В августе 1689 года, когда до Петра дошел слух о подготовке Софьей нового стрелецкого бунта, он бежал в Троице-Сергиев монастырь, туда же прибыли из Москвы царицы Наталья и Евдокия, а также «потешные» полки с артиллерией и часть дворян. Большая часть войск повиновалась Петру как законному царю. Софья, почувствовав, что сила на стороне брата, предприняла попытку примирения, но было поздно: сторонники Петра отстранили ее от власти и заточили в Новодевичий монастырь.
Но и став фактически царем – Иван оставался лишь номинальным правителем – Петр почти не занимался государственными делами. Вместо него правили мать и другие ее приближенные. Молодого царя интересовал флот, В 1692 году в Переяславле был спущен на воду первый русский военный корабль.
В 1694 году скончалась Наталья Кирилловна. Похоронив мать, Петр уехал в Архангельск. Там впервые был поднят на мачту корабля новый русский бело-сине-красный флаг, придуманный царем. К тому времени на архангельской верфи было построено два судна и туда прибыл корабль, заказанный в Голландии. С тех пор начал свое существование русский флот. В это время молодой русский царь отходит от юношеских потех: теперь Петр повзрослел и готов был вершить государственные дела. Пытливость Петра, его кипучая энергия, живой интерес ко всему новому позволили ему взяться за решение важнейших вопросов в жизни страны.
В наследство от предшественников молодому царю остался нерешенный крымский вопрос. Богатые южные земли давно привлекали русских, обещая России процветание и расширение торговых связей с внешним миром. Война с Турцией и ее вассалом, Крымским ханством, была неизбежной. В 1695–1696 годах Петр предпринял два похода против крепости Азов. Первый поход был неудачно организован: хромала дисциплина, армия плохо снабжалась продовольствием. И хотя Азов защищали всего три тысячи человек, окруженная высоким валом и широким рвом крепость так и осталась неприступной для русских сил. К тому же один из приближенных царя, Яков Янсен, оказался изменником и перешел на сторону осажденных, выдав все планы.
Царь не пал духом и, учтя ошибки, стал готовиться к другому походу. Только смерть Ивана 29 января 1696 года на время оторвала его от дел. Теперь Петр стал самодержавным властелином России. Всю зиму готовилась армия, на верфях строились корабли. Второй поход на Азов, начавшийся 3 мая 1696 года, завершился 18 июля взятием крепости. Так был открыт первый выход России в южные моря.
В последующие годы царь продолжал создавать мощный флот. Он задумал построить 52 корабля. Финансировать работы должны были все жители государства: землевладельцы, торговые люди, мелкопоместные дворяне, для этого были введены новые подати. В Россию выписали иностранных мастеров, а русских отправили за границу учиться корабельному делу. Да и сам Петр решил побывать в странах с развитыми мореходством и кораблестроением. Было снаряжено Великое посольство, в котором среди 250 человек царь скромно числился урядником Преображенского полка Петром Михайловым. В 1697 году Петр с приближенными уезжает за границу, живет в Голландии, Саксонии, Англии, Австрии, где знакомится с достижениями этих стран в области техники, кораблестроения, а также с образом жизни других государств, их политическим и социальным устройством. Продолжая путешествие, царь намеревался посетить Венецию, но неожиданное известие из Москвы о новом стрелецком бунте заставило его поспешить домой. Возвращаясь через Польшу, он встретился с новым польским королем Августом II, который предложил ему союз против Швеции. Возможно, тогда Петр впервые подумал об окне в Европу через Балтику. Так, уезжая за границу с мыслью об упрочении союза государств против Османской империи, он возвращался с идеей борьбы со Швецией за Балтийское море…
Царь жестоко подавил бунт, в котором увидел не просто выступление стрельцов, а протест против всего нового, что он пытался вводить, и нежелание понять и принять образованность европейских народов. Жестокой расправой со стрельцами Петр решил испугать всех приверженцев старины, всех противников его реформ.
За 15 месяцев пребывания за рубежом молодой царь многое повидал и многому научился. Поездка Петра в Европу стала тем великим событием, которое ознаменовало его преобразовательную деятельность. Началом ее с августа 1698 года стало изменение внешних признаков, отличающих русскую жизнь от европейской. Петр решительно объявил войну многим русским предрассудкам и стал все перекраивать на европейский манер. Уже на следующий день по возвращении домой царь собственноручно обрезал бороды боярам и велел всем одеваться в европейские кафтаны. Музыка, табак, балы и другие царские новшества повергли московское общество в шок. Горячий и нетерпеливый Петр вводил новшества одно за другим, жестоко наказывая непокорных. Так общество оказалось разделенным на две неравные части: для одной (дворянство и верхушка городского населения) предназначалась насаждаемая сверху европеизированная культура, другая же сохраняла традиционный уклад жизни. То, что делал государь, не было понятно народу. Против него выступали реакционные ревнители старины – бояре, стрельцы, значительная часть духовенства.