Оборона Лавры продолжалась, однако, с неослабною энергией. Ибо над всеми невзгодами и печалями защитников высоко стояла их вера в помощь Божью и заступление св. Сергия; святость места в минуты крайней опасности возбуждала в них воинственное одушевление и горячее желание отстоять его от поругания иноверными врагами. Архимандрит и старцы продолжали питать это одушевление усердными молитвами, увещаниями и легендами о чудесных видениях. Таковые видения объявлял иногда сам архимандрит Иоасаф, а большею частию о них повествовал инок-пономарь Иринарх. То являлся ему св. Сергий и приказывал возвестить братии, чтобы не унывала, что скоро придет помощь от царя Василия; то ученик Сергия св. Никон предстал ему во сне и повелел, чтобы болящие терли себя новым снегом, который выпадет в эту ночь, и, по словам летописца, те, которые с верою исполняли сие повеление, получали облегчение.
Укрепленные верою, некоторые защитники монастыря из простолюдинов отличились поистине богатырскими подвигами. О них летописец (Палицын) сообщает нам любопытные подробности. Так между даточными людьми был один крестьянин прозванием Суета, великан ростом и силою, но неопытный в военном деле, нехрабрый и неумелый боец; что навлекало на него насмешки. Однажды во время большой вылазки он объявил: «Сегодня или умру, или получу большую славу». И действительно, он принялся так рубить своим бердышом, что поразил многих врагов, защищенных бронею, и с кучкою пеших товарищей отбил в одном месте целый полк Лисовского. В том же бою отличились троицкие служки Пимен Тененев и Михаил Паглов; первый ранил в лицо из лука самого Лисовского, так что тот свалился с коня; а второй убил пана Юрия Горского, избил многих ляхов, пытавшихся отнять его тело, и овладел им вместе с конем. Прославились еще своими подвигами московский стрелец Нехорошко и клементьевский крестьянин Никифор Шилов. Но особенно «охрабрил» (по выражению летописца) чудотворец Сергий троицкого слугу Анания Селевина, выезжавшего в поле на быстром коне. Поляки и русские изменники так его боялись, что избегали близко встретиться с ним и старались убить его издали, т. е. застрелить; но тщетно. Тогда поляки решили обратить свои выстрелы на его коня; вследствие чего на разных вылазках конь его был ранен шесть раз, а от седьмой раны пал. Анания принужден был сражаться пеший. Тут его ранили из пищали в большой палец ноги и раздробили всю плюсну. Нога его распухла, но он продолжал ратоборствовать. Его опять ранили в ту же ногу и разбили колено. Нога отекла до пояса, и Анания оттого скончался.
По истечении зимы военные действия оживились, так что весною и летом 1609 года с одной стороны возобновились приступы поляков, с другой усилились вылазки осажденных. Вследствие приходивших с северо-запада известий об успешных действиях Скопина-Шуйского и союзного шведского отряда, Сапега и Лисовский уже в конце зимы стали готовиться к решительным приступам. Между прочим, в таборах Лисовского приготовили большие подвижные щиты или тарасы, сделанные из двойных бревен с отверстиями для стрельбы; каждый щит утвердили на четырех санях, которые должны были тащить к стенам на своих лошадях мужики, собранные из окрестных волостей. Кроме того, Сапега требовал подкреплений из Тушинского лагеря или из «больших таборов», как называли его русские. Но Лжедимитрий также туго оказывал помощь осаждавшим Троицкий монастырь, как и царь Василий осажденным, отзываясь тем, что ему самому приходится плохо ввиду успехов царского северо-западного ополчения.
Второй большой приступ произведен был ночью на 28 мая. Неприятели скрытно подвезли к станам бревенчатые щиты на колесах и всякие «приступные козни» или «стенобитные хитрости»; приставили лестницы и полезли на стены, а ворота стали бить «проломными ступами» или таранами. Но осажденные уже знали о предстоящем приступе и приготовились. Из нижних или подошвенных боев встретили нападающих огнем пушек и пищалей, а сверху стен бросали на них бревна и камни, обливали кипятком с калом, горящею смолою и серою и засыпали им глаза толченою известию. Ратным людям при сем помогали и женщины. Архимандрит с оснащенным собором в это время пел молебны в соборном Троицком храме. Приступ продолжался всю ночь. Когда рассвело, неприятель, видя большие понесенные им потери, со стыдом отступил. Осажденные сделали вылазку, перебили и взяли в плен многих отсталых. Тарасы, лестницы и ступы проломные забрали в монастырь и употребили их на дрова, а пленных ляхов и русских воров приставили к жерновам и заставили их молоть зерно. Спустя ровно месяц 28 июня Сапега возобновил отчаянный приступ с теми же приемами и с таким же неуспехом. На сей раз неприятелю удалось было зажечь часть острога у Пивного двора; но осажденные вовремя его погасили. Пришлось опять отступать с большою потерею. Осажденные снова сделали вылазку и забрали к себе все «стенобитные хитрости». Так окончился и третий большой приступ. В нем участвовал с своим полком пан Зборовский, присланный сюда на помощь из Тушина. По рассказу русского летописца осады, до приступа он укорял Сапегу и Лисовского за их «бездельное стояние» под таким лукошком, как Троицкая Лавра; а после приступа те в свою очередь с насмешкою спрашивали Зборовского: «Почему же ты не одолел этого лукошка?»
После того осада еще продолжалась; но подобные приступы уже не повторялись; хотя число защитников страшно уменьшилось. Если верить летописцу, в монастыре оставалось не более 200 человек, годных к бою: более 2000 ратных людей уже пало или умерло от болезней. Но и число осажденных тоже сильно уменьшилось, и не столько от руки троицких защитников, сколько от необходимости рассылать отряды в разные стороны для сбора продовольствия и для поддержания покорности в соседних областях.
Многие города, прежде покорившиеся Лжедимитрию, теперь отложились от него, били и прогоняли тушинцев и начали помогать царской стороне. Причиною тому были невыносимые поборы и притеснения от ляхов и русских воров, особенно беспощадные грабежи и разорения от казаков. Толчком к этому движению послужили известия о приближении Скопина-Шуйского, об успешных действиях Федора Шереметева, Алябьева и других царских воевод. Восстание поволжских и северных городов против Лжедимитрия началось еще зимою и усилилось весною 1609 года. Так постепенно отложились от него Галич, Кострома, Устюжна, Кинешма, Вологда, Белоозеро, Бежецкий Верх, Кашин, Ярославль, Шуя, Владимир Залесский, Муром, Устюг и другие. Некоторые присягнувшие Самозванцу воеводы пытались противостоять этому движению и подвергались народной казни. Так костромичи жестоко истязали Димитрия Масальского и потом его утопили. Во Владимире народ схватил своего воеводу Вельяминова и отвел его в соборную церковь, чтобы он исповедался (поновился, как сказано в летописи). Соборный протопоп после исповеди вывел его из церкви и сказал: «Сей есть враг Московскому государству». Граждане всем «миром» осудили его на смерть и побили камнями. Отложившиеся от Самозванца города и волости большею частию должны были выдерживать ожесточенную борьбу с его полчищами. Из Тушинских и Троицких таборов отправлялись отряды для их нового покорения и наказания. Одни города удачно отбивались или вовремя получали помощь — кто от волостных жителей, кто от соседних городов и царских воевод; а другие снова попадали в руки тушинцев или сапежинцев и подвергались конечному разорению. В особенности пострадали от Лисовского вновь взятые им Галич, Кострома и Кинешма.