Царствование Эхнатона стало временем невероятной религиозной реформы, которая потрясла все устои традиционного древнеегипетского общества, цивилизации и культуры. Причины этой реформы Эхнатона, которую иногда называют атонистической революцией, до конца не ясны. Главным персонажем в реформах стал египетский бог Атон, олицетворявший солнечный диск.
Захват египетскими фараонами большой добычи во время завоевательных войн в Передней Азии и Нубии привёл к необычайному обогащению рабовладельческой аристократии. Особенно обогатилось фиванское высшее жречество, тесно связанное со старой потомственной знатью и со жречеством местных провинциальных культов. Это стало опасным для царской власти.
Кроме того, происхождение Аменхотепа, сына царицы Тейе, которая не принадлежала ни к царскому дому, ни, возможно, даже и к египетскому народу вообще, по точным правилам престонаследия лишало этого фараона всякого законного права на престол. В глазах жреческого сословия молодой царь был незаконным властителем, со всеми вытекающими из этого последствиями.
Реформа была необходима для создания общей религии для более тесного сплочения обширной Египетской державы, где в каждом городе почитался свой бог, нередко являющийся враждебным по отношению к богу другого города. Всего в Египте того времени существовало почти две с половиной тысячи богов. Это создавало путаницу в головах египтян и, понимая всю абсурдность и пагубность такого положения, Эхнатон сделал попытку устранить существующие в египетской религии сложности. В качестве символа единственного бога Эхнатон выбрал солнечный диск, предельно ясный и простой.
Пытаясь укрепить свою самодержавную власть, Аменхотеп IV, опираясь на неродовитых служилых людей, так называемых немху (что означало «сироты», конечно, в переносном смысле), выступил против жречества и в первую очередь против жречества главного бога Амона-Ра. Сила жречества и тесно связанной с ним знати, естественно, зиждилась на религии. Чтобы ослабить противника, необходимо было лишить его этого идеологического влияния.
Сначала Аменхотеп, по-видимому, терпел старый порядок вещей; на первых памятниках своего царствования он ещё молится Амону. Затем Аменхотеп постепенно стал выдвигать, в противовес фиванскому богу Амону, культ ранее малоизвестного бога Атона (Йати), олицетворяющего солнечный диск. Провозгласив себя первосвященником нового бога, Аменхотеп на 3-м году своего правления начал строить в Фивах в его честь храм.
Не позднее 4-го года царствования Аменхотеп IV женился на Нефертити. Тогда же началась отделка стен нового храма. Атон изображался в образе человека с головой сокола, увенчанной солнечным кругом.
На конец 4-го года правления приходится резкий перелом в отношении царя с одной стороны к Атону, с другой — к старым богам. Эхнатон провозгласил себя абсолютным божеством, вечным существом.
По-видимому, на 6-ом году правления Аменхотепа IV борьба резко обострилась и вскоре достигла апогея. Фараон со своим двором покинул ненавистную и враждебную ему столицу Фивы и перенес столицу государства в созданный им город Ахетатон («Горизонт Атона») в Среднем Египте. Сегодня на этом месте расположена Тель эль-Амарна. Одновременно царская чета изменила свои имена. Аменхотеп IV Уенфра Неферхеперура стал Эхнатоном («Угодный Атону»), а Нефертити получила новое имя — Нефернефруатон. Новые личные имена получают также члены его семьи и его сановники. Место нового города было очень красивым, но безлюдным. Эта земля никогда не была посвящена никакому божеству и идеально подходила для нового культа Атона.
До 8-го года царствования фараона усиленно отстраивается новая столица. Там был сооружен огромный дворец Эхнатона, построенный в основной своей части из белого камня. В Ахетатоне был построен и главный храм Атона, получивший название «Дом Атона».
С этого момента началось упразднение культа Амона, а затем и всех остальных богов и установление в Египте поклонения Атону, которого Эхнатон объявил единственным богом, а себя — его сыном и «единственным, познавшим истинного бога». Перевод столицы в Ахетатон означал еще и то, что фараона больше не окружали оппозиционно настроенные его реформам жрецы Амона из Фив.
К 9—10 годам правления Эхнатона относятся первые известные нам случаи преследования бога отверженной столицы — Амона. Культ всех прочих богов был отменен, храмы закрыты, а жрецы, возможно, разогнаны.