В 1902 году начались массовые волнения крестьян на Украине — современные историки считают их началом «крестьянской революции» в стране. Экономические стачки рабочих перерастали в политические; в 1903-м состоялась первая всеобщая забастовка на юге страны; «беспорядки» происходили в Баку, Саратове, Вильно. При «усмирении» стачки рабочих Златоустовского завода на Урале было убито 45 человек. Вновь подняли голову разгромленные было революционные организации: возникли подпольные партии социал-демократов и социалистов-революционеров. От рук террористов погибли министр народного просвещения Н. П. Боголепов (1901), министры внутренних дел Д. С. Сипягин (1902) и В. К. Плеве (1904), уфимский губернатор Н. М. Богданович (1903), финляндский генерал-губернатор Н. И. Бобриков (1904).
Наиболее дальновидные политики, например министр финансов С. Ю. Витте, сознавали, что общественное развитие невозможно остановить репрессиями и «мерами полицейского воздействия» и необходима модернизация в политической сфере. Но манифест 1903 года «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка» объявил только об отмене круговой поруки в крестьянской общине, обещая реформу местной администрации и требуя соблюдения существовавших законов. Из проекта манифеста Николай II вычеркнул обещание предоставить свободу слова и совести. В 1904 году при Министерстве внутренних дел был учреждён Совет по делам местного хозяйства, к работе которого привлекались представители земств и городов — для правительства это был предел радикализма накануне революции.
В 1898 году по инициативе Николая II министр иностранных дел М. Н. Муравьёв предложил созвать международную конференцию, чтобы обсудить меры, при помощи которых можно «положить предел непрерывным вооружениям и изыскать средства предупредить угрожающие всему миру несчастия». На открывшейся в 1899 году Гаагской конференции были приняты декларации о запрещении бомбардировок с воздуха населённых мест и употребления ядовитых газов и разрывных пуль и конвенция о мирном улаживании международных столкновений, учреждён первый международный арбитражный суд — Гаагский трибунал.
Но вскоре сам российский император и его окружение начали авантюру на Востоке, «...взять для России Маньчжурию, идти к присоединению к России Кореи. Мечтает под свою державу взять и Тибет. Хочет взять Персию, захватить не только Босфор, но и Дарданеллы», — рассказывал о планах царя военный министр А. Н. Куропаткин. Николай, вопреки мнению своих дипломатов и министра финансов Витте, ввязался в получение концессии на вырубку леса на севере Кореи и сделал участника этого бизнес-проекта статс-секретаря А. М. Безобразова своим советником по дальневосточным делам. «Личная» политика царя способствовала обострению отношений с Японией, срыву мирных переговоров и проигрышу Русско-японской войны (1904—1905). Сухопутные войска терпели поражения, военно-морская база Порт-Артур была сдана врагу, а флот разгромлен в Цусимском сражении. На фоне набиравшей силу революции военная катастрофа воспринималась как результат бездарного правления. Царь же, скрывая следы своего участия в дальневосточной авантюре, изымал бумаги о ней из личных архивов своих министров.
В июне 1905 года Николай II на встрече с германским императором Вильгельмом II на борту яхты у острова Бьёрке близ Выборга без консультации с Кабинетом министров подписал русско-германский договор о союзе, по которому стороны обязывались оказывать друг другу военную помощь. Таким образом, Россия взяла на себя обязательства, противоречившие союзническим русско-французским отношениям. Хорошо ещё, что премьер Витте и министр иностранных дел Ламздорф сумели объяснить царю эту опасность; по их настоянию он направил кайзеру письмо с нереальным предложением дополнить договор декларацией о неприменении его в случае войны Германии с Францией.
1905 год начался расстрелом направлявшейся к царю демонстрации петербургских рабочих. Николай не отдавал приказа стрелять. За несколько дней до побоища он объявил министру внутренних дел Святополк-Мирскому о негласном введении осадного положения и 6 января уехал в Царское Село. Но ни он, ни остававшиеся в столице представители власти не сделали попыток предотвратить кровопролитие. Уже на следующий день на улицы и площади Петербурга вывели солдат, которые 9 января расстреляли рабочих, шедших с хоругвями, портретами царя и царицы, с пением псалмов и «Боже, царя храни!». Погибло около пятисот демонстрантов, было ранено от двух с половиной до трёх тысяч человек.