Хумаюн пробрался в Агру, где впервые после его восшествия на престол собрались все четыре брата. Мятеж Хиндала был официально и публично обсужден в саду, где похоронили их отца, и Хумаюн простил брата. История с водоносом свидетельствует со своей стороны о напряженном положении в семье. Хумаюн настаивал на том, чтобы сдержать слово, данное им столь незначительной личности, как Низам, и в этот высший момент семейного кризиса позволил тому воссесть на трон и отдавать повеления в течение срока, который варьирует в разных источниках от двух дней до двух часов. Сестра Хумаюна Гульбадан, как правило во всем поддерживавшая брата, на сей раз отмечает с неудовольствием, что «император на целых два дня доверил царскую власть этому прислужнику», и приводит краткое, но вполне справедливое суждение их брата Камрана: «Что вынудило ваше величество заниматься подобными делами в то время, когда Шер-хан у порога?»
Было очевидно, что неотвратима еще одна битва с Шер-шахом, который продолжал медленно продвигаться к западу, — и битва, решающая судьбу империи, поскольку она должна была произойти на близком расстоянии от столицы. Но даже перед лицом такой опасности два старших сына Бабура не объединили силы. Камран выступил из Лахора с войском в двенадцать тысяч человек, преданных ему лично. Он был готов употребить их против Шер-шаха, но, скорее всего, ради интересов собственных, а не ради помощи Хумаюну. Осознав угрозу своему положению, Хумаюн, частично из гордости, а частично из осторожности, воспротивился плану Камрана действовать немедленно и попытался убедить того помочь в создании более крупной армии под началом Хумаюна. После нескольких месяцев взаимных препирательств и обид Камран отступил к себе в Лахор. Те из его воинских частей, которые оставались при Хумаюне, вскоре дезертировали, и со своей достаточно большой, но деморализованной армией Хумаюн двинулся на восток, навстречу Шер-шаху — тот находился в это время всего в ста пятидесяти милях к востоку от Агры. Армии сошлись при Канаудже 17 мая 1540 года. И снова Хумаюн умудрился расположить войско, имея в тылу Ганг; снова он после тяжелого поражения вынужден был с немалыми трудностями переплывать Ганг, на этот раз на слоне. Его братья Аскари и Хиндал оставались при нем, и все трое кое-как добрались до Агры. У вестей о поражении быстрые ноги, и местные жители начали тревожить спешно проходившие мимо отряды Хумаюна. Они задержались в Агре лишь настолько, чтобы забрать свои семьи и сокровища, а затем с наивозможной скоростью продолжили путь на запад, пока не достигли Лахора. Шер-шах спокойно двигался следом за ними. В середине июня он вошел в Дели и основал новую для Хиндустана династию Сур — по названию племени, из которого был родом.
В Лахоре все пребывали в смятении. Сестра Хумаюна Гульбадан пишет, как ежедневно приходили известия о том, что Шер-шах прошел еще столько-то миль; он приближался не слишком быстро, но неотвратимо, пока не достиг Сирхинда. Тогда Хумаюн отправил к нему посла с таким предложением: «Я предоставил тебе весь Хиндустан, оставь же мне Лахор, и пусть Сирхинд станет границей между нами», на что Шер-шах ответил коротко и ясно: «Я оставил тебе Кабул. Отправляйся туда». К несчастью, именно это Хумаюн не мог сделать. Кабул был владением Камрана, и тот вовсе не собирался предоставить брату, потерявшему свою империю, собственные старательно обрабатываемые и приносящие доход земли. «Правитель находился во дворце в Лахоре в полном бездействии и не знал, что ему предпринять и куда податься», — писал «подаватель кувшинов» Джаухар, а выражаясь на современный лад, лакей Хумаюна, который подавал ему умываться и помогал одеться. В довершение к прочим опасностям, угрожавшим Хумаюну, Камран предпринял тайную и предательскую попытку войти в сношения с Шер-шахом, предложив ему поддержку в обмен на Пенджаб, однако Шер-шах в помощи не нуждался и отклонил предложение. Именно в связи с этими событиями источники впервые упоминают о том, что сподвижники Хумаюна уговаривали его убить Камрана, а тот в ответ привел слова Бабура о милосердии.