные переписи — писцовые книги и «дозоры» 20-х годов XVII века — постоянно фиксировали «пустошь, что была деревня», «пашню, лесом поросшую», пустые дворы, чьи хозяева «сбрели безвестно». По многим уездам Московского государства «запустело» от половины до трёх четвертей пахотной земли; появился целый слой разорённых крестьян-«бобылей», которые не могли самостоятельно вести хозяйство. Заброшенными оказались целые города (Радонеж, Микулин); в других (Калуге, Великих Луках, Ржеве, Ряжске и пр.) количество дворов составляло треть или четверть от досмутного. По современным демографическим подсчётам, численность населения восстановилась только к 1640-м годам.
Надо было воссоздать разрушенную систему управления, возродить армию, наладить финансы, наконец, заставить людей поверить в то, что новая власть — не только реальная, но и истинная, праведная. Между тем утрата «природной» династии и многолетняя Смута не прошли даром. В 1620—1630-х годах находились люди, верившие в то, что «царь Дмитрий» жив. Продолжали появляться подражатели Лжедмитриев, а затем и «царские дети»; так, под именем сына царя Дмитрия выступал казак Иван Вергунок. Одними из лжемонархов были авантюристы заграничного происхождения, как астраханский армянин Мануил Сеферов сын, оказавшийся после смерти отца-торговца в Стамбуле и выдавший себя за Ивана — «сына царя Дмитрия Ивановича и царицы Марины Юрьевны». В 1626 году он объявился в Польше при гетмане Станиславе Конецпольском и познакомился с другим самозванцем — «царевичем Симеоном Васильевичем Шуйским». Последний был представлен королю и заявил, что «соблюл де ево и вскормил в порубежных городех торговой человек, и как де он возмужал, и тот де торговой человек привёз ево к запорожским казаком, и сказал про нево... что он царя Васильев сын».
Претенденты подружились было, но пути их разошлись. Мануил отправился гонцом от короля в Иран, но по дороге загулял в занятом донскими казаками Азове. За непомерные долги кредиторы отправили его прямиком в Москву. Там за него взялись, подозревая в шпионаже, обнаружили во время осмотра странные знаки на теле — и в итоге признали самозванцем. Его дальнейшая судьба неизвестна — то ли казнили, то ли, наказав кнутом, сослали на каторгу.
«Сын» Шуйского из Речи Посполитой отправился в Турцию и по дороге, на свою беду, задержался у молдавского господаря Василия Лупу. Молдавский правитель, не желая связываться с сомнительной личностью, сообщил о нём в Москву. Оттуда в сентябре 1639 года в Молдавию был отправлен посланник Богдан Дубровский с заданием любой ценой устранить самозванца. Впрочем, особо усердствовать не пришлось: господарь передал своего гостя москвичу. Сведений о ходе следствия не сохранилось, но, скорее всего, самозванец был убит по дороге в Москву. Молдавскому господарю в благодарность за услугу отправили набитую золотыми монетами кожу, снятую с выданного им «вора».
Настоящего же государя подданные уже могли воспринимать как «нашего брата мужичьего сына», ведь он был избран ими самими. Обыватели «лаяли царя», шутили: «Я де буду над вами, мужиками, царь», — или предавались «бесовскому мечтанью»: «...он, Степанка, переставит избу свою и сени у ней сделает, и ему, Степанку, быть на царстве». Более знатные могли в запальчивости высказать желание «верстаться» (мериться знатностью) с Михаилом Романовым — «старцевым сыном», а самого государева отца объявлять «вором», которого нужно «избыть». Вместе с «природными» монархами в период Смуты исчезла и другая опора прежней традиции — «великие роды». Первых Романовых окружала новая дворцовая знать, обязанная своим положением исключительно близости к династии и её милостям.
Новая династия не могла править без содействия «земли» и её представителей. Во время Смуты Земский собор при ополчении превратился в постоянно действующий орган и решал многие вопросы внешней и внутренней политики. После 1613 года соборы уже выступали в качестве совещательного органа при верховной власти — обычно в ситуациях, когда правительство намечало крупные внешнеполитические акции или нуждалось в чрезвычайных налоговых поступлениях.
Так, в 1614—1618 и 1632—1634 годах принимались решения о взыскании дополнительных налогов; собор 1621 года решал вопрос о войне с Польшей; в 1639-м депутаты обсуждали насилия над русскими посланниками в Крыму, в 1642-м — думали, воевать ли с турками из-за захваченного донскими казаками Азова.