Предвидя возможность конфликта империи с ее северными и западными соседями, в первую очередь с Венгрией, Мурад II продолжал накапливать военную мощь. Во время его правления существенно возвысились янычары, став элитой османских войск. Вопрос, когда именно корпус возник, является весьма туманным. Он оброс множеством легенд, и современные ученые на него пока еще не ответили. Даже если согласиться с тем, что Мурад II не был его основателем, все равно он был тем султаном, который превратил янычар в могучий инструмент войны, игравший большую роль в делах империи вплоть до кровавой ликвидации корпуса в 1826 году. Янычары были не турками, а сыновьями балканских христиан, отобранными у них, согласно призывной системе, считавшейся «дьявольски изобретательной». Юноши, отобранные по лучшим физическим и умственным данным специальной призывной комиссией, которая объезжала территории раз в два года, увозились из дому, обучались исламским традициям и военному делу, подчиняясь строжайшей дисциплине. После этого их использовали как телохранителей султана, а также на других службах. Определенные регионы — грубо говоря, это Малая Азия, Греция и позже Константинополь, а также захваченная Венгрия — освобождались от этой повинности. Больше всего от нее страдали балканские славяне и албанцы. С другой стороны, способных янычар, несмотря на их происхождение, могла ожидать блестящая карьера. Начиная со времен Мурада II и далее «набор мальчиков» (девширме) — так называли в народе эту повинность — обеспечивал постоянный резерв людской силы для высоких должностей в османском государстве. Османская история изобилует примерами рекрутов-христиан, которые поднялись по служебной лестнице янычар до самого высокого положения. Несомненно, подобные случаи несколько смягчали негодование отдельных семейств и целых народов против жестокости такой системы. Впоследствии султаны обнаружили, что янычары могут быть опасными; они составляли отдельную и могущественную военную группировку, а также удивительным образом связались с еретическим и демагогическим суфийским орденом Бекташи, имевшим среди них большое влияние. Не только корпус янычар, но и другие части вооруженных сил извлекли пользу из усилий Мурада II по наращиванию османской военной мощи. Во время его правления появилось первое огнестрельное оружие. Но артиллерия приобрела настоящую важность только при его сыне Мехмеде II.
Общий характер османского государства при Мехмеде II начал существенно меняться. Когда султан открыл высшие военные и дворцовые должности для нетурецких ренегатов, то есть представителей покоренных народов, которые были или набраны в корпус янычар, или добровольно приняли ислам в поисках выгоды, или согласно убеждениям, прежняя социальная структура стала распадаться, а политическая власть турецких группировок уменьшаться. Правящий класс все больше становился нетурецким. Старые турецкие благородные семейства, некогда фактически монополизировавшие высшие функции, оказались не у дел. Теперь им принадлежала лишенная влияния и власти, но не процветания роль землевладельцев, живущих в своих поместьях. Процесс, завершенный при Мехмеде II, шел не без сопротивления, правда безуспешного. Он мог быть источником внутренних трений, которые, возможно, лежали в основе интересного случая (о котором будет сказано позже) — временного отказа Мурада II от трона. Правление Мурада не было избавлено от религиозных ссор. Согласно дошедшим до нас документам, хуруфиты — еретическая секта персидского происхождения, названная так, потому что ее члены придавали сверхъестественное значение буквам (хуруф) арабского алфавита, были особенно активны.