До революции монастырь был известен своим некрополем. На кладбище монастыря обрели последнее земное пристанище великий русский писатель Н.В. Гоголь, поэт, богослов и общественный деятель А.С. Хомяков, другие видные представители славянофильства (Ю.Ф. Самарин, князь В.А. Черкасский, А.И. Кошелев), ученый-славист Ю.В. Венелин, поэт Н.М. Языков, духовная писательница Н.А. Бахметева, художник В.Г. Перов, основатель Московской консерватории Н.Г. Рубинштейн. После закрытия монастыря некрополь был уничтожен, лишь несколько захоронений было перенесено на другие кладбища.
После революции обитель закрывали в несколько этапов, но еще в середине 1920-х годов в монастыре проживало около 30 монашествующих. В этот период Свято-Данилов монастырь стал оплотом православия в борьбе с обновленческим расколом, центром старчества, приютом для архиереев, насильственно лишенных своих кафедр. В 1930 году Данилов монастырь был окончательно закрыт – последним в Москве. Братия монастыря в большинстве была расстреляна в 1937 году. В 1931 году строения обители были заняты исправительным учреждением для несовершеннолетних. Богослужения продолжали совершаться до 1932 года в соседней церкви в Даниловской слободе. Мощи святого князя Даниила бесследно исчезли. После закрытия обители храмы подверглись опустошению и перестройкам, могилы наиболее известных людей были перенесены на другие кладбища, а даниловский некрополь был уничтожен. В настоящее время раки с частями мощей святого князя выставлены для поклонения в Троицком соборе и соборе Святых Отцов Семи Вселенских соборов, в Покровском храме находится икона с частицей его мощей. Также в алтаре Покровского храма находится большой мощевик с 20 частицами мощей преподобных отцов Киево-Печерских, мощи преподобного Саввы Сторожевского, аналойная икона преподобных Зосимы, Савватия и Германа Соловецких с большими частицами их мощей. В Троицком соборе находится икона преподобного Сергия Радонежского с частицей мощей, в храме преподобного Серафима Саровского – икона святого, его келейные четки, частичка его мантии и часть камня 1000-дневного моления. В Покровском храме находится рака с мощами новопрославленного преподобного Георгия Даниловского чудотворца.
В мае 1983 года здания монастыря были переданы Русской Православной Церкви и в кратчайший срок восстановлены. В 1988 году Свято-Данилов монастырь стал центром юбилейных торжеств, посвященных 1000-летию Крещения Руси. В его стенах проходят Архиерейские Соборы, различные церковно-общественные мероприятия. Обители возвращен облик, исторически сложившийся в XVII–XIX веках.
В настоящее время в монастыре, помимо храма Святых Отцов Семи Вселенских соборов и Троицкого со бора, действуют храмы во имя преподобного Симеона Столпника (в колокольне) и преподобного Серафима Саровского – в подклете бывшего больничного корпуса. Храм Всех святых, в земле Российской просиявших, находится в резиденции патриарха московского и всея Руси.
Из сокровищ древнего храма Святых Отцов Семи Вселенских соборов сохранилась Владимирская икона Божией Матери с акафистом. Она находится в местном ряду иконостаса, слева от Царских врат. Справа от Царских врат размещен храмовый образ Святых Отцов Семи Вселенских соборов, написанный в 1989 году. Из других икон местного ряда замечательны в историческом и художественном отношении образ святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских, с клеймами жития на раме XVII века и Казанская икона Божией Матери XVIII века с клеймами, иллюстрирующими «Сказание о явлении чудотворной иконы Пресвятой Богородицы в городе Казани». Верхние ряды иконостаса представляют собой единый ансамбль из 67 икон XVII века, поступивших из Троице-Сергиевой лавры и Московской духовной академии.
В 1984 году колокольня Свято-Данилова монастыря была восстановлена в прежних формах. Ее высота – 45 метров. На колокольне 16 колоколов, привезенных, в основном, из Поволжья. Самый большой из них, отлитый в 1886 году в Ярославле, весит 221 пуд.
Троицкий собор – самый большой и величественный храм Свято-Данилова монастыря. После реставрации интерьер Троицкого собора воссоздан в виде, близком к первоначальному. В этом соборе находятся чудотворные иконы: Божией Матери «Троеручица» и преподобного Иоанна Кассиана Римлянина. Главная святыня Троицкого собора – хранящаяся в деревянном ковчеге частица мощей благоверного князя Даниила. По преданию, эта драгоценная святыня принадлежала настоятелю Данилова монастыря в 1917–1930 годах архиепископу Феодору. Духовные чада святителя бережно хранили частицы святых мощей преподобного князя. Впоследствии эти святыни попали в Америку. Данилову монастырю они были переданы в 1986 году предстоятелем Автокефальной Православной Церкви в Америке блаженнейшим Феодосием, архиепископом Вашингтонским, митрополитом всей Америки и Канады.