Даже в выборе жены царь оказался не волен. После смотра невест в 1616 году Михаил выбрал незнатную Машеньку Хлопову; она уже была помещена «во дворце наверху», и её имя было велено поминать на ектениях. Но в результате интриги Салтыковых обычная болезнь невесты была объявлена опасной, а сама девушка — «неплодной» и «к государевой радости не прочной». Несостоявшуюся царицу с роднёй сослали в Тобольск. Михаил препятствовать не смел, однако, по-видимому, сохранял к девушке нежные чувства и жениться на другой отказывался.
По возвращении из плена в 1619 году его властный отец был торжественно избран патриархом. Он сослал Салтыковых, оттеснил от трона не менее властную «великую старицу», сам стал вторым «великим государем» на Руси и фактическим соправителем сына-царя. Филарет устроил свой двор и учредил патриаршие приказы (Разрядный, Казённый, Дворцовый, Судный), которые судили духовенство и ведали хозяйством и денежными сборами с патриарших сёл. А архиереи, монастыри, их слуги и население их вотчин вновь стали независимы от местной администрации и её суда по гражданским делам. «Сей же убо Филарет патриарх Московский и всеа Руси возраста и сана среднего, Божественная писания отчасти разумел, нравом опалчив и мнителен, и владетелен таков был, яко и самому царю боятися его», — гласит язвительная характеристика Филарета, явно записанная в одном из хронографов со слов недовольных патриархом бояр.
Однако необычное соправительство двух «великих государей», где сын-царь оказался выше отца-патриарха, не вызвало конфликта. Михаил Фёдорович не спорил с отцом; их отношения были ровными и тёплыми, основанными на взаимном доверии и любви. «Честнейшему и всесвятейшему о Бозе, отцу отцем и учителю православных велений, истинному столпу благочестия, недремательну оку церковному благолепию, евангельския проповеди рачителю изрядному и достохвалному, преж убо по плоти благородному нашему отцу, ныне ж по превосходящему херувимскаго владыки со ангелы равностоятелю и ходатаю ко всемогущему и вся содержащему, в Троице славимому Богу нашему, и того повеления и человеколюбия на нас проливающу великому господину и государю, святейшему Филарету Никитичю, Божьею милостию патриарху Московскому и всеа Русии, сын ваш, царь и великий князь Михайло Фёдорович всеа Русии, равноангильному вашему лицу сердечными очыма и главою, целуя вашего святительства руку и касался стопам вашего преподобия, челом бью», — адресовал сын-царь послание отцу-патриарху 25 августа 1619 года.
В письмах отцу Михаил называл его «драгий отче и государь мой» или «святый владыко и государь мой»; часто писал, что скучает вдали от него: «Желаем бо... предобрый твой глас слышати, яко желательный елень напаятися». С дороги царь посылал отцу подарки — две сотни яблок из сада Троице-Сергиева монастыря или своих «царских трудов рыбные ловитвы... пять осетров». Владыка же не скрывал от сына свои тягости и болезни: «...от старого от лихорадки есть немного полегче, а камчюгом (подагрой. — И. К.), государь, изнемогаю и выйти ис кельи не могу», — и утешал «вселюбезнейшего сына нашего и государя, света очию моею, подпор старости моей, утешение души моей, да не даси себя в кручину о моей немощи».
Филарет являлся для сына авторитетом и главным советником. Порой он бывал недоволен мягкостью и нерешительностью царя, и тот, как отмечала псковская летопись, «от отца своего многи укоризны прият». Но и патриарх признавал главенствующее положение царя в московской политической системе. Он всегда соблюдал этикет — ничего не навязывал сыну; допускал, что его совет может быть не принят, а по поводу тех или иных решений обязательно спрашивал: «А ныне как вы, великий государь, укажете?»
Богомольный сын не особо жаловал светские развлечения, предпочитая им поездки по ближним и дальним обителям — в Троицу, Николо-Угрешский или Симонов монастыри. По пути могли устраиваться царская охота и прочие развлечения; например, государя «тешили» стрельцы, паля «по шапкам из луков и пистолей». Сам он являлся скорее зрителем, чем участником этих увеселений. С 1630-х годов Михаил Фёдорович стал брать на соколиную охоту сына Алексея, и царевич навсегда полюбил «красную и славную птичью потеху».