В возрасте шести лет Карл пошел в школу. Поначалу учеба мальчику нравилась. Он легко осваивал материал, опережая сверстников в интеллектуальном развитии. Кроме того, Карл нашел в школе друзей, которых так не хватало прежде.
Весной 1886 года родители отправили Карла в гимназию Базеля. Оказавшись в новом для себя мире, мальчик впервые понял, что такое социальное неравенство. Он происходил из семьи бедного сельского священника и был вынужден сидеть по шесть часов в классе, судя по его воспоминаниям, «в дырявых туфлях и мокрых носках», тогда как сверстники были детьми состоятельных родителей, хорошо одетыми, воспитанными, имевшими карманные деньги. Острое неприятие действительности привело к проблемам со здоровьем, которые сам Юнг мог бы в дальнейшем охарактеризовать как невротические. Однажды во время конфликта с одноклассником Карл неожиданно потерял сознание. Ничего страшного в этом не было, но впоследствии он стал использовать этот прием, чтобы избежать неприятных для себя вещей — учебы в гимназии, выполнения домашнего задания или столкновений с какими-либо трудностями. Лишь случайно подслушанный им разговор отца, в котором Пауль Юнг выражал озабоченность будущим сына в связи с его болезненным состоянием, которое не могли объяснить даже врачи, заставил Карла осознать свою проблему и начать с ней бороться. Успех не заставил себя ждать, юноша избежал дальнейшего погружения в невроз, вернувшись к реальности, какой бы неприглядной она ему ни казалась.
Подростковый возраст Карла характеризовался трудностями в учебе (особенно ему не давалась математика) и конфликтами с одноклассниками, многие из которых, как он считал, ему завидовали. Но главной проблемой для юноши продолжала оставаться вера, вернее, неприятие христианских догматов, объясняющих окружающую действительность. В поисках альтернативных ответов на мучившие его вопросы, в первую очередь о природе зла, грехе и их роли в жизни людей, Карл по совету матери обратился к чтению «Фауста» Гёте, который, как вспоминал сам Юнг, «пролил бальзам на его раны». Вдохновленный «Фаустом», он заинтересовался трудами философов, и главным его открытием стал Артур Шопенгауэр. «Философ пессимизма» подтвердил смутные опасения Карла, что окружающая реальность отнюдь не так хороша, а люди не так добры, как говорил отец или он сам читал в Библии.
Если бы молодой Карл обладал теми навыками психолога, которые он приобретет в будущем, или был бы более осведомлен о жизни немецкого философа, возможно, он скептически отнесся бы к идеям человека, лишенного с детства материнской заботы и любви, боявшегося людей и всегда спавшего с оружием под подушкой, имевшего еще множество фобий, окрашивавших его мир в черный цвет. Всего этого молодой Юнг не знал и воспринимал многие идеи Шопенгауэра с энтузиазмом.
Весной 1895 года Карл Густав Юнг получил аттестат об окончании школы и выбрал в качестве будущей профессии медицину. Справедливости ради надо отметить, что в это время юношу интересовала археология, но денег на ее изучение у семьи не было — отец Карла тяжело болел. Через год Пауль Юнг скончался, успев перед этим выхлопотать сыну стипендию для учебы в Базельском университете.
По всей вероятности, Карл был усердным студентом, не тратившим время на увеселения, как его однокурсники. Он по-прежнему интересовался философией. Учитывая семейные легенды, вполне понятно, почему Карл увлекался работами шведского мистика Эммануила Сведенборга, который утверждал, что способен общаться с духами, и якобы даже контактировал с жителями других планет. К числу авторов, работы которых Карл с жадностью штудировал, относился немецкий врач и астролог Фридрих Месмер, чьи взгляды стали основой теории «месмеризма» — веры в то, что люди способны выделять особый вид энергии («животный магнетизм»), позволяющий им устанавливать телепатическую связь друг с другом. Месмер полагал, что в состоянии транса некоторые индивиды могут прозревать будущее или прошлое, способны диагностировать болезни и лечить их с помощью собственных энергий.
Идеи этих мыслителей, дополняясь или перерабатываясь, в различных формах и связях между собой Юнг пронес через всю жизнь. Но самым важным открытием для него в студенческие годы стала книга Фридриха Ницше «Так говорил Заратустра», в которой мысли о «сверхчеловеке» противопоставлялись библейским взглядам на отношения между людьми и Богом, а «вечное возвращение» — идее прогрессивного развития общества.
У всего есть причины, даже если человеку они не всегда известны. Видимо, под влиянием прочитанных книг, а также семейных историй о своих предках летом 1895 года Карл и несколько его родственниц собрались вместе для первого в их жизни спиритического сеанса. Произошедшие в дальнейшем фантастические события были описаны в книге Стефани Замстейн-Прейсверк — племянницы одной из главных участниц сеанса, Хелен Прейсверк, кузины Юнга. Именно Хелли, как ее называли родственники, оказалась тем медиумом, через которого якобы общался с собравшимися дух деда Юнга — Самуила Прейсверка. В течение последующих месяцев было проведено несколько подобных сеансов, пока отец Хелли не запретил девушке в них участвовать.
«Столоверчение», как тогда назывались спиритические сеансы, возобновилось через несколько лет. В ходе новых встреч с душами мертвых, как вспоминали очевидцы, осенью 1898 года треснул стол, за которым сидели собравшиеся, а также раскололась хлеборезка (Юнг сохранил эти осколки как напоминание о тех неизвестных силах, которые были вызваны им и его кузиной). Однако вскоре сеансы прекратились окончательно. Главной причиной, о которой Юнг упоминал в своей автобиографии, стал тот факт, что Хелли начала имитировать общение с духами, то есть попросту лгать или фантазировать о том, что она слышала. Вполне вероятно, что причиной подобных действий девушки стала влюбленность в Карла и как следствие — ее желание быть для него интересной, для начала хотя бы как медиум. Юношу это желание девушки нисколько не тронуло, и он прервал контакты с Хелли. Он увиделся с ней еще один раз за несколько лет до ее смерти. Хелен Прейсверк умерла в 1911 году от туберкулеза.
Во время обучения в университете Юнг был убежден в способности людей общаться с бесплотными существами или представителями иных миров. По мнению Карла Юнга, в ходе спиритических сеансов он получал информацию из некоего источника, находившегося вне психики его кузины. Но возникал вопрос: как это объяснить? И здесь от «юношеского философствования», как Юнг это называл, он перешел к психологическому объяснению духовных феноменов, к области, где «взаимодействие природы и духа становилось реальностью».
Правда, его выбора в пользу психиатрии, состоявшегося на последнем курсе университета, не понял никто — ни преподаватели, прочившие ему карьеру терапевта, ни сокурсники, посчитавшие его глупцом. Юнга это непонимание не остановило, и он подал заявление о принятии его на работу в качестве ассистента в психиатрическую клинику Бургхольцли в Цюрихе. 11 декабря 1900 года Карл Юнг впервые вошел в двери больницы и был радушно встречен ее главным врачом, профессором Эйгеном Блейлером, человеком, полностью посвятившим себя работе и требовавшим того же от своих подчиненных. Именно Блейлер, проводивший исследования психотических больных, стал автором терминов «шизофрения» (которая в то время даже именовалась «болезнь Блейлера») и «аутизм».