Первое препятствие было уже само по себе достаточно серьезным: Дюбуа не знал, где искать. Но однажды он прочел в научном журнале статью, которая утверждала, что если уж верить в существо, стоявшее между животными и человеком, то искать его кости можно только на островах Малайского архипелага. Лишь там живут гиббоны — единственная группа обезьян, которая имеет какое-то отношение к человеку. Вскоре Дюбуа узнал, что на острове Суматра обнаружены позднетретичные млекопитающие, и окончательно решил, что питекантропа следует искать на Малайском архипелаге. Дюбуа считал, что питекантроп мог жить в конце третичного периода.
Эжен Дюбуа
Однако все ходатайства Дюбуа об оказании финансовой поддержки экспедиции за питекантропом оставались без ответа. Сам Дюбуа не был состоятельным человеком, но обладал таким ценным качеством, как упорство исследователя. Он решил оставить работу в университете и поступить врачом в голландскую колониальную армию. Фюрбрингер, которому Дюбуа сообщил о своих намерениях, дружески отговаривал молодого ученого, убеждая, что многолетнее пребывание в экваториальной Азии погубит его университетскую карьеру. Но Дюбуа не изменил своего намерения. Мысль найти питекантропа, доказать, что законы эволюции действительны и для человека, была слишком заманчивой.
В конце октября 1887 года Дюбуа отплыл из Голландии на Суматру. Там, на западном побережье острова, в Паданге, он и начал свою службу в больнице. На Суматре Дюбуа сразу приступил к раскопкам, уделяя им все свободное время. С помощью туземцев он обследовал все пещеры в окрестностях Паданга, но безрезультатно. Вероятно, только отсутствием опыта можно объяснить, что здесь, в тропиках, Дюбуа начал раскопки с пещер. Ведь то, что в Европе приводило к успеху, здесь оказывалось бессмысленным. В Европе древнему человеку приходилось прятаться в пещерах в холодное время года, при наступлении ледников, а во влажном и жарком климате тропиков, где не существует резкой разницы между летом и зимой, пещеры никогда не служили людям жильем.
Дюбуа копал год, второй, третий — и все безрезультатно. Раскопки поглотили все его сбережения, но и самой маленькой косточки питекантропа он не обнаружил. Правда, попадалось много костей животных. К счастью, Дюбуа был не только упрям, но и терпелив — неудачи не остановили его.
Однажды Дюбуа получил с соседнего острова Ява обломки черепа, найденные неким ван Ритшотеном в каменоломне, где добывали мрамор. Обработав и соединив обломки, Дюбуа решил, что это череп австралоидного типа, но ни в коем случае не череп жителя Явы. Однако находка побудила ученого просить перевода на Яву. Его желание удовлетворили.
14 апреля 1890 года Дюбуа прибыл на Яву и немедленно начал раскопки неподалеку от Вадьяка, на южном берегу острова. Вскоре ему удалось найти обломки черепа. Но Дюбуа был хорошим анатомом и понимал, что ни этот череп, ни ранее найденный не принадлежат предкам человека. Следовательно, слои, в которых они обнаружены, относятся к более позднему геологическому времени, а значит, и искать в них кости питекантропа бесполезно. Поэтому Дюбуа изменил место раскопок: сначала он перенес их к Кедунг-Брубусу, в сторону от побережья, а затем — в окрестности селения Триниль, где местные жители давно находили древние кости. Самые крупные, принадлежавшие животным с хоботом, они считали костями великанов.
Дюбуа начал копать в этом районе в августе 1891 года. К концу сухого времени года уровень воды в реке понизился, обнажив слои пород, в которых находили кости. Вскоре и Дюбуа обнаружил здесь множество костей и зубов вымерших млекопитающих. Самой интересной из первых находок был зуб — третий верхний коренной, который сразу привлек внимание Дюбуа. Он принял его за коренной зуб большого шимпанзе, к тому времени на Яве уже вымершего. Спустя месяц всего в трех метрах от места, где был найден зуб, он откопал черепную крышку с сильно развитым надглазничным валиком. Однако Дюбуа все еще продолжал считать, что и это кости вымершего шимпанзе.
Период дождей прервал работы. Возобновились они только на следующий год. И вот в августе 1892 года в том же слое, на расстоянии всего пятнадцати метров от места первых находок, Дюбуа раскопал неповрежденную левую бедренную кость. И если зуб и черепную крышку можно было с большей или меньшей уверенностью приписывать шимпанзе, то в отношении этой кости у опытного анатома не могло быть никаких сомнений: она принадлежала существу, передвигавшемуся в вертикальном положении.