Очищению Среднего Поволжья от воров много содействовал царский воевода Федор Иванович Шереметев, двоюродный брат Петра Никитича, погибшего во Пскове жертвою мятежа.
Еще во время Болотникова, когда Астрахань отложилась от Василия Шуйского и приняла сторону мятежников, послан был туда с ратными людьми Шереметев. Но он не мог взять Астрахань и укрепился на острове Балчике (или Балдинском), где рать его терпела от болезней и недостатка съестных припасов, и в то же время отбивала нападения изменившегося астраханского воеводы князя Хворостинина. Когда Тушинский вор осадил Москву и возмутилась большая часть Поволжья, Шереметев получил приказ идти на помощь. Он покинул Балчик, двинулся вверх по Волге и остановился в Казани. Здесь он промедлил целую зиму. Хотя сам город Казань пребыл верным Василию, но земли Казанская и Вятская находились в очень смутном состоянии; ибо многие недавно покоренные инородцы сего края, т. е. татары, мордва, черемисы и чуваши, пользовались критическим положением государства, поднимали мятежи, провозглашали царем Лжедимитрия и заодно с русскими ворами нападали на немногие русские города, рассеянные в том краю. Шереметев посылал в разные стороны ратных голов с отрядами против мятежников, ходил и сам на них; так он отнял у них город Чебоксары и освободил от осады Свияжск. Только в начале лета он с 3500 ратных людей прибыл в Нижний, который уже несколько раз успел выдержать осаду и отбить толпы мордвы и черемис. Во все Смутное время этот город оставался неизменно верен законному государю и служил самым надежным оплотом Московского государства в северо-восточном краю. Еще до прихода Шереметева второй (по князе Репнине) нижегородский воевода Алябьев отличился своими походами и поисками против городов и волостей, передавшихся Тушинскому царику. С прибытием Шереметева очищение Среднего Поволжья от воров пошло успешнее. Из Нижнего Шереметев двинулся к Москве рекой Окой на города Муром и Касимов. Хан касимовский Ураз-Магомет явился ревностным сторонником Лжедимитрия, и доселе попытки царских воевод к его усмирению оканчивались поражениями. Шереметев взял Касимов приступом. Тут прибыли к нему из Москвы князь Семен Прозоровский и Иван Чепчугов с благодарственным словом от царя за верную службу, но вместе и с выговором за то, что он идет слишком мешкотно на помощь Москве и Троицкой Лавре.
Москва испытывала тогда двойное бедствие: тушинцы теснили ее извне, а смуты угнетали внутри. Ближайшим поводом к последним служил недостаток продовольствия. Пока коломенская дорога не была совершенно закрыта, из Рязанской области продолжались подвозы съестных припасов. Но Лжедимитрий с Рожинским вновь попытались отнять этот путь, чтобы выморить Москву голодом. Зимой 1609 года из тушинских таборов отправлен был полковник Млоцкий с отрядом, который осадил Коломну и отрезал ее от Москвы. Между тем как тушинцы плавали в изобилии, даже собаки не успевали пожирать внутренности животных, в столице наступила страшная дороговизна. При таких обстоятельствах неудовольствие против Шуйского в народе, конечно, возросло. Противная ему партия думала воспользоваться тем для его свержения. Но открыто выступили не знатные люди, а второстепенные, именно князь Роман Гагарин, известный рязанский дворянин Григорий Сумбулов и Тимофей Грязной. 17 февраля, собрав толпу буянов, они явились в Кремль, пришли в Боярскую думу и звали бояр на площадь. Но те уклонились и разъехались по домам. На площадь вышел только один князь Василий Голицын, прежде ревностный соучастник в заговоре против первого Лжедимитрия, а теперь соперник Шуйского и претендент на престол. Мятежники отправились в Успенский собор и звали патриарха. Гермоген вышел на Лобное место и спрашивал толпу, что ей нужно. Вожаки начали кричать: «Царь побивает и сажает в воду нашу братию дворян и детей боярских, а их жен и детей (истребляет) втайне, и таких побитых уже с две тысячи. Вот и теперь нашу братию повели сажать в воду». Патриарх потребовал, чтобы назвали их имена; но заговорщики отвечали общими местами. Гермоген упрекал их во лжи и клевете. (Однако мы знаем, что Шуйский потопил много изменников.) Затем заговорщики начали громко читать грамоту, составленную русскими отщепенцами в Тушинском лагере. В этой грамоте говорилось, что «князя Василия Шуйского выбрали на царство одной Москвой, а иные города того не ведают, и князь Шуйский нам не-люб; ради его льется кровь и земля не умиряется, а потому на его место надо выбрать иного царя».
На эту грамоту патриарх Гермоген ответил пространным и сильным словом.
«Доселе Москве, — говорил он, — ни Новгород, ни Казань, ни Астрахань, ни Псков и ни которые городы не указывали, а указывала Москва всем городам. Государь царь и великий князь Василий Иванович всея Русии возлюблен, избран и поставлен Богом и всеми русскими властьми, и московскими бояры, и вами дворяны, и всякими людьми всех чинов и всеми православными Христианы, и изо всех городов на его царском избрании и поставлении были в те поры люди многие и крест ему целовали вся земля, что ему государю добра хотети, а лиха и не мыслити; а вы, забыв крестное целование, немногими людьми восстали на царя, хотите его без вины с царства свести, а мир того не хочет, да и не ведает, да и мы с вами в тот совет не приставаем же». Далее патриарх укорял мятежников в клятвопреступлении, в измене вере и государству, и доказывал им, что если кровь льется и земля не умиряется, то делается волею Божиею, а не царским хотением.
Слова архипастыря подействовали на народ. Притом большинство московских граждан ясно сознавало, что если выбирать между Тушинским вором и царем Василием, то последний все-таки служил представителем законной власти и государственного порядка, тогда как с понятием о тушинцах уже соединялось понятие о грабежах и насилиях с одной стороны, о грубом обмане и самозванстве с другой. Поэтому никто не пристал к толпе мятежников. Тщетно с Лобного места она шумно потекла во дворец, думая напугать царя Василия и принудить его к отречению. Около него успели собраться начальники ратных людей. Царь мужественно встретил толпу и сказал ей, что если его хотят убить, то он готов принять смерть, но что свести его с престола без согласия бояр и всей земли никто не может. Смущенные вожаки бежали в Тушино; с ними уехало до 300 человек.
Неудача этого мятежа настолько ободрила Шуйского, что он поступил с несвойственною ему решительностию, когда донесли ему о заговоре, во главе которого стал боярин Ив. Фед. Крюк-Колычов и на котором решено было убить царя в день Вербного воскресенья (вероятно, во время церковной процессии). Колычов, был подвергнут пытке, никого не указал, и потому казнен один; некоторые предполагаемые его сообщники заключены в тюрьму. Однако ропот и волнение в Москве не прекращались. Уважение к царю настолько упало, что служилые и черные люди с криком и воплем приходили к Шуйскому и спрашивали его: до каких пор им сидеть в осаде? Хлеб дорогой, промыслов никаких нет и купить не на что. Царь вступил с ними в переговоры и просил сроку только до Николина весеннего дня, потому что на помощь к нему идет с одной стороны Скопин-Шуйский с новгородским ополчением и шведами, с другой Шереметев с понизовою ратью, а с третьей союзник его крымский хан с своей ордою.
О дороговизне, существовавшей тогда в Москве дают понятие следующие показания современников: в конце февраля четверть сырой ржи стоила один рубль, а сухой 40 алтын, воз сена три рубля и выше. А в начале мая рожь поднялась до полутора и до двух рублей; гороху и крупы гречневой четверть стоила три рубля, овса от 40 алтын до рубля, «добрый» воз сена четыре рубля, корова яловица от 10 до 20 рублей, полот ветчины два рубля. По недостатку топлива, на дрова разбирали дворы опальных людей. Эти цены, как ни высоки они для того времени, показывают, что все-таки торговля съестными припасами не прекращалась и что существовали еще значительные запасы. На дороговизну влияла также жадность богатых хлеботорговцев, которые прятали свои запасы и пускали в продажу только небольшое количество, выжидая еще большего возвышения цен. И действительно, четверть ржи дошла наконец до семи рублей. Тщетно царь убеждал купцов не прятать хлеба; купцы с своей стороны уверяли, что у них запасы истощились. Тогда царь и патриарх обратились к келарю Троицкого монастыря Авраамию Палицыну, и последний (если верить его собственному рассказу) помог делу. У него на Троицком подворье при Богоявленском монастыре оставались еще порядочные запасы ржи, и он вдруг пустил ее в продажу по два рубля. Купцы с своей стороны принуждены были также понизить цену. Когда же прекратилась продажа монастырского хлеба, рожь опять поднялась в цене. Царь снова обратился к келарю; на возражение сего последнего, что монастырские люди на подворье сами могут остаться без пищи, Шуйский обещал выдавать им из собственной казны на покупку хлеба, если цена его даже удесятерится. Палицын послушался и отпустил на рынок еще 200 мер из монастырских житниц, чем снова понизил цену.