В столице Франции судьба оказалась к нему благосклонна. Там он познакомился с известным ученым Александром фон Гумбольдтом, который написал ему рекомендательное письмо для медицинского факультета Базельского университета, где Юнг всего лишь за один год прошел путь от доцента до профессора. А уже в 1828 году он был избран ректором, став почетным гражданином Базеля.
Несмотря на столь обширную деятельность Карла Юнга (старшего) неизменно тянуло к чему-то большему. Идеалистические идеи переустройства общества не шли у него из головы. Возможно, именно поэтому он решил вступить в тайную масонскую организацию, а со временем стал ее главой — Великим Магистром Швейцарии. Масонское братство давало Юнгу (старшему) не только возможность влиять на судьбы мира, но и заниматься вполне прагматичными вещами. Например, личные связи он использовал при создании и патронаже больниц в Базеле. Членство в масонской ложе давало ему также чувство принадлежности к обществу, чего Карлу Юнгу (старшему), высланному из родной Германии, так не хватало.
Семейная жизнь Карла Юнга (старшего) была далека от безмятежности. Его первая жена умерла, и он решил посвататься к дочери мэра Базеля. Но получил отказ. Выйдя из дома главы города, Юнг не придумал ничего лучшего, чем отправиться в ближайший трактир, где сделал предложение первой встреченной им официантке. Изумленная девушка, которую звали Аниела, сразу же ответила согласием, и вскоре они поженились.
Однако счастье молодых супругов оказалось недолгим. Спустя три года Аниела умерла, и Юнг вновь пошел свататься — к дочери главы города Софи Фрей. На сей раз мэр уступил напору кавалера и отдал дочь ему в жены. К тому моменту у Юнга (старшего) уже было пятеро детей от двух жен. Всего же он стал отцом тринадцати детей, большинство из которых умерли, не дожив до юношеских лет. Последнего, тринадцатого ребенка звали Иоганн Пауль Ахиллес Юнг. Именно он стал отцом нашего героя — Карла Густава Юнга.
Дедушка и бабушка Карла Юнга по материнской линии также были весьма примечательными личностями, прямо или косвенно оказавшими влияние на внука. Дед Самуил Прейсверк был известным теологом, главой протестантской общины Базеля, автором стихотворений и церковных гимнов, грамматики древнееврейского языка. Семейные легенды гласили, что Самуил был визионером. В его рабочем кабинете стоял специальный стул для духа первой жены, который приходил к нему каждую неделю. Рассказывали, что когда он сочинял проповеди, то сажал дочь Эмилию — будущую мать Карла Юнга — у себя за спиной и она отгоняла злых духов, чтобы те не мешали ему творить. Вторая супруга Самуила Прейсверка Аугуста Фабер, бабушка Юнга, якобы обладала способностями прорицательницы. Когда ей было 20 лет, она из-за болезни оказалась в состоянии каталептического транса, из которого была выведена, лишь когда врач прикоснулся к ее голове раскаленной кочергой. После такого пробуждения она и начала «пророчествовать».
Родители Карла Юнга были людьми куда менее известными. Отец будущего психолога Пауль Ахиллес Юнг изучал восточные языки в Гёттингене и даже подготовил диссертацию по арабскому переводу «Песни песней царя Соломона» — одной из книг Ветхого Завета. Но, как позднее писал его сын Карл, «дни славы отца закончились вместе с последним экзаменом, после которого он забыл свой лингвистический талант». Пауль Юнг сначала стал сельским пастором, а в 1879 году был переведен в Кляйн-Хюнинген, предместье Базеля, где получил назначение в храм при психиатрической больнице.
Характер и образ жизни отца не стали примером для Карла, который считал его деятельность на религиозном поприще бездарным времяпрепровождением, а между тем Пауль Юнг имел склонность к научному познанию мира — более совершенному, с точки зрения сына, пути к истине. Тем не менее тот факт, что Карл родился в семье священника, оказал важнейшее влияние на его духовный поиск и интерес к религии. Другое дело, что ответы, которые давал отец и христианское учение в целом, не устраивали мальчика. Вполне вероятно, что в отношениях отца и сына произошло нечто, о чем мы не знаем, но что было расценено маленьким Карлом как травмирующее событие. Иначе невозможно объяснить то настойчивое, невротическое желание следовать в своей жизни наперекор всему, что делал его отец и во что он верил.
Женой Пауля Юнга стала Эмилия Прейсверк, которую Карл считал хорошей матерью, нежной, общительной, умевшей выслушать собеседника. Находясь под влиянием своего отца, она всю жизнь верила в наличие у нее вещих снов и вела дневник, в который записывала все случаи ясновидения.