Еще до официального разрыва с Матерсом в'1904 году, Кроули разочаровывается в его способностях во время раскола «Золотой зари» в 1900 году или даже раньше. В том же году Кроули переезжает жить в Мексику, где продолжает свои магические эксперименты уже в одиночестве.
В октябре 1901 года Кроули приступил к практикам раджа-йоги, а в 1902 году написал эссе «Берашит», в котором представил медитацию как «средство для достижения цели». Эссе описывает церемониальную магию как способ тренировки воли и постоянного направления мыслей на желаемый объект путем ритуала. В 1903 году в своем эссе «Наука и материя» Кроули показал эмпирический подход к учению буддизма.
Магический эксперимент, проведенный Кроули в Каире (Египет) привел его к основанию религиозного учения, известного как телема (основными тезисами данного учения являются принципы «Твори свою волю, таков да будет весь закон» и «Любовь есть закон, любовь в соответствии с волей». Эти фразы взяты из «Книги закона» — центрального текста телемы).
Все началось с того, что его жена, Роза, начала вести себя странным образом, что навело Кроули на мысль о том, что какая-то магическая сущность хочет вступить с ней в контакт. После общения с женой он выполнил магический ритуал воззвания к египетскому богу Хору, и достиг, по его словам, «серьезного успеха». По словам Кроули, бог объявил ему о начале нового магического зона и о миссии Кроули как пророка этого зона. Роза, продолжая давать информацию, сообщила о времени, в которое следует ждать новых откровений. 8 апреля и два следующих дня точно в полдень Кроули слышал голос, диктующий слова текста, известного как «Liberalvellegis», или «Книга закона». Голос назвал себя Айвасом, «слугой Хор-па-крата» (Хора), бога силы и огня, сына Исиды и Осириса.
Некоторые части книги представляли собой цифровой шифр, расшифровать который Кроули оказался не в состоянии. Догма телемы объясняет это предостережением в самой «Книге закона» — говорящий предостерегал, что писец — Анкх-аф-на-хонсу (то есть сам Кроули) — никогда не сможет понять значение этого шифра.
В более поздних редакциях «Книги закона» Кроули добавил в нее предостережение, запрещающее кому бы то ни было обсуждать или критиковать написанное. Это было сделано им с целью избежать возможной догма- тизации.
В 1904 году от брака с Розой у Кроули родилась дочь, которой он дал имя «Нуит Ма Ахатор Геката Сафо Джезабел Лилит Кроули». Ребенок умер в возрасте двух с половиной лет, когда Кроули оставил ее с Розой после поездки в Китай. Спустя некоторое время рождается вторая дочь, Дола Заза.
По-настоящему Кроули как эзотерика прославили карты Таро. Колоду карт Таро Кроули создавал совместно с художницей-египтологом Фридой Харрис. Эта колода получила название «Таро Тота». Она наполнена глубоким символизмом, и каждая карта имеет астрологическое соответствие. В своей «Книге Тота» Алистер Кроули дает пояснение к каждой карте. В основном колода Таро Тота предназначена для гадания на судьбу.
В 1907 в жизни Кроули происходят два серьезных события: он основывает собственный орден «Серебряная звезда», и составляет «Свод священных книг телемы».
В соответствии с рассказом Кроули, в 1912 году Теодор Ройсс прислал ему письменное обвинение в публикации тайн «Ордена восточных тамплиеров». Кроули отверг эти обвинения, ссылаясь на то, что он не достиг той степени посвящения, на которой эти секреты раскрываются. Последующее общение привело к открытию британского отделения «Ордена восточных тамплиеров», под названием «MysteriaMysticaMaxima».
В 1920 году Кроули уехал в Чефалу на Сицилии и основал там свое «аббатство» телемы, которое в наше время назвали бы «коммуной». В нем, со своими немногочисленными последователями он предается беспорядочным половым связям, употреблению наркотиков и занятиям магией. Вообще, как отмечают историки и исследователи жизни и работ Кроули, Алистер проводил большую часть своего времени преимущественно как позер, старательно зарабатывая себе имидж аморального человека.
В феврале 1921-го года умер ученик Кроули Рауль Лавдей (согласно одному из предположений, смерть произошла из-за отравления кошачьей кровью, чашу с которой якобы поднес ему Кроули). Жена Аавдея, Бетти Мей, подняла в британской прессе (SundayExpressи др.) кампанию против Кроули. В апреле итальянская полиция приказала Кроули и его последователям покинуть Сицилию, «невзирая на петицию протеста против подобных действий властей, направленную синьору Муссолини и подписанную всеми выдающимися гражданами города». Кроули переехал в Тунис. В 1926–1928 годах он совершает путешествия во Францию, Германию и Северную Африку.