В Ставке он подписал бумагу: «Фронт сдал», а начальник штаба расписался: «Принял фронт. Алексеев». Прибывшая в Ставку Мария Фёдоровна 4 марта записала в дневнике, что её сын подписал манифест об отречении и «передал трон Мише»: «Ники был неслыханно спокоен и величествен в этом ужасно унизительном положении».
До сих пор идут споры, какой именно документ был подписан (или не подписан) царём; являлось ли отречение искренней жертвой с его стороны или сознательной провокацией, поскольку по закону император не мог решать судьбу наследника престола и документ, таким образом, не имел юридической силы да и адресован был не народу, а начальнику штаба. Сам Николай днём 2 марта сказал генералу Н. В. Рузскому, что приносит несчастье стране. «Если надо, чтобы я ушёл в сторону для блага России, я готов; но я опасаюсь, что народ этого не поймёт. Мне не простят старообрядцы, что я изменил своей клятве в день священного коронования. Меня обвинят казаки, что я бросил фронт». Но истинных его мыслей мы уже не узнаем. Можно только предполагать, что Николай, всегда чувствовавший себя государем, стоящим выше любого закона, и теперь едва ли задумывался о юридических тонкостях.
Возможно, он рассчитывал, что ситуация изменится, а потому поехал из Пскова не к семье, а в Ставку. Но к тому времени монархия пала. 3 марта великий князь Михаил Александрович согласился «в том лишь случае восприять верховную власть, если такова будет воля великого народа нашего, которому надлежит всенародным голосованием, через представителей своих в Учредительном собрании, установить образ правления и новые основные законы государства Российского», на что едва ли можно было рассчитывать. Пока же несостоявшийся преемник призвал «всех граждан державы Российской подчиниться временному правительству, по почину Государственной думы возникшему и облечённому всей полнотой власти». Синод в обращении к пастве не выразил сожаления ни по поводу отречения, ни даже по поводу ареста бывшего государя; так Церковь выразила своё отношение к царствованию Николая II.
Император стал «частным человеком». Он ещё думал, что ему с семьёй разрешат выезд в Англию или хотя бы в любимый Крым. Временное правительство сперва не возражало, но под давлением революционного Петроградского совета приняло решение арестовать царскую семью. Под охраной членов Государственной думы они вернулись в Царское Село.
Началась поднадзорная жизнь, поначалу довольно свободная — в пределах Царскосельского парка. Потом режим стал ужесточаться. 31 июля Романовых и обслуживавших их лиц (всего 40 человек) отправили подальше от революционного Петрограда — в сибирский Тобольск. Там их обитание в бывшем губернаторском дворце было относительно спокойным: церковные службы, чтение, уроки с Алексеем, прогулки во дворе, заготовка дров, вечерняя игра в карты и домашние спектакли. Новости об октябрьских событиях в Петрограде и Москве и падении Временного правительства бывший царь прокомментировал так: «Гораздо хуже и позорнее событий Смутного времени». Его терзало то, что «подлецы-большевики» заключили мир с Германией; получалось, что отречение было напрасным — ни успокоения, ни победы над врагом его жертва не принесла. У царя потребовали снять погоны. «Этого свинства я им не забуду!» — в сердцах записал он в дневнике.
Крестный путь
Между тем новое правительство приняло решение перевести царское семейство в Екатеринбург, чего желали и уральские большевики. 30 апреля 1918 года московский уполномоченный В. В. Яковлев сдал Николая Уральскому областному совету. Скоро вся семья собралась в печально известном доме купца Ипатьева, где для неё был установлен тюремный режим содержания. 6 мая бывший царь встретил свой пятидесятый день рождения: «...посидели час с четвертью в саду, грелись на тёплом солнышке». Комендант Ипатьевского дома и член ОблЧК Яков Юровский описал своих подопечных:
«Насколько мне удалось заметить, семья вела обычный мещанский образ жизни. Утром напиваются чаю, напившись чаю, каждый из них занимался той или иной работой: шитьём, починкой, вышивкой. Наиболее из них развиты были Татьяна, второй можно считать Ольгу, которая очень походила на Татьяну и выражением лица. Что касается Марии, то она не похожа и по внешности на первых двух сестёр: какая-то замкнутая и как будто бы находилась в семье на положении падчерицы. Анастасия самая младшая, румяная с довольно милым личиком. Алексей, постоянно больной семейной наследственной болезнью, больше находился в постели и поэтому на гулянье выносился на руках. Я спросил однажды доктора Боткина, чем болен Алексей. Он мне сказал, что не считает удобным говорить, так как это составляет секрет семьи, я не настаивал. Александра Фёдоровна держала себя довольно величественно, крепко, очевидно, памятуя, кто она была. Относительно Николая чувствовалось, что он в обычной семье, где жена сильнее мужа. Оказывала она на него сильное давление. Положение, в каком я их застал: оне представляли спокойную семью, руководимою твёрдой рукой жены. Николай с обрязгшим лицом выглядел весьма и весьма заурядным, простым, я бы сказал, деревенским солдатом.