Защитив докторскую диссертацию, Йеркс получил должность преподавателя в Гарвардском университете, проработав там до 1917 года. В Кембридже он женился на Аде Уоттсрсон, занимавшийся ботаникой; там же родились двое их детей, Роберта и Дэвид. В этот период времени Йеркс проводил классические исследования поведения животных. Вначале его интересовали такие темы, как сенсорная функция, инстинктивное поведение, решение задач и научение; кроме того, он изучал различные виды позвоночных. Одной из его первых классических работ была книга «Танцующая мышь» (The Dancing Mouse) (1907) — обширное исследование генетики и поведения домашних мышей-мутантов. В тс времена исследованиям в области сравнительной психологии в Гарварде уделялось мало внимания, и Йерксу пришлось под некоторым давлением переключиться на воспитательную психологию. С 1913 по 1917 год Йеркс работал на полставки с Эрнестом Э. Саутхардом в отделении психопатологии Бостонской центральной больницы. Там он участвовал в разработке теста умственных способностей по шкале оценок. В этой методике для всех возрастных категорий используются одни и те же вопросы, и набранные баллы отражают степень правильности ответа на данный вопрос, а не просто способность ответить «да» или» нет». Несмотря на то, что вклад Йеркса был достаточно значительным и обеспечил ему звание президента Американской ассоциации психологов (ААГ() в 1916 году, когда он был доцентом, Гарвард не повысил его в должности. В 1917 году он решил покинуть Гарвардский университет и принять предложение возглавить факультет психологии в университете штата Миннесота, однако первая мировая война перечеркнула его планы. Когда Соединенные Штаты вступили в войну, Йеркс, как президент ААП, первым предложил услуги психологов военным. Его направили в санитарную службу армии США ответственным за разработку и использование тестов интеллекта в армии.
По окончании войны Йеркс некоторое время оставался в Вашингтоне в должности администратора Национального научно-исследовательского совета. Именно в этот период он завязал контакты, которые сыграют важную роль в исполнении его давнего желания — создать лабораторию по изучению приматов. Эта мечта, по утверждению Йеркса, родилась у него в 1900 году, когда он еще учился в Гарварде. Несколькими годами позже он опубликовал свой план и работал над его реализацией в течение ряда лет, по возможности проводя исследования приматов в самых разных местах. В 1911 году Йеркс купил во Франклине, штат Нью-Гемпшир, ферму, служившую ему впоследствии и дачей и местом для научной работы. Вскоре после этого он договорился о поездке на остров Тенерифе для совместной работы с Вольфгангом Кёлером по изучению механизма решения задач у шимпанзе, но им помешала первая мировая война. Вместо этого в 1914–1915 годах он изучал поведение приматов в поместье Маккормика в Монтесито, Калифорния; эту возможность предоставил ему Гиберт ван Тассель Гамильтон. Исследования приматов, проведенные Йерксом в Калифорнии, особенно орангутанга по имени Джулиус и двух обезьян, стали важным вкладом в публикации по решению задач. Летом 1923 года он купил своих первых двух обезьян, Чима, позднее признанную как «бонобо», и Панзи, «обычного» шимпанзе, и начал проводить на них опыты. Следующим летом институт Карнеги финансировал исследования Йеркса на приматах госпожи Розалии Абрё на Кубе; эта работа привела к написанию еще одной книги — «Почти люди» (Almost Human) (1925). В 1925 году Йеркс приобрел две пары шимпанзе, Билли (названного в честь Уильяма Дженнингса Брайана) и Двину (названную в честь Дарвина), а затем Пэна и Уэнди; изучению их он отдавал много времени и усилий. Кроме того, во время трех поездок во Флориду в период между 1926 и 1928 годами он исследовал гориллу Конго и описал эту деятельность в двух объемистых монографиях. В тот же самый период он и Ада Йеркс написали книгу, содержащую подробную информацию об обезьянах «Большие обезьяны: исследование жизни антропоидов (1929). Тем временем Джеймс Роуленд Анджелл, друг Йеркса, стал ректором Йельского университета. Анджелл и Йеркс разработали планы для Йельского института психологии, и в 1924 году Йеркс переехал в Нью-Хейвен в качестве члена преподавательского состава Йельского университета. В 1925 году Мемориал Лауры Спелмэн Рокфеллер предоставил Йерксу средства для осуществления в Нью-Хейвене четырехлетней работы по исследованию приматов. Все эти четыре года Йеркс упорно трудился над разработкой и реализацией плана по созданию в субтропиках научно-исследовательской станции для изучения приматов. Наконец, в январе 1929 года Фонд Рокфеллера выделил 25 000 долларов на технико-экономическое обоснование этой станции и в этом же году предоставил дополнительную сумму в 475 000 долларов на строительство станции. После обширных поисков Йеркс выбрал небольшую общину Ориндж Парк около Джексонвилла в штате Флорида в качестве места для «Экспериментальной станции Йельского университета по изучению антропоидов», которая была открыта в июне 1930 года. Позднее станция стала называться «Лабораториями сравнительной психобиологии», «Лабораториями Йельского университета по биологическим исследованиям приматов» (YLPB), а после ухода Йеркса с поста директора в 1941 году — «Лабораториями Йеркса по биологическим исследованиям приматов».