Заруцкий с донскими казаками пристал к русскому ополчению, очевидно, питая коварные замыслы. С ним успела сойтись, пребывавшая тогда в Коломне, вдова двух самозванцев Марина и склонила его действовать в ее пользу. По всем признакам, Заруцкий имел в виду посадить на престол ее маленького сына, чтобы самому вместе с нею управлять государством. А потому ни притязания Владислава, ни новая кандидатура шведского принца не были в его интересах, и готовность Ляпунова признать сего последнего сильно ему не нравилась. Затем частые столкновения между ними происходили как из-за казацких грабежей, так из-за вотчин и поместий, которые Заруцкий широкою рукою раздавал своим сторонникам или присваивал лично себе. Для обуздания такого расхищения государственной и частной собственности, ополченные из двадцати пяти разных городов дворяне и дети боярские, руководимые Ляпуновым, собрались и, «по совету всей земли», постановили приговор, от 30 июня 1611 года.
Этот приговор главным образом настаивал на следующем: чтобы воеводы-правители жаловали ратных людей по их заслугам, а не «чрезмеру»; чтобы каждый начальник взял себе вотчины и поместья одного из бояр, сидевших в Москве вместе с поляками, дворцовые же села и черные волости, а также остальные поместья и вотчины бояр, сидевших в Москве, обратили бы на содержание ратных людей; чтобы о холопах этих дворцовых бояр, ушедших в казаки, составить особый приговор. Далее в этой грамоте следовало челобитье, чтобы начальники хранили согласие друг с другом и не попрекали бы один другого Тушиным (т. е. бывшею службою у вора и его пожалованием). Та же грамота предписывала отобрать вотчины и поместья у лиц, которые завладели ими неправильно в последнее время без земского приговора, т. е. земли, розданные королем, Сапегою, Заруцким и т. п. Для водворения порядка в отобрании и раздаче поместий установлен был в ополчении свой собственный Поместный приказ, а для суда над своевольниками и грабителями свой Разбойный приказ; без земского приговора, однако, не разрешалось творить смертную казнь. Для посылок по городам постановлено выбирать из дворян и детей боярских раненых и неспособных к бою, а здоровых воротить в полки. Старых казаков предполагалось поверстать поместными и денежными окладами или выдавать им хлебный корм и деньги из дворцовых приказов, но не позволять им самим наезжать на дворцовые села и черные волости, там насильничать и грабить. А тех крестьян и людей (холопей), которые в Смутное время ушли от своих помещиков к другим, велено возвращать к их господам. Но значительная часть таких беглых крестьян и холопей вступила в ряды казачества. Следовательно, означенный приговор должен был очень не понравиться Заруцкому и вообще казакам; так что, вместо согласия, он только усилил их вражду к Ляпунову. Сей последний, опираясь на решение земского совета, приказывал подчиненным себе воеводам строго наказывать казаков, пойманных на грабеже; что еще более разжигало ненависть к нему казачества.
Один из таких второстепенных воевод, Матвей Плещеев, близ Москвы у Николы на Угрешах поймал на грабеже 28 казаков, и, без суда, велел их бросить в воду. Товарищи вынули их из воды и привезли в свои таборы. По этому поводу собрался казачий круг, на котором много шумели и грозили убить Ляпунова. Дело приняло такой оборот, что Прокопий Петрович счел себя небезопасным в собственном стану и, отказываясь от начальства, хотел уехать в Рязань. Однако дворяне догнали его под Симоновым монастырем и убедили воротиться. Он остановился ночевать в острожке у Никитских ворот; на следующее утро собралась вся рать и уговорила его оставаться начальником по-прежнему. Но такой исход дела не был в интересах Заруцкого. Этот полурусский, полуполяк, по-видимому, стакнулся с начальником польского гарнизона Гонсевским и помог ему погубить Ляпунова самым гнусным способом.
Сочинены были две грамоты, искусно подделанные под руку Ляпунова: в одной он будто бы приказывал по всем городам хватать казаков и предавать казни, а в другой будто предлагал полякам предать казаков в их руки. При обмене какого-то пленного казака Гонсевский велел сообщить эти грамоты атаману Заварзину. Разумеется, тот показал их товарищам. Произошло большое волнение: казаки собрали круг и послали звать Ляпунова. Он сначала отказывался; но некоторые дворяне сами уговорили его пойти в круг, уверяя, что ему легко будет оправдаться и что казаки ничего ему не сделают. Ляпунов наконец согласился и пошел, сопровождаемый кучкою дворян и детей боярских. Когда ему показали грамоты, он сказал, что рука похожа на его руку, но писал не он. Тут поднялся большой шум; клевреты Заруцкого с криком изменник бросились на Ляпунова и изрубили его саблями. Из дворян только Иван Ржевский, хотя недруг Прокопия, пытался защитить его и тоже был изрублен.
Так погиб этот замечательный деятель Смутного времени, «бодренный воевода» и «властель Московского воинства», по выражению летописцев. К сожалению, несомненная храбрость и талантливость соединялись у него с недостатком осмотрительности и рассудительности. Одушевленный главною идеей очистить Россию от поляков, он не затруднился заключать сомнительные союзы: готов был призвать опять шведов, думал даже воспользоваться Сапегою, а, главное, слишком неосторожно то враждовал, то дружил с такою ненадежною силою, каково тогда было казачество, да еще во главе со столь злонравною личностью как Иван Заруцкий. Впрочем, в сем отношении нельзя осуждать Ляпунова: казачество все-таки считалось служилым сословием, и, если оно более других классов обнаружило наклонности к своеволию и воровскому образу действия, то существовало и могучее звено, связывавшее его с земством, именно православие и русская народность казачества; а борьба велась тогда главным образом под знаменем православия. Но, по-видимому, в самом служилом сословии дворян и детей боярских еще была какая-то шатость или крамола в отношении Ляпунова; иначе трудно объяснить, почему он принужден был пойти почти на явную смерть и почему земское ополчение так мало оказало ему защиты. Без сомнения, своею гордостию и повелительным тоном он вооружил против себя даже многих товарищей. Будучи только думным дворянином Ляпунов, по словам летописца, «вознесся не по своей мере»: он высокомерно обращался не только с боярскими детьми, но и с самими боярами; приходившие к нему на поклон прежде, нежели допускались в его избу, многое время стояли перед нею. Он был слишком горяч, невоздержан на язык и легко разражался крупною бранью, не обращая внимания на заслуги и знатную породу. Во всяком случае, его недостатки не могут в глазах истории затмить его славу как даровитого, энергичного вождя и ревностного патриота, положившего свой живот на службе погибавшему отечеству.