После разорения 1611 года Валаамский монастырь более ста лет находился в полном запустении. Доклад о восстановлении Валаамского монастыря представил императору Петру I архимандрит Кирилло-Белозерского монастыря Иринарх. В 1715 году последовал указ императора о возобновлении монастыря. Строительство монастыря было разрешено на только что отвоеванной территории, когда еще не был подписан мирный договор (Ништадтский договор 1721 года). Это могло совершиться только по прямому указанию самого Петра I. Уже в самом начале 1719 года построили деревянную церковь Преображения Господня с приделами во имя святых апостолов Андрея Первозванного и Иоанна Богослова. В 1720 году монастырь, приписанный сначала к Кирилло-Белозерской обители, получил самостоятельность. Захолустная в то время обитель была удостоена, по воле самого Петра, редкого статуса архимандрии.
Обитель росла, но в 1754 году ее постигло новое испытание: 3 апреля, в день Светлого Христова Воскресения, после литургии начался пожар. Монастырь сгорел полностью. Уцелела только Благовещенская часовня и часть стены над святыми вратами. Было спасено несколько икон, церковных сосудов, богослужебных книг и три освященных антиминса. Первое время после пожара иноки, с разрешения епископа, совершали обычное богослужение в часовне, которую просили освятить как церковь. По прошению Синода императрица Елизавета Петровна пожаловала на новые постройки 8000 рублей. В 1756 году завершилось строительство деревянной теплой церкви во имя Успения Пресвятой Богородицы и соборной церкви во имя Преображения Господня. Монастырь обнесли деревянной оградой. С западной стороны ограды располагалось также три часовни: над вратами – Предтеченская, с севера – Космодамианская, с юга – Ильинская. Еще одна часовня находилась перед входом в обитель.
5 марта 1786 года по повелению государыни императрицы Екатерины II Валаамский монастырь включили в число штатных 3-го класса с игуменским настоятельством.
В 1789 году была освящена во имя преподобных отцов Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, нижняя церковь собора; в 1793 году церковь во имя святителя и чудотворца Николая; в 1794 году Преображенский собор и его придел во имя святых апостолов Петра и Павла, и в 1796 году, по перестройке, храм Успения Пресвятой Богородицы. В 1793 году, по высочайшему повелению, в монастыре учредили епархиальную больницу на пять человек персонала.
Надвратную церковь в честь святых апостолов Петра и Павла освятили 29 июня 1809 года, а больничный храм во имя иконы Божией Матери «Живоносный Источник» – 30 июня 1814 года. На пожертвованную благотворителями сумму на месте, где почивают под спудом святые мощи преподобных Сергия и Германа, в 1823 году была сооружена серебряная рака.
2 апреля 1822 года монастырь был возведен в первый класс, при условии, что он сохранит общежительные правила, а настоятели, избираемые из числа Валаамской братии (это правило было утверждено указом консистории еще в 1813 году), всегда будут игуменами.
Паломники из России посещали Валаам только летом, тогда как бедные жители окрестных берегов Ладожского озера – круглый год. Число таких посетителей доходило до семи-восьми тысяч. Под монастырской горой был выстроен каменный странноприимный дом. Так как в округе часто не было врача и у местного населения не находилось средств для лечения, монастырь оказывал и медицинскую помощь.
Слава о благоустроенности обители стала распространяться не только по православной России, но и за ее пределами. Сюда приезжали даже из афонских монастырей. По внутренней духовной организации и устроению многие отдавали предпочтение Валаамской обители перед монастырями Афонской горы.
В 1820 году в Петербурге, в Малой Коломне, на Мясной улице, был куплен для Валаамского подворья дом. В 1840 году был перестроен скит Всех святых, возведены новые каменные кельи, каменный храм. В 1852 году недалеко от келейных корпусов центральной усадьбы была построена каменная двухэтажная гостиница для приезжающих на Валаам богомольцев. В 1853 году на Крестовом острове, который впоследствии получил название Никольского, был воздвигнут каменный храм во имя святителя Николая Чудотворца, а в 1858 году двухэтажный дом для священнослужителей и братии с домовой церковью во имя преподобного Иоанна Дамаскина (1865).
В 1855 году совершилось соборное освящение нового деревянного храма во имя преподобного Александра Свирского и три деревянных келейных корпуса для братии на Святом острове. В 1856 году недалеко от монастырской пристани устроен двухэтажный странноприимный дом для бедных финнов.