В своих обращениях Хомейни пропагандировал идею свержения власти шаха и создания теократического государства во главе с духовенством. Все его заявления практически не содержали каких-либо конкретных предложений для совместного решения назревших проблем. Он только питал патологическую ненависть к шаху и его правительству, к Израилю, к Америке, ко всему зарубежному и неисламскому. Еще на одном из собраний духовенства в Куме он обобщил свои взгляды следующим образом: «Америка хуже Англии, Англия хуже Советского Союза, а Советы хуже обеих! Но сейчас Америка является воплощением всей мерзости. Пусть президент США знает, что наш народ ненавидит его больше всех… Все наши беды исходят от Америки и от Израиля. Исламские народы ненавидят иностранцев вообще».
Таинственная гибель сына имама Мостафы Хомейни, оскорбительная статья в адрес аятоллы, вызвали столь широкий резонанс в Иране, что все население страны вышло на манифестации, а большинство предприятий нефтяной промышленности забастовали. В результате шахский режим смог продержаться чуть больше месяца: в январе 1979 шах с семьей покинул страну навсегда.
В конце марта 1979 года на референдуме 98 % населения высказалось в пользу Исламской Республики, которая была провозглашена Хомейни 1 апреля 1979 года. Иранцы поддержали лозунг аятоллы «Не будь угнетателем, не будь угнетенным!» Они не понимали, что променяли «тиранию короны на тиранию тюрбана». Хомейни стал единоличным правителем Ирана. Однако официальным руководителем страны по его выбору назначили нового премьер-министра Базаргана. Резиденция Хомейни находилась в шиитском центре Ирана — Куме.
Под влиянием возглавляемого Хомейни духовенства в стране из безработной молодежи был составлен Корпус стражей исламской революции, который использовался в противовес старым вооруженным силам и партизанским формированиям левых организаций. Параллельно в мечетях возникли тщательно законспирированные штаб-квартиры неформальной «партии Аллаха» — Хезболла.
В стране был создан мощный репрессивный аппарат и введены суровые исламские законы: полная исламизация всех сторон жизни общества — политики, экономики и культуры. Женщинам запретили носить непредписанную мусульманкам одежду. Была введена система исламского судопроизводства, основанная на положениях Корана и шариата. Началась борьба по подавлению левой оппозиции и организаций национальных меньшинств. При Хомейни все население страны было превращено в добровольных осведомителей органов безопасности путем создания обстановки взаимной слежки и всеобщей подозрительности. Родители доносили на детей, а дети на родителей, братьев, сестер, приятелей, соседей. Эти поступки возводились в ранг национального и религиозного долга. Репрессиям подверглись все, кто противостоял традициям шиизма. По непроверенным данным, при Хомейни было казнено 50 тысяч иранцев, а 140 тысяч находились в заключении.
Важнейшим итогом исламской революции стала ликвидация политической зависимости от США. В первые же месяцы из страны были выдворены 85 тысяч американцев, из которых более 50 тысяч числились советниками и имели дипломатический иммунитет; разорваны военные контакты с США, ликвидированы разведывательные центры Пентагона. 4 ноября 1979 года сторонники аятоллы Хомейни захватили посольство США в Тегеране, требуя вернуть в страну на расправу бывшего шаха Ирана Мухаммеда Резу Пехлеви, нашедшего пристанище в Америке. 52 американских заложника были отпущены иранцами только через 444 дня.
2—3 декабря 1979 года референдум утвердил «исламскую конституцию», сделавшую аятоллу пожизненным правителем Ирана.
Весной 1980 года в стране была объявлена «великая исламская культурная революция», поставившая на грань уничтожения всех деятелей культуры, чье мнение даже в минимальной степени отличалось от взглядов шиитов.
Начавшаяся в сентябре 1980 года война против Ирака была частью плана Хомейни экспорта исламской революции. Она продлилась восемь лет и заставила Хомейни наладить контакты с внешним миром. В Иран из Израиля и США, так и не установивших дипломатических отношений со страной, начало тайно поступать оружие. Эта война стоила Ирану неисчислимых жертв. Сотни тысяч 12—16-летних детей пожертвовали своей жизнью при разминировании иракских минных полей. Подобно средневековым асассинам, они надеялись попасть в рай. В целом же Иран потерял в войне около 1 млн человек убитыми и ранеными. В августе 1988 года Хомейни согласился на прекращение войны с Ираком, это решение далось ему тяжело, «как выпить чашу с ядом».