Но при всей симпатии государя к старым добрым дореформенным временам вернуться к ним было невозможно — в стране происходили принципиальные социально-экономические изменения: «раскрестьянивание» мужика, «оскудение» дворянства, промышленный переворот, урбанизация. Великие реформы и экономический рывок способствовали социально-экономическому и культурному развитию национальных окраин. Охранительная политика в образовании не смогла воспитать верноподданных; гимназист Володя Ульянов как раз в это время радовал родителей успеваемостью: «Из латыни — 5, из греческого — 5», но пошёл, как известно, «другим путём».
Став императором, Александр III стремился поднять авторитет власти и добился существенных успехов: государственный бюджет, в течение многих лет остававшийся дефицитным, в период его правления был сбалансирован; за счёт внешней торговли и заграничных займов удалось накопить запасы золота, позволившие к концу XIX века ввести в России денежное обращение на системе золотого стандарта.
В 1891 году Александр III подписал рескрипт: «Повелеваю ныне приступить к постройке сплошной через всю Сибирь железной дороги, имеющей целью соединить обильные дарами природы Сибирские области с сетью внутренних рельсовых сообщений». Началось строительство Транссиба, на котором одновременно было задействовано 100 тысяч рабочих. В среднем прокладывалось около 740 вёрст в год — это высокие темпы даже для современного строительства, несмотря на то, что тогда работы производились вручную, а вести дорогу приходилось по тайге и горам, пересекая большие и малые реки. Общая протяжённость железнодорожных путей на 1 января 1881 года составляла 21 226 вёрст (без Финляндии), а спустя 13 лет выросла до 33 869 вёрст.
Император любил быструю езду, за что и поплатился: в октябре 1888 года под Харьковом тяжёлый царский поезд из-за значительного превышения скорости потерпел крушение, с рельсов сошли десять вагонов. 21 человек из свиты погиб, 24 были ранены. Члены царской семьи отделались ушибами, погиб пёс Камчатка; полученные самим императором травмы поясницы, по мнению врачей, положили начало его смертельной болезни.
Строительство железных дорог дало тяжёлой индустрии мощный импульс. В 1881 — 1893 годах выплавка чугуна в империи увеличилась с 27,3 до 70,8 миллиона пудов, стали — с 18,7 до 59,3 миллиона, добыча угля — с 200,9 до 460,2 миллиона, нефти — с 21,4 до 337 миллионов пудов. За то же время возникли 383 акционерные компании — почти в два раза больше, чем в предыдущее десятилетие.
В индустриализацию государь вкладывал и личные средства. С 1882 по 1893 год он совершил со своего счёта в Банке Англии 31 покупку российских облигаций пятипроцентного займа 1822 года общей стоимостью 167 381 фунт стерлингов, или 1 086 303 рубля. Для российской экономики эта сумма была небольшой, но для частного инвестора весьма существенной. Главное же — царь поддерживал российские ценные бумаги на западных рынках, показывая, что они являются выгодным вложением денег.
Но вместе с промышленным подъёмом в России появился пролетариат, и «рабочий вопрос» напоминал о себе первыми массовыми забастовками. Власти пришлось реагировать: в 1882 году было запрещено использовать труд детей до двенадцати лет, а закон 1886 года регулировал правила найма и увольнения. Теперь рабочим выдавалась стандартная расчётная книжка, запрещалось расплачиваться с ними условными знаками, хлебом или другими товарами, брать с них плату за врачебную помощь, освещение мастерских и использование орудий производства; общая сумма штрафов не могла превышать трети заработка, а перевод штрафных денег в прибыль запрещался. Для контроля за соблюдением трудового законодательства была образована государственная фабричная инспекция.
При Александре III была отменена подушная подать (1887), Крестьянский банк с 1883 года стал выдавать ссуды на покупку земли отдельным хозяевам и сельским обществам. В 1894 году для податного населения вместо разрешений на длительный (на год или полгода) отъезд вводили долгосрочные паспорта, а в своём уезде можно было передвигаться без паспорта. Закон 1883 года разрешал старообрядцам совершать «общественные моления и богослужения», заниматься промышленностью и торговлей, получать паспорта на общих основаниях, занимать общественные должности в местностях, где они составляли большинство населения, но по-прежнему запрещал благотворительную и образовательную деятельность и любые «акты публичного оказательства раскола».