В декабре 1894 года суд приговорил его к пожизненному заключению. На плацу парижского военного училища 5 января 1895 года безупречно одетый капитан Альфред Дрейфус, гордо стоявший по стойке «смирно», был публично унижен толпами военнослужащих и гражданских лиц. Унтер-офицер срезал с формы Дрейфуса пуговицы и знаки различия, затем схватил его шпагу и переломил о колено. Дрейфуса провели по плацу под злобные крики и проклятия. Он прокричал: «Я невиновен!» – но толпа издевалась над ним. 13 апреля 1895 года он начал отбывать заключение в тюрьме во французской Гвиане на Чёртовом острове. Это одна из самых печально известных каторжных тюрем в истории. А французская общественность забыла о нем.
Через год на место Сандера пришел подполковник Жорж Пикар, который принялся изучать неясные мотивы совершения Дрейфусом столь тяжкого преступления. Пикар проштудировал досье, представленное военным министром трибуналу. Его поразило, насколько скудным и неубедительным было якобы неопровержимое доказательство. В то же время Пикару передали первые подозрения в шпионаже майора Фердинана Вальсена Эстергази – офицера аристократического рода с сомнительной репутацией. Сравнив почерк Эстергази со списком, по которому обвинили Дрейфуса, Пикар увидел, что почерк оказался идентичным. Шпионом был Эстергази. Начальство Пикара не хотело и слышать об этом. Обвинения Пикара против Эстергази обеспокоили майора Анри, который сфальсифицировал еще некоторые документы против Дрейфуса. Пикар был немедленно переведён в Тунис, а его место занял Анри. Сенатор Шерер-Кестнер, которому Пикар сообщил свои соображения, выступил в сенате с интерпелляцией, в которой требовал пересмотра процесса Дрейфуса. Она не имела успеха; министр колоний Лебон сделал распоряжение об увеличении строгости по отношению к Дрейфусу.
Военный трибунал под давлением военных властей реабилитировал Эстергази, которого его сторонники вынесли на руках из зала суда под приветственные крики: «Да здравствуют Эстергази и армия! Смерть евреям!»
Дело Эстергази тем не менее послужило мобилизации прогрессивных сил Франции. В один ряд встали сенатор Шереру-Кестнер, журналист, ставший позже премьер-министром Франции, Жорж Клемансо и популярный романист Эмиль Золя.
13 января 1898 года в ежедневной газете «Орор» вышла статья Эмиля Золя «Я обвиняю». Она написана в форме открытого письма, адресованного президенту Франции Феликсу Фору, и обвиняла французское правительство в антисемитизме и противозаконном заключении в тюрьму Альфреда Дрейфуса. Золя указывал на предвзятость военного суда и на отсутствие серьёзных улик. Золя был обвинен в клевете и осуждён 23 февраля 1898 года. Чтобы избежать тюрьмы, писатель бежал в Англию. Письмо Золя произвело во Франции и в Европе потрясающее впечатление. С этого момента дело Дрейфуса захватило общественное внимание Франции и всего мира и приобрело громадное общественное значение.
Общество раскололось. Для одних Дрейфус – изменник, враг Франции, а его сторонники – евреи, иностранцы и люди, продавшиеся евреям, чтобы очернить честь французской армии; утверждать, что французский офицер (Эстергази) занимался таким грязным делом, как шпионаж, значит клеветать на французское офицерство. Антисемиты творили погромы в большинстве французских городов, самый страшный из них произошел в колониальном Алжире. Для других Дрейфус – отчасти случайная жертва, на которую пало подозрение только потому, что он еврей и человек нелюбимый, отчасти – жертва злобы людей, действовавших сознательно, чтобы выгородить Эстергази.
На разбирательстве дела Золя было представлено новое свидетельство виновности Дрейфуса, которое оказалось также фальшивым. Новый военный министр Ковеньяк допросил Анри 30 августа 1898 года и принудил его сознаться в подлоге. Анри был арестован и в тюрьме лишил себя жизни 31 августа 1898 года. Виновность Дрейфуса ставилась этим под сильное сомнение; однако вся военная партия, все антисемиты решительно настаивали на своём, французское правительство и многие французы продолжали верить, что армия не может творить зло. Анри якобы совершил подлог лишь для того, чтобы прекратить позорящую честь французской армии кампанию. Так считал и сам Ковеньяк и настаивал на виновности Дрейфуса. Новым фактом явился отъезд Эстергази за границу и заявление его, что автор бордеро – именно он; этому заявлению противники Дрейфуса не желали верить, уверяя, что сделано оно за деньги.