Вскоре за добрыми новостями последовало возвращение к Бабуру его сестры Ханзады, вдовы Шейбани, которую шах Исмаил освободил и отправил с почетным эскортом и дорогими подарками в Кабул к брату. То был первый дипломатический контакт Бабура с Персией, и ему суждено было привести к новому и в конечном счете неприятному эпизоду его жизни. Его помыслы были все еще обращены к Самарканду, и вскоре стало ясно, что шах охотно помог бы ему вернуть столицу предков, но при одном чрезвычайно трудном условии: Бабур должен принять шиитский толк ислама. С самого первого века существования этой религии началось противоборство между шиитами и суннитами, или ортодоксальными мусульманами, к которым причисляли себя все Тимуриды, в том числе и Бабур. Догматический раскол восходил к несогласию, возникшему в годы после смерти Мухаммеда и касавшемуся вопроса о том, кто должен быть законным преемником пророка в качестве имама{12} и может ли этот пост быть выборным или строго ограниченным, как верили шииты, только потомками пророка через его зятя Али. В последующие столетия шиизм был особо связан с Персией, причем его распространение стало предметом как национальной, так и религиозной гордости, тем паче что новая сефевидская династия насаждала этот толк ислама с усиленным рвением, поскольку возводила свое происхождение к Мусе аль-Казиму, седьмому из двенадцати шиитских имамов. Фанатизм шаха Исмаила соответствовал его территориальным притязаниям, и шах рассчитывал воспользоваться законными правами Бабура на Самарканд как средством присоединить эту область к своей империи. В обмен на военную помощь Бабур обязывался чеканить монету от имени Исмаила и упоминать в хутбе имя шаха, а поскольку то были два непременных символа суверенности, Бабур, по сути дела, превращался в вассала, управляющего Самаркандом по воле персидского шаха. Но поскольку Бабуру было дозволено чеканить свою монету и упоминать свое имя в хутбе в Кабуле, он, далекий от фанатизма, видимо, решил, что ничего не теряет, возвращаясь хотя бы окольным путем в свой возлюбленный Самарканд, и принял, совершенно неразумно, условия шаха.
Бабур снова двинулся в поход на север и при помощи новых союзников первым делом выгнал узбеков из Бухары. Для жителей Трансоксианы то было актом освобождения. Любимый ими царевич, истинный Тимурид, вернулся к своему наследию. Горожане и селяне приветствовали его, и в Бухаре он весьма тактично отпустил свое персидское воинство, прежде чем совершить в октябре 1511 года торжественный въезд в Самарканд после десятилетнего отсутствия. Лавки на базарах были задрапированы золотой парчой и увешаны живописными изображениями, люди всех сословий толпились на улицах, выкрикивая приветствия. Нелепым выглядело лишь одно — сам Бабур, одетый по-шиитски, в окружении восторженных горожан-суннитов. Но в день великой радости даже это не принимали во внимание. Люди считали, что едва он благополучно воссядет на трон, то сразу сбросит с себя ненавистные и нечестивые одежды, но они обманулись в своих ожиданиях. Двоюродный брат Бабура Хайдар, который был с ним в это время, поясняет, что Бабур считал узбеков еще слишком сильными для того, чтобы он мог с ними справиться без помощи шаха. Но он поставил себя в невыносимое положение. Бабур отказывался зайти настолько далеко, чтобы преследовать суннитов, а именно это и было угодно шаху; тем не менее, открыто проявив готовность сотрудничать с шиитами, Бабур скоро потерял поддержку населения Самарканда. В результате через восемь месяцев узбеки вновь захватили город.
Придворные историографы потомков Бабура в Индии оценивали его трижды не удавшуюся попытку удержать Самарканд как величайшее Божье благословение, а его последняя авантюра с персами, как им казалось, наконец-то изменила направление его честолюбивых устремлений — он перестал думать о севере и обратил свой взгляд на восток. Он уже предпринимал попытки проникнуть на территорию Индии через Хайберский проход с целью почувствовать себя более уверенно по отношению к Шейбани-хану; более того, Хиндустан, а в особенности Пенджаб, он считал, как и Самарканд, своим по праву. Он постоянно возвращался в мыслях к молниеносному завоеванию Индии Тимуром в 1399 году. Хизр-хан, которого Тимур оставил управлять Пенджабом в качестве своего вассала, впоследствии стал султаном Дели и основал династию Саййидов, но даже при этом он открыто подтверждал свою верность дому Тимура, отказываясь именовать себя шахом, а при сыне Тимура Шахрухе утверждал, что он в Индии всего лишь наместник. Этот факт представлял для Бабура особую важность, и он, уже деятельно занимаясь подготовкой к захвату Хиндустана, отправил к султану Ибрахиму в Дели посла «во имя сохранения мира» и предложил, вероятно, самый оптимистичный в истории обмен. «Я послал ему ловчего ястреба-тетеревятника, — писал Бабур в своих воспоминаниях, — и попросил у него земли, которые исстари зависели от тюрков».