Перед тем как приступить к этой огромной работе, Бертло пришлось приостановить исследования, чтобы принять участие в торжествах по случаю открытия Суэцкого канала.
Французская делегация прибыла в Египет в начале октября 1869 года на двух пароходах, один из которых — более комфортабельный — был предоставлен императрице, другой — более скромный — для выдающихся деятелей Франции. Кроме Бертло, в состав делегации входили Балар, Бертран, Шенье и другие ученые. Большой ценитель искусства, Бертло пришел в восторг от величественных памятников древних цивилизаций. Посещение Ассуана, Бен-Хасана, Луксора, Карнака было для него настоящим праздником. Софи Бертло была тоже тонкой ценительницей древних памятников архитектуры. Вечером, когда утомленная Софи засыпала, Бертло усаживался за стол, чтобы записать в дневник впечатления о прошедшем дне или поделиться ими в письмах к своему другу Ренану.
«Дорогой Эрнест! Плывем по Нилу. В час дня пароход императрицы встретился с нашим. Она путешествует, не останавливаясь в исторических и просто красивых местах, не осматривает их, так как ничего не понимает в этом… Великолепен заход солнца на фоне пальм… На площади в несколько квадратных километров (речь идет о Карнаке) — громады пилонов, аллеи сфинксов, огромные залы с колоннами высотой в 20 и 30 метров и колоссальными капителями, все еще сохранившими окраску (голубую и красную)… Мы посетили и внутренний храм из розового гранита, и часовню… Храмы, гробницы, статуи… Какое величие, какое великолепие! И все это построено 2000, даже 3000 лет назад. А краски фресок в погребальных пещерах в Бен-Хасане все еще свежи и не поблекли от времени. Египтяне постигли многие химические процессы. Об этом говорят и мумии, так великолепно сохранившиеся на протяжении веков…»
Новые идеи, новые интересы увлекали талантливого ученого. Где зародилась химия? Какими были пути ее совершенствования до современного уровня?
После возвращения в Париж Бертло серьезно занялся историей химии и тут же столкнулся с немалыми трудностями: все данные о древних периодах развития химии содержались в старинных книгах, авторы которых жили тысячу лет спустя после событий, которые они описывали. Трудно было понять, где истина, а где плод их фантазии. Не хватало достоверных источников. В этом отношении Бертло мог помочь только его друг Ренан, работавший в Национальной библиотеке.
— Нам с тобой необходимо отыскать оригинальные химические сочинения, папирусы, рукописи, — говорил Бертло своему старому другу.
— Сделаем все, что в наших силах, — ответил Ренан. — В хранилище библиотеки есть много неисследованных материалов. Попробуем отыскать их, хотя это далеко не легкая задача.
— Помоги мне, Эрнест, по старой дружбе.
— Конечно, но материалы по истории химии надо искать и в других больших библиотеках. Много древних рукописей хранится в Лейдене, Лондоне, Венеции, Ватикане, Эскуриале.
В Национальной библиотеке в Париже они нашли только несколько алхимических рукописей на греческом языке. Бертло пришлось приложить большие усилия, чтобы понять их. Количество первоисточников между тем увеличивалось. Много интересных рукописей он получил из Британского музея. Некоторые из них были на сирийском языке, и, чтобы прочесть их, ученый прибегнул к помощи Дюваля — отличного знатока сирийского языка. Перевод арабских рукописей сделал Гудас
Утомительная, но чрезвычайно интересная работа над древними рукописями была прервана франко-прусской войной. Спокойной работе в библиотеках и лаборатории пришел конец. Тревогой были полны сердца французов — прусские войска подступали к Парижу. Правительство обратилось с воззванием ко всем ученым включиться в оборону Парижа. Предполагалась осада города.
Бертло отвез Софи и шестерых детей в деревню к дальним родственникам, а сам вернулся в столицу. В конце сентября 1870 года правительство обратилось к нему с просьбой в кратчайшие сроки разработать наиболее эффективный способ производства селитры — в осажденном городе не хватало пороха.
Буквально через несколько дней Бертло подготовил и представил доклад, в котором указывались способы сбора древесной золы для получения поташа, необходимого в производстве калийной селитры. В докладе указывалось, как соскабливать налет со стен конюшен и погребов, как снимать там тонкий слов земли, как собирать штукатурку и известь в разрушенных зданиях и каким образом извлекать из них соли, необходимые для изготовления селитры.