После взятия Донголы Китченер разработал план строительства железной дороги через нубийскую пустыню (в 230 миль), которая сокращала путь к Хартуму на сотни миль и позволяла миновать три трудных для переправы порога Нила. Эксперты заявили, что это невозможно. Франкоязычный канадец Перси Жирар с группой молодых инженеров-энтузиастов и 8000 рабочих (из египтян-военнослужащих и каторжников) выполнили «невозможное». Они отдавали должное Китченеру: «Он рискнул взять на себя ответственность и организовал подготовку. Он был лидером и движущей силой проекта. Он всегда выслушивал советы, иногда соглашаясь, а иногда отвергая их» (Поллок, с. 108).
На очередном этапе движения один из шейхов отказался оставлять лагерь и двигаться на Бербер, ссылаясь на зловещие предзнаменования. Китченер убедил его так: «Все дни созданы Богом одинаково счастливыми. Вы достаточно отдохнули и должны выступить завтра». Уверенность и напористость Китченера успокоили и взбодрили шейха Ибрагима Фараха. Бербер был взят спустя три дня.
Для взятия Хартума англичанам были необходимы канонерские лодки для бомбардировки крепости. Одно такое судно стоило батальона пехоты. Провести лодки вверх по Нилу стало другой сложнейшей задачей для Китченера и его инженеров. Один из порогов был длиной 9 миль и высотой 60 футов. Уинстон Черчилль, служивший в 21 уланском полку и бывший также журналистом «Морнинг Пост», описывал водопад как «массивную лестницу из черных гранитных ступеней» (Хантер, с. 51). В самых неудобных местах река с ревом неслась в узких теснинах. Требовались тысячи людей с лебедками и стальными блоками, чтобы провести лодки через трудные пороги.
Китченер не руководил битвой так, как это делал Наполеон. «Похоже, что Китченер предоставлял руководство войсками, как сделал это под Фиркетом, Хантеру, а также дивизионным и даже бригадным командирам, когда дело доходило до непосредственной схватки или при достижении стен укреплений. Главная роль Китченера, как он сам ее видел, заключалась в том, чтобы привести войска в хорошем состоянии к Атбаре — что имело первостепенную важность для обеспечения победы. Когда от него потребовали указаний, он ответил: «Я три года сводил вас лицом к лицу с этим неприятелем, а теперь идите вперед и деритесь». За всю битву он не отдал ни единого приказа, предоставив Хантеру направлять сражение» (Хантер, с. 86). Согласно Г.У. Стивенсу, военному корреспонденту «Дейли Мейл», Хантер был блестящим генералом, и, хотя иногда доходил в пылу битвы до безрассудства, «ни разу не отступил от плана и мастерски добивался победы». Китченер в своих планах ничего не оставлял необдуманным, поскольку стремился свести свои потери к минимуму. Сэр Генри Роулинсон, один из офицеров штаба Китченера, сказал о нем: «Все идет хорошо, когда он руководит делами, но он бывает слишком занят, и тогда случаются срывы».
Китченер желал быть в курсе всех существенных деталей кампании. Он старался обдумать все, и это естественно приводило к тому, что называют «способностью предвидения». Некоторые арабы считали, что он обладает «пророческим даром».
Движение через Судан к Хартуму привело к решающей битве при Омдурмане (Хартум стоит на слиянии Голубого Нила и Белого Нила; Омдурман находится на противоположном берегу от Хартума). Сражение началось в 6:30 утра 2 сентября 1898 года, исход его определился уже к 8:30. Британские пулеметы и канонерские лодки реализовали свое трехкратное превосходство в силе.
Хантер сказал о Китченере: «Его заслуги неоспоримы. Он сам начал дело и целиком за него отвечал. Мы лишь помогали ему».
Мечта Китченера — обустройство Судана. Китченер хотел основать в Хартуме колледж для детей из местных племен, чтобы те могли «действовать разумно и быть хозяевами своей судьбы». Предполагалось, что колледж будет открыт для всех в Судане, от мусульман севера до «анимистов», или аборигенов, юга. Он хотел, чтобы колледж носил имя Чарльза Гордона, поскольку Гордон в свое время много потрудился на благо бедной молодежи Англии и Судана. Китченер пригласил в свою ставку военных корреспондентов. Он хотел, чтобы английское общество узнало о его мечте. Его целью было собрать 65000 фунтов для колледжа, но корреспонденты мудро предложили ему поднять цифру до 100000.