Для производства смолы строится Смоляной двор. Так как при производстве велик риск развития пожара, его размещают на окраине города, вдали от Адмиралтейства, которое связано с ним водным путем по Неве.
Рабочих на верфи собирают по всей России, 12 сентября 1705 года Меншиков подписывает указ, согласно которому надлежит «с посадов и уездов, великого государя с дворцовых и с патриарших, и с монастырских, и с помещичьих и с вотчинных крестьян выбрать плотников самых добрых, и не малолетних, и не старых и плотничьего дела умеющих 500 человек со всеми их плотничьими снастями и выслать в Санкт-Петербург на Адмиралтейский двор бессрочно».
Всего за период с 1706 по 1725 год на петербургских верфях построили 4 фрегата, 55 других крупных кораблей и более 200 галер. А еще один фрегат под названием «Самсон» Меншиков купил за границей и подарил на день рождения своему «герру капитану». Опробовав корабль, Петр написал Меншикову: «При сем пили за здоровье, кто сей корабль подарил, понеже зело хорош на ходу» – и заказал еще несколько в Англии и Голландии.
К военным предприятиям относился и Арсенал, построенный в 1711–1713 годах и объединивший в себе пушечно-литейный завод, хранилище всех оружейных запасов, в том числе и артиллерийских снарядов. Мастерские его располагались вдоль Литейной першпективы. Здесь, в частности, отливали огромные тяжелые жернова для Пороховых заводов, работавших на Охте, на Малой Невке, в район современных улиц Зеленина, название которых происходит от искаженного слова «зелье», т. е. порох, и в Кронверке. Мельницы приводились с движение водяными двигателями и конной тягой.
Но предприятия города работали не только для военных нужд. В 1717 году построена Шпалерная мануфактура, выпускавшая шпалеры и гобелены для петербургских дворцов и инициатор создания мануфактуры не кто иной, как Александр Данилович, который хорошо запомнил, как Петр «будучи в Париже, изволил смотреть всяких мануфактур, между которыми изволил видеть и шпалеры, и при том изволил говорить, дабы и у нас такая работа как наискорее завелась, и у нас еще ничего в зачине не бывало, понеже ни инструментов, ни шерсти, ни красильщиков нет». Меншиков тут же отдал распоряжение закупить в Париже необходимые инструменты. На Петербургских шпалерных мануфактурах вытканы, в частности, большие гобелены «Полтавская баталия», «Турецкая баталия с цесарцами» и еще множество больших и маленьких гобеленов, украсивших дворцы Петергофа и Стрельны.
В городе построили полотняные фабрики, завод для выделки пудры, плетеночную фабрику и две ветряные мельницы – одна для муки и крупы, другая – для взбивания масла. Постепенно дворцовые фабрики стали работать и на «внешний рынок», т. е. продавать свои товары рядовым петербуржцам. Петербург быстро превращался из военной крепости в промышленный город. И контроль над этим процессом Петр поручил Меншикову. Конечно, губернатор, по своему обыкновению, откладывал себе в карман, но работа двигалась, и когда в 1722 году Петр решил ввести для Петербурга ремесленные цеха, какие были в европейских городах, то таких цехов оказалось 44: портновский, сапожный, шапочный, цех для рукавичников, пуговичников, шубников, медников, паяльщиков и котельщиков, слесарей, столяров, каретников, маляров и т. д.
А еще Меншиков отвечал за застройку не только Петербурга, но и Шлиссельбурга, Кронштадта и Петергофа. Задачи перед ним стояли разные – если Шлиссельбург и Кронштадт прежде всего военные крепости, то в Петергофе нужно построить царский дворец, не уступавший по красоте Версалю. Новых украшений требовала и столица – нужно укреплять и выравнивать берега реки, чтоб по ней удобнее было идти бурлакам, тащившим грузы, распланировать новые районы. Вероятно, порой Меншиков бывал небрежен или просто не успевал уследить за всем. Вот какую историю рассказывает Андрей Нартов: «Его величество, взяв с собою прибывшего из Парижа, в службу принятого, славного архитектора и инженера Леблона, при котором случае по повелению монаршему находился и Нартов с чертежом, который делал он, поехал в шлюпке на Васильевский остров, который довольно был уже выстроен и канавы были прорыты. Обходя сей остров, размеривая места и показывая архитектору план, спрашивал: что при таких погрешностях делать надлежит. Леблон, пожав плечами, доносил: „Все срыть, государь, сломать, строить вновь и другие вырыть каналы“. На что его величество с великим неудовольствием и досадою сказал: „И я думаю то ж“. Государь возвратился потом во дворец, развернул паки план, видел, что по оному не исполнено и что ошибки невозвратные, призвал князя Меншикова, которому в отсутствие государево над сим главное смотрение поручено было, и с гневом грозно говорил: „Василья Корчмина батареи лучше распоряжены были на острову, нежели под твоим смотрением теперешнее тут строение. От того был успех, а от сего убыток невозвратный. Ты безграмотный, ни счета, ни меры не знаешь. Черт тебя побери и с островом!“ При сем, подступи к Меншикову, схватил его за грудь, потряс его столь сильно, что чуть было душа из него не выскочила, и вытолкнул потом вон. Все думали, что князь Меншиков чрез сию вину лишится милости, однако государь после, пришед в себя, кротко говорил: „Я виноват сам, да поздно. Сие дело не Меншиково, он не строитель, а разоритель городов“».