Седьмая статья Основных законов гласила: «Государь император осуществляет законодательную власть в единении с Государственным советом и Государственной думой». Император назначал министров и председателя Совета министров, объявлял чрезвычайное положение и амнистию, осуществлял высшее государственное управление, руководил внешней политикой. Согласно статье 11, он отдавал «повеления, необходимые для исполнения законов», то есть имел право толковать законы и издавать подзаконные акты.
Законы должны были обязательно проходить через Государственную думу и Государственный совет, но никакой закон не мог «восприять силу без утверждения государя императора». Дума рассматривала и утверждала государственный бюджет; но не могла сокращать расходы на двор, платежи по государственным займам и все расходы, предусмотренные законами и утверждёнными штатами; таким образом, оказывались «забронированными» до 40 процентов статей бюджета. Правительство не назначалось Думой и не отвечало перед ней. Статья 87 разрешала правительству в период роспуска Думы проводить меры указами, подлежавшими утверждению на следующей думской сессии.
Половина членов верхней палаты Государственного совета назначалась царём, вторая избиралась по сословно-корпоративному принципу — от губернских земских собраний и дворянских обществ, православной церкви, биржевых комитетов, университетов. Государственный совет имел равные с Думой права и всегда мог блокировать её решения.
Выборы в Думу были непрямыми, неравными и не всеобщими: не голосовали женщины, учащиеся, военнослужащие, «бродячие инородцы» Сибири и всё население Средней Азии; губернаторы, вице-губернаторы, градоначальники, их помощники и полицейские; исключённые из сословных обществ по их приговорам; осуждённые по уголовным статьям. Действовала система цензов по возрасту (25 лет), оседлости (1 год), имуществу или уплачиваемым налогам. Депутаты выбирались разным количеством голосов: по курии землевладельцев (помещики с имениями не меньше 125 десятин) выборщик приходился на тысячу избирателей, по курии городских избирателей (владельцы недвижимости и торгово-промышленных предприятий) — на четыре тысячи, по курии крестьян — на 50 тысяч, а по курии рабочих — на 90 тысяч. И без того сложное избирательное законодательство на местах нарушалось не привыкшей к подобной вольности администрацией: она задерживала неугодных избирателей и кандидатов (иные явились в Петербург из-под ареста), разгоняла собрания, агитировала за правых или кассировала (признавала недействительными) выборы.
Заседания российского парламента стали модным зрелищем — за гостевыми билетами стояла очередь. Однако встретившиеся во дворце власть и народ не были готовы к совместной работе. Депутаты мыслили себя членами полновластного Учредительного собрания и в ответ на «тронную речь» царя потребовали упразднить «самовластие чиновников», отменить смертную казнь, ввести бесплатное всеобщее образование, установить ответственность министров перед Думой и отдать народу помещичьи, удельные, кабинетские (царские) и монастырские земли.
Вскоре правительство во главе с Петром Аркадьевичем Столыпиным категорически отказалось от представленных депутатами проектов решения главного для страны аграрного вопроса, поскольку все они предусматривали принудительное отчуждение помещичьих земель. Царский манифест объявил, что «выборные от населения... уклонились в не принадлежащую им область», и распустил Думу. Но второй созыв думцев оказался ещё радикальнее. 3 июня 1907 года произошёл государственный переворот: вторая Дума была распущена и введён в действие новый закон о выборах, который, согласно предшествующим юридическим нормам, не мог издаваться без участия Государственной думы и Государственного совета. Столыпин и сам царь называли новый избирательный закон «бесстыжим». В этот день Николай II записал в дневнике: «Простояла чудная погода. Настроение было такое же светлое по случаю разгона Думы...»
Новый премьер-министр П. А. Столыпин стал последней крупной политической фигурой в окружении царя. В его планы входили не только репрессии, но и реформы, призванные «сверху» решать задачи, вызвавшие революцию. Целью аграрной реформы были сохранение помещичьего землевладения и создание в деревне слоя мелких собственников за счёт разрушения общинного землевладения. В газетных интервью (тогда общение премьера с журналистами было новинкой) он говорил: «В центре забот правительства стоит преуспеяние института мелкой земельной собственности. Настоящий прогресс земледелия может совершаться только в условиях личной земельной собственности, развивающей в собственнике сознание как права, так и обязанностей».