Стремясь стереть даже память об именах прежних богов, Эхнатон приказал повсеместно их уничтожать. В гробницах было запрещено делать какие-либо изображения, кроме изображений царя.
Реформа Эхнатона меняла не только религию, но и мировоззрение египтян, задев интересы влиятельных жрецов Амона. Они больше всех не любили фараона-реформатора. Жрецы всегда находились в центре внимания египетских религиозных верований. Они оказались ненужными в религии Эхнатона.
Но это еще не все. Обычные люди также не ответили правителю пониманием. Люди не хотели расставаться со своими маленькими религиями, им нравилось поклоняться своим божкам, часто из-за подсознательного страха — нужно молиться крокодилу, ведь он может внезапно напасть и съесть, нужно приносить дары Нилу — ведь разлив может не прийти и наступит голод.
В умах простых людей солнце никогда не давало повод для такого страха — оно каждое утро всходило на Востоке в течение всей истории Египта. Общественное сознание египтян того времени оказалось не готово принять единого бога и идею всеобщего равенства перед ним, народ не понял и в массе своей не поддержал своего фараона.
Тем временем, внешнеполитические дела Египта шли неважно. Отношения с крупными государствами Ближнего Востока расстроились. Эхнатон уже не хотел посылать туда золото с отцовской щедростью. Оно было нужно ему самому, как для отделки новых зданий, так и для раздачи послушным сановникам.
Все это в итоге привело к войнам и потере больших территорий. Эхнатон, занятый своей утопической реформой, не мог послать достаточно войск, чтобы удержать азиатские владения Египта. Несмотря на бездействие фараоновских властей, большинство царьков-вассалов, сохранили верность Эхнатону, но власть их была непрочной, и они гибли в борьбе с вражескими властителями и, отчасти, с собственными подданными. Египет терял не только международный политический престиж, достигнутый фараонами-завоевателями XVIII династии, но и экономическое могущество, поскольку все эти неурядицы сильно сократили поступление материальных ценностей из провинций.
Правление Эхнатона продлилось менее 18 лет. Обстоятельства его смерти неясны. Известно, что уже на 17-м году правления Эхнатона один из его сыновей Сменхкара был назначен его соправителем. Вскоре Эхнатон исчезает с исторической авансцены. Сменхкара, процарствовал один год и передал корону своему младшему брату Тутанхатону, который был вынужден пойти на примирение со старой знатью и жречеством, быстро восстановившими прежние порядки. Позже он сменил имя на Тутанхамон и перебрался в Фивы.
Ахетатон был постепенно заброшен и стал разрушаться, а с началом следующей — XIX династии был проклят и превратился в каменоломню. За Эхнатоном закрепилось прозвище «Враг из Ахетатона», которым летописцы обозначали царя в свитках после его смерти, не желая произносить имени. Фараон-революционер старательно вычеркивался из истории.
В целом переворот Эхнатона отрицательно сказался на Египте. Точное количество человек, казненных и подвергшихся гонениям, неизвестно, однако, скорее всего, оно было весьма велико. Авторитет царской власти среди самых различных слоев общества был подорван, что привело к ее постепенному ослаблению, переходу власти к жрецам фиванских храмов и постепенному превращению Египта в теократическое государство. В итоге кочевники ливийцы захватили большую часть Египта, и Новое Царство пало.
Суть преобразований Эхнатона не вполне ясна для нашего времени. С момента открытия руин Ахетатона доминирующей в египтологии была точка зрения, согласно которой новое вероучение Эхнатона было монотеистическим или очень близко к таковому подходило — древнейшим (или одним из древнейших наряду с зарождавшимся иудаизмом) из монотеистических вероучений.
Однако в трудах многих современных историков считается установленным фактом, что вероучение Эхнатона ничего общего не имеет с монотеистической религией. Другие ученые считают, что реформа Эхнатона является первой в истории человечества попыткой установления тотальной власти, подобием тоталитарных режимов ХХ века, а обожествление царя — не более чем культ личности.
Личность Аменхотепа IV противоречива, поэтому у египтологов не существует единого мнения относительно мотивов и характера фараона-реформатора — диаметрально противоположные характеристики Эхнатона даются часто в рамках одного исследования. Оценка его личности в истории неоднозначна, некоторые считают его тираном, другие святым, во многом это зависит от миропонимания и просвещенности оценивающих. Одно несомненно: реформы этого фараона были революционным шагом, отразившимся на всех уровнях жизни общества, и прежде всего идеологической.