В 1937 году Хомейни совершил паломничество в Мекку. На обратном пути он остановился в Наджафе, желая усовершенствовать свой арабский язык и изучить запрещенные в Иране труды ал-Банна, который принадлежал к воинствующей организации «Ихванал-муслимин» («Братья-мусульмане»). С членами организации он вскоре сблизился, и это стало важным этапом биографии будущего руководителя Ирана.
В 1938 году Хомейни вернулся в Кум и стал резко осуждать в печати антиклерикальные, а особенно антишиитские тенденции в общественной жизни Ирана. Помимо этого, Хомейни уделял серьезное внимание упрочению материально-финансового положения крупного шиитского духовенства Кума, совершая частые поездки в глубь страны и призывая население «выполнить свой религиозный долг», оплачивая исламо-шиитские налоги.
В 1946 году в здании министерства юстиции членами воинствующей шиитско-исламской организации «Федаян а ислам» был зверски убит крупный иранский историк Ахмед Кесрави, который выступал против шиизма. Религиозные фанатики не видели в убийстве ничего предосудительного. Пять мул из Кума, в том числе Хомейни, отправились к шаху, чтобы просить помилование для убийцы ученого. Шах решил принять только Хомейни. Его предупредили, что церемониал требует, чтобы он ждал шаха стоя и сел только после того, как монарх появится в приемном покое. Однако, когда шах Мохаммед Реза вошел в комнату, он увидел Хомейни сидящим. Ему пришлось сесть вторым, а во время беседы пойти навстречу главе делегации и помиловать преступника.
После встречи с шахом Хомейни вернулся в Кум и несколько лет преподавал там в медресе, а также работал над книгой по шариату. По иранским меркам, он был весьма богатым человеком. Он и его братья извлекали большие доходы из принадлежащих им земельных наделов, которые обрабатывали около трех тысяч крестьян-арендаторов. Однако в отличие от братьев Хомейни значительную часть своих доходов распределял в качестве стипендий среди посещавших его занятия учеников медресе.
Подпольная преподавательская деятельность и написание значимых для исламского вероучения сочинений чрезвычайно возвысили духовный авторитет Хомейни, и в конце 1950-х годов он превратился в религиозного деятеля высшего ранга — аятоллу, которых в то время в Иране насчитывалось несколько сот человек.
Аятолла стал признанным Учителем духовных лидеров страны. Он подготовил около 1200 религиозных деятелей Ирана. Причем в дискуссиях он поощрял учеников, оспаривающих его мнение. Согласно шиитской традиции, тот, кто представляет собой образец благочестия и является примером для шиитов, называется имамом. Аятолла Хомейни при жизни простонародьем был назван имамом.
В начале 1960-х годов пользующееся поддержкой США правительство шаха проводило политику вестернизации страны. На утверждение меджлиса был выдвинут законопроект шахского премьер-министра Амира Асадоллы Алама, который предоставлял женщинам право на участие в выборах, а в качестве святыни, на которой должны были давать клятву кандидаты, предлагалась «священная книга». При этом имелся в виду не обязательно Коран. Ею могла быть Библия. В этом шиитские улемы из Кума усмотрели угрозу интересам ислама и себе.
Широкая и открытая политическая деятельность имама начинается в 1962 году, когда он выступил против этого законопроекта. Хомейни возглавил забастовку духовенства, вынудившую правительство Асадоллы Алама отказаться от законопроекта. В январе 1963 года он также призвал бойкотировать шахский референдум по вопросам проведения реформ в своей отсталой стране.
Начавшиеся в Иране широкомасштабные выступления в поддержку имама были подавлены полицией, референдум был проведен 26 января 1963 года, а имам Хомейни арестован и препровожден в Тегеран, где провел в заключении 2 месяца. Он в открытом манифесте заявил: «Я вижу решение — в смещении этого правительства за нарушение заветов ислама…» Обращаясь к шаху, Хомейни назвал его «доверенным лицом Израиля» и призвал народ «восстать и сбросить тиранию». В своем известном заявлении от 2 апреля 1963 года под названием «Любовь к шаху — это потворство грабежу народа» аятолла добавил: «Я готов к тому, что мое сердце будет пронзено штыками ваших агентов, но я никогда не подчинюсь вашим несправедливым требованиям и не склонюсь перед вашей жестокостью».
Новые массовые выступления в крупнейших городах Ирана заставили правительство выпустить имама из-под стражи, но уже в октябре 1964 года Хомейни вновь арестовали и выслали в Турцию после того, как он осудил закон об особом статусе американских граждан в Иране. Из Турции Хомейни перебрался сперва в священный шиитский город Неджеф в Ираке, а в 1978 — в Париж, где продолжил свою борьбу против шахского режима.