Все это привело к тому, что, как и можно было ожидать, методы психотерапии, несмотря на горячую поддержку Джеймса, не были восприняты всерьез американскими академическими или психологическими кругами. Он рассматривал психотерапию как типично американский вклад в психологию, который в высшей степени соответствовал практическому и оптимистическому складу характера Джеймса. Когда медики увидели в психотерапевтах своих конкурентов, они в 1898 году направили в законодательное собрание штата Массачусетс законопроект о том, что психотерапевты обязаны иметь степень доктора медицины, чтобы получить разрешение на практику.
Джеймс понимал, что требование о сдаче экзаменов на докторскую степень приведет к ликвидации этого движения, и потому выступил перед законодательным собранием штата с речью, призывающей не принимать подобный законопроект, но тщетно. Медики-профессионалы добились того, чего хотели.
Джеймс пытался научить американских психологов большей восприимчивости к временному и гипотетическому характеру основ научной психологии и расширить их концепцию гуманности путем прослеживания значимых взаимосвязей между данными, поступающими из разных источников. В сентябрьском выпуске «Американского журнала по психологии» за 1890 год в своем письме к редактору Джеймс попросил содействия в сборе информации для научного исследования — по «статистике галлюцинаций».
Неослабное внимание, проявляемое Джеймсом к подобным феноменам, а также к уникальности и индивидуальности психологических фактов и личного опыта, стало причиной его споров с ведущими специалистами в американской психологии о предмете и методах психологии. Характерное для маститых психологов начала века отношение к психологии отличалось от взглядов, которых придерживался Джеймс.
Можно сказать, что это было проявлением силы духа одного человека против многих других. Джеймс отлично понимал, что в академических кругах его мировоззрение не принималось, и говорил: «Я чувствую себя как человек, который должен как можно скорее загородить спиной открытую дверь, если он не хочет увидеть, как эта дверь будет закрыта и заперта на замок» (1902).
Конечно, Джеймс не избежал критики, что естественно следует из вышесказанного. Когда, спустя 12 лет подготовки, были опубликованы «Принципы психологии» (Principles of Psychology) Джеймса (1890), старая гвардия психологов не смогла промолчать по этому поводу и с полной уверенностью заявила, что сделанные Джеймсом предположения вряд ли можно воспринимать серьезно. Хотя труд Джеймса производил впечатление своими экспериментальными находками и интроспективными глубинами, «Принципы» оказались провокационной книгой. Джеймс воспользовался примерами из истории и тривиальными случаями из повседневной жизни.
Г. Стэнли Холл назвал книгу Джеймса «импрессионистской», а Вундт заявил, что это беллетристика, а не научный труд — «вердикты», до некоторой степени спровоцированные огромным количеством экспериментальных данных и серьезных аргументов, приведенных Джеймсом. В любом случае, невзирая на критику, «Принципы» имели ошеломляющий успех. По этому поводу говорилось, что с публикацией «Принципов» Джеймс стал признанным источником самой живой психологической мысли в стране.
Из «Принципов психологии» и всех прочих произведений Джеймса очевидно, что слово «амбивалентный» наиболее полно характеризует мнение Джеймса о традиционной психологической науке. Он с уважением относился к эмпирическому методу, но считал, что если результаты эмпирического подхода не могут помочь в решении вопроса, следует рассматривать такой традиционный научный метод как ограниченный.
Большая часть аргументов Джеймса основывается на примере ученых, которые отрицают веру и заявляют, что научный метод является совершенно объективным. Джеймс был не согласен с их презрительным отношением к предметам, выходящим за рамки науки, и высказал предположение о том, что такие ученые не сумели разглядеть свою собственную веру в исключительной правоте материалистического мировоззрения, которое не в состоянии объяснить многие проявления человеческого опыта. Подобно Маху, Джеймс настаивал на том, что научный язык является изобретением человека. По Джеймсу, гипотезы есть просто способы толкования, а не буквальные копии реальности. Он полагал, что в некоторых случаях стоит воспользоваться конкретными религиозными интерпретациями.