Это было важное исследование, поскольку впервые вопрос различий в национальной культуре поведения был выведен из сферы гипотез и анекдотов в область систематических и контролируемых наблюдений за поведением и его изменениями. Кроме того, оно предопределило элементы, которые впоследствии станут характерными для научного стиля Милгрэма. Во-первых, для получения желаемых эффектов он уделял особое внимание техническим деталям. Например, чтобы убедить испытуемых в том, что они действительно принимают участие в эксперименте вместе с другими, у входа в лабораторию помещали вешалку с пальто. Второй элемент в стиле Милгрэма прослеживается в комментариях одного из участников опыта из Норвегии, который сказал: «Эксперимент мне показался очень интересным, и психология, наверное, увлекательное занятие». Милгрэм любил исследовательскую работу, и особенно ему нравилось использовать именно ту методику, которая подходила для конкретного вопроса — то, что он называл «экспериментальным нововведением».
После подготовки докторской диссертации в Европе Милгрэм возвратился в Соединенные Штаты. 1959 и 1960 годы он провел в Институте специальных исследований в Принстоне, штат Нью-Джерси, в качестве ассистента Аша, помогая ему в научной работе и в редактировании книги о проблемах конформности, которую тот в то время писал (она, кстати, так и не была опубликована). Хотя Милгрэм считал Аша своим интеллектуальным наставником, он не смог установить с ним ту легкость в общении, которая удавалась ему с другими бывшими преподавателями, такими, как Олпорт и Браун. Для Милгрэма это был год одиночества, но зато у него было много времени для размышлений. Он знал, что для достижения академических вершин ему необходимо было создать серьезную и оригинальную программу исследований. К концу года, проведенного в Принстоне, он знал, что она будет из себя представлять — это будет исследование подчинения авторитету.
Милгрэм приехал в Йель осенью 1960 года и был принят на должность доцента с первоначальным окладом 6 500 долларов в год. Он был готов приступить к работе немедленно. Действительно, самое первое исследование проблемы подчинения проводилось студентами, которым он читал курс малых групп в первый же семестр своего преподавания в университете. Вот как описывал его Милгрэм:
«Исследование, проводившееся моими студентами по курсу малых групп под моим руководством, контролировалось недостаточно. Но даже в этих неконтролируемых условиях поведение испытуемых поразило студентов, да и меня тоже… Вряд ли студенты могли в полной мере оценить значение того, что они наблюдали, но у всех было ощущение, что произошло нечто неординарное. Когда мы закончили работу, они выразили свои чувства, пригласив меня в кабачок Мори — просто так преподавателей туда не водили». (Документы Стэнли Милгрэма, библиотека Йельского университета, 16 января 1979 года.)
Начало 60-х гг. внушало психологам оптимизм, так как их исследования щедро финансировались. Карл Ховланд предложил Милгрэму обратиться за дотацией, и тот последовал совету в октябре и ноябре 1960 года, послав запросы в Управление военно-морских исследований, Национальный институт психогигиены и Национальный научный фонд (ННФ). 27 января 1961 года Милгрэм официально представил в ННФ заявку на субсидию по теме «Динамика подчинения: эксперименты в области социальной психологии» с просьбой обеспечить финансовую поддержку в течение двухлетнего периода, начиная с 1 июня 1961 года. Проверка, проведенная ННФ, включала в себя поездку в Йельский университет Генри Рикена, который возглавлял Управление общественных наук при ННФ. Рикена сопровождали Ричард Кристи и Джеймс Коулмэн. Окончательное заключение комиссии гласило: «Предложение достойно поощрения». В заметках комиссии при обсуждении указывалось, что представленный проект является «смелым экспериментом по изучению важного и фундаментального социального феномена». Хотя мнения комиссии по поводу достоинств проекта разделились, в постановлении было рекомендовано его поддержать. Уведомление о положительном решении Милгрэм получил 3 мая 1961 года. Выделенная сумма составила 24 000 долларов на два года (дело о предоставлении субсидии №G-17916 Национального научного фонда, Вашингтон, округ Колумбия).