Значительную территорию монастыря занимает некрополь, который возник здесь в конце XVII века. Уже в «Истории» Карамзина Донской монастырь упоминается как главное кладбище высшего русского дворянства и богатого купечества.
Самые ранние захоронения находятся в Большом соборе. Это надгробия грузинских царевичей – Давида (ск. 1688) и его братьев Матвея и Александра (ск. 1711). В подклете Большого собора захоранивалась московская знать. Во второй половине XVIII века, особенно после указа Екатерины II от 1771 года о запрещении хоронить на церковных кладбищах в черте города, кладбище Донского монастыря стало одним из самых аристократических в Москве с очень высокими ценами на участки. Современное Старое Донское кладбище занимает два с небольшим гектара площади и простирается от Михайловской церкви к Большому и Малому соборам и далее в юго-восточную часть монастыря.
В некрополе Донского монастыря похоронены декабристы М. М. Нарышкин, П. Н. Свистунов, В. П. Зубков, Л. Д. Черевин, М. А. Дмитриев-Мамонов, писатель и философ П. Я. Чаадаев, многие государственные и общественные деятели России середины XIX века; патриарх всея Руси Тихон и архиепископ Амвросий; герои Отечественной войны 1812 года и обороны Севастополя 1854–1855 годов; писатели и поэты, имена которых известны всем со школьной скамьи: М. М. Херасков, А. П. Сумароков, В. Ф. Одоевский, В. А. Соллогуб, В. И. Майков, И. М. Долгорукий, В. Л. Пушкин; выдающийся художник В. Г. Перов, архитекторы, которым Москва многим обязана своим обликом: В. И. Шервуд, П. Д. Барановский, О. И. Бове. Продолжим еще немного перечень этих дорогих нам имен: ученые – «отец» русской авиации Н. Е. Жуковский, известные историки В. О. Когачевский, Д. Н. Бантыш-Каменский; видные ученые-медики Ф. И. Иноземцев, хирург И. К. Каменецкий, главный военно-медицинский инспектор П. А. Кайгородов; выдающаяся актриса императорской Московской оперы А. Д. Александрова-Кочетова, народный артист СССР М. Ф. Астангов.
В Донском некрополе покоятся дедушка, бабушка, дядя, две тети и две двоюродные сестры А. С. Пушкина, много друзей и знакомых великого поэта: А. О. Смирнова-Россет, Н. П. Голицына («Пиковая дама»); бабушка Л. Н. Толстого, мать писателя И. С. Тургенева, сестра и внучка А. В. Суворова, дядя А. С. Грибоедова и его двоюродная сестра С. А. Римская-Корсакова, послужившая прототипом Софьи в «Горе от ума»; жена декабриста Е. П. Нарышкина – М. М. Нарышкина, последовавшая за мужем в сибирскую ссылку; потомок М. Ю. Лермонтова – ветеран Великой Отечественной войны П. Н. Лермонтов; врач А. П. Тарасенков, лечивший Н. В. Гоголя, и др. Один этот далеко не полный перечень имен дает представление о ценности Донского некрополя для истории отечественной культуры. Ряд надгробий выполнен выдающимися русскими скульпторами И. П. Мартосом, В. И. Демут-Малиновским, И. П. Витали и др.
Сюда же, в некрополь Донского монастыря, в 2000 году был перенесен прах писателя Ивана Шмелева, а в 2005 году – прах философа Ильина и генералов Деникина и Каппеля.
В архитектурный ансамбль Донского монастыря входят: Малый или Старый собор (1591—93) – храм-памятник русскому воинству, возведенный в формах московской архитектуры XVI века, Большой Донской собор (1684—86) – архитектурная доминанта монастырского ансамбля; каменная ограда монастыря (конец XVII – начало XVIII веков); главный вход со Святыми вратами и надвратной церковью Тихвинской иконы Божией Матери (1693–1714), западные врата с надвратной колокольней (1730—50); комплекс хозяйственных и жилых построек в юго-западной части монастыря; палаты настоятеля (XVII–XVIII века) с кухонным корпусом и садом; квасоварня и конюшенный сарай XVIII века, братские кельи (вторая половина XVIII века); у южной стены монастыря больничные кельи XVIII века.
В Малом соборе находятся чтимые иконы Божией Матери Феодоровская и «Знамение», Донская икона Божией Матери под сенью, у стен собора – могила келейника святителя Тихона, мученика Якова Полозова. В Большом соборе: чудотворная икона Божией Матери. В часовне-усыпальнице Левченко (начало XX века, архитектор И. Клейн) мозаичная икона святителя Николая.
Официальной датой закрытия Донского монастыря считается 1918 год, но церковная жизнь в обители теплилась до конца 1920-х годов. С 1922 года в монастыре содержится под домашним арестом Святейший Патриарх Московский и всея Руси Тихон. 9 декабря 1924 года здесь на него было совершено покушение и был убит его келейник Яков Полозов. После кончины Патриарха 25 марта 1925 года состоялось его погребение в Малом Донском соборе, потом его мощи были перезахоронены на Немецком (Введенском) кладбище, а в 1940-х годах возвращены обратно в собор. После этого следы захоронения надолго затерялись. В 1992 году во время ремонта Малого собора случайно была найдена плита с надписью: «Святейший Тихон, Патриарх Московский и всея Руси». Глубже монахи обнаружили склеп. Пролежав во влажном склепе 67 лет, мощи почти полностью сохранились. Рака с мощами патриарха Тихона (находится у южной стены трапезной Старого Донского собора). В небольшом 2-этажном домике в настоящее время развернута экспозиция музея «Келья Патриарха Тихона».