Даян был награжден британским орденом «За Выдающуюся Службу».
После выхода из госпиталя Даян был направлен на штабную работу. Вместе с Ицхаком Саде, первым командиром Хаганы, он занимался вопросами подготовки еврейского населения Палестины к обороне против возможного вторжения гитлеровской армии через Египет. Ему принадлежала идея создания подпольной радиосети, независимой от командования Хаганы, которую намечалось использовать в случае немецкой оккупации Палестины.
В конце 1942 года, когда угроза вторжения стран Оси в Палестину уменьшилась, Даян вернулся в Нахалал и занялся земледелием. Однако в 1947 году, когда обострилась борьба с арабами и усилилась подготовка к войне, угрожавшей разразиться после провозглашения еврейского государства, он вернулся на службу в Хагану. Ицхак Саде поручил ему организовать бронетанковые и артиллерийские части.
В ходе Войны за независимость Израиля (14 мая 1948– 7 января 1949) майор Даян отличился 14–19 мая при обороне Дгании, где удалось остановить продвижение сирийцев. В августе он был назначен командующим Иерусалимским фронтом.
Весной 1949 года Даян участвовал во всех секретных встречах, проходивших на протяжении 4-х месяцев между представителями Израиля и короля Иордании Абдаллы. Целью этих переговоров была выработка мирного израильско-иорданского соглашения. В 1951 году короля убили у входа в мечеть Омара в Иерусалиме.
Моше Даян остался служить в армии.
В 1950–1953 годах Моше Даян командовал Южным, затем Северным военным округом Израиля, учился в высшей офицерской школе в Великобритании, возглавлял оперативный отдел Генштаба.
С 1953 по 1958 Даян был начальником Генштаба Цахала. На этом посту он сыграл ключевую роль в планировании операции «Кадеш» (Суэцкий кризис), завершившейся блестящим успехом.
Суэцкий кризис произошел, когда Египет национализировал Суэцкий канал. Англия, Францияи Израиль стали собирать международную коалицию, чтобы разорвать арабскую петлю. Утром 29 октября израильские войска перешли границу на трех участках. Израилю было гарантировано авиационное прикрытие на случай египетских бомбардировок. В течение ста часов непрерывных боев египетская армия была разбита и окружена. Полуостров Синай и сектор Газа были оккупированы, шесть тысяч солдат взяты в плен вместе с огромным количеством вооружений и боеприпасов.
Одна израильская колонна пересекла залив Акаба и, используя фактор внезапности, окружила египетский гарнизон в Шарм аш-Шейхе. Блокада, существовавшая с 1948 года, была снята. Морской путь к израильскому порту Эйлат был открыт.
Сразу же после завершения боевых действий Даян приступил к созданию военного управления в полосе Газа. Он стремился выявить среди арабского населения силы, готовые сотрудничать с Израилем. В те дни Даян сделал несколько выводов, которые оказали решающее влияние на его политику к арабскому населению территорий. По мнению Даяна, израильским войскам нужно было как можно дольше оставаться на захваченной территории. Длительность этого периода благотворно скажется на обстановке здесь даже в случае последующего отвода израильских войск.
Когда войска стали выводить, он предложил, чтобы Израиль передал Синайский полуостров Египту, а не войскам ООН, с тем чтобы получить непосредственно от египтян гарантии свободы судоходства и спокойствия на границах.
Основное достижение мирного договора состояло в гарантии свободного прохода через Тиранский пролив и залив Акаба.
Даян подал в отставку в 1964 году и занялся работой в рыболовецкой фирме и написанием «Дневника Синайской кампании», опубликованного в 1965 году. Он проанализировал не только успехи, но и ошибки, стоившие человеческих жизней.
В 1966 году был военным корреспондентом в Южном Вьетнаме во время Вьетнамской войны.
Даян оставался в стороне от большой политики до начала Шестидневной войны в июне 1967 года.
В мае 1967 года Египет и Сирия заключили военный союз, угрожая «сбросить евреев в море». Больше того, президент Насер закрыл Тиранский пролив и сосредоточил свои войска на Синайском полуострове.
Среди израильской общественности прозвучали требования передать Даяну портфель министра обороны, который находился в руках премьер-министра. Даян был включен в качестве министра обороны в многопартийное правительство национального единства. Это произошло за четыре дня до начала военных действий.
Даяну были даны полномочия установить час начала наступления. Новый министр обороны немедленно взял ситуацию под личный контроль и произвел последние изменения в планах операции. Даян перенес упор с оккупации территорий и захвата важных стратегических пунктов на преследование и уничтожение как можно большего числа египетских военных частей и подразделений.