Как бы то ни было, старица Марфа уехала с своим сыном в Кострому; но они поселились не в самом городе, а укрылись за каменными стенами Ипатьевского монастыря, который был основан в XIV веке мурзою Четом, предком Годуновых, и отделяется от города только рекой Костромой при самом ее впадении в Волгу.
13 марта прибыло в Кострому торжественное московское посольство, отправленное Великою Земскою думою. На следующий день после обедни оно, вместе с костромскими воеводами, духовенством, служилыми людьми и толпою обывателей, двинулось в монастырь при колокольном звоне, предшествуемое хоругвями и образами, в числе которых находилась почитаемая чудотворною икона Федоровской Богородицы. Марфа и ее сын встретили шествие у ворот обители и приложились к иконам. Услыхав, зачем приехало посольство, великая старица с плачем и гневом говорила, что она не благословит сына, и долго не соглашалась следовать за послами в монастырский Троицкий храм; едва ее умолили. Тут отслужили молебен, а затем подали Марфе и Михаилу соборные грамоты и начали излагать те речи, которые были написаны в посольском наказе. Архиепископ Феодорит и боярин Шереметев били челом и говорили поочередно о предшествовавших событиях Смутного времени и об избрании Михаила Федоровича на вдовствующий престол Московского государства с усильною просьбою поспешить своим прибытием в царствующий град. Выслушав их, Михаил с плачем отвечал, что у него и помышления не было о такой великой чести. Старица Марфа с гневом говорила, что сын ее еще не в совершенных летах, а «Московского государства всяких чинов люди по грехам измалодушествовалися, и, дав свои души прежним государям, служили им не прямо, изменяли». Видя их измены, клятвопреступления, убийства и поругания прежним государям, и прирожденному государю теперь трудно быть на Московском государстве. К тому же оно разорилось до конца от польских и литовских людей и от русских воров; сокровища царские вывезены, дворцовые села и черные волости розданы в поместья всяким служилым людям и запустошены, и кому приведет Бог быть на Владимирском и Московском государстве царем и великим князем, нечем жаловать служилых людей, исполнять свои царские обиходы, стоять против своего недруга польского короля и иных пограничных государей. И потому еще она, старица Марфа, не может благословить своего сына на государство, что отец его митрополит Филарет находится у короля в Литве и тот может учинить над ним какое зло.
Послы стали усиленно молить Михаила и его мать, чтобы не призрили соборного приговора и челобитья и не взирали на примеры недавних государей, которые сели на государство или насилием, или обманом; а что «ныне Московского государства люди наказалися и пришли в соединение во всех городах, за христианскую веру хотят помереть, Михаила обрали всею землею и крест целовали служить ему и прямить и кровь за него проливать». А ради отца его митрополита Филарета Великая Дума посылает к королю посольство с предложением обменять его на многих польских и литовских людей. Старица и Михаил продолжали отказываться. Тогда архиепископ Феодорит взял на руки икону Федоровской Богородицы, а келарь Авраамий образ московских митрополитов Петра, Алексея, Ионы и вместе со всем народом стали «бить челом с великим воплем и со многим слезным рыданием». Архиепископ грозил, что Бог взыщет на них за будущее конечное разорение Московского государства, за поругание святых Божиих церквей, честных икон и многоцелебных мощей. Челобитье и переговоры продолжались с третьего часа дня до девятого. Наконец старица Марфа не устояла против всенародного моления и челобитья и, преклонясь перед чудными иконами, благословила сына на Владимирское, Московское и на все государства Российского царства. Михаил принял благословение и царский посох от архиепископа Феодорита и всего освященного Собора. Духовенство отслужило благодарственный молебен и провозгласило многолетие молодому государю. Молебны эти пелись потом в течение трех дней по всем местным церквам. С радостною отпискою о благополучном исполнении своего поручения послы отправили в Москву дворянина Усова и зарайского протопопа Димитрия. День 14 марта 1613 года должен навсегда остаться памятным в русской истории.
В этой повести об отказах и мольбах, происходивших в Костромском Ипатьевском монастыре и предшествовавших согласию Михаила на его избрание, нельзя не заметить некоторые общие черты с тем, что происходило шестнадцать лет тому назад, т. е. 21 февраля 1598 года в Московском Новодевичьем монастыре, когда патриарх с крестным ходом пришел умолять Бориса Годунова о принятии короны. А потому, кроме весьма естественных страхов и опасений матери и сына принять избрание при таких печальных и трудных обстоятельствах, не должно забывать, что в сих трогательных сценах участвовал также и древний русский обычай. В силу этого обычая и понятий того времени, не следовало легко и скоро принимать вообще какой-либо выдающийся почет, а тем более столь высокую и многотрудную степень, каковую представляло царское достоинство.
19 марта Михаил Федорович с матерью, соборными послами и многими служилыми людьми выехал из Костромы; а на третий день прибыл в Ярославль. Тут он, подобно Пожарскому, оставался продолжительное время, пребывая в Спасском монастыре. С одной стороны, его задерживала весенняя распутица, а с другой, он не спешил ради многих неустройств, происходивших в Москве и вокруг нее, и выжидал, пока дела придут в больший порядок, и столица приготовится к должному принятию новоизбранного государя. Сюда съехались из соседних городов многие дворяне, дети боярские и торговые люди на поклон государю. Во все это время между ним и Великою Земскою думою происходили деятельные сношения и взаимная пересылка грамотами. Юный царь посылал разные предписания, а Собор приводил их в исполнение и обо всем его извещал. Главным предметом заботы служила, во-первых, оборона государства от поляков, шведов, Ивана Заруцкого и воровских шаек; для чего в Москве снаряжали служилых людей и посылали подкрепления угрожаемым местам. Во-вторых, велено было собирать отовсюду запасы в московские дворцовые помещения «для государева обихода» к его приезду; для чего во все дворцовые села рассылались писцы и сборщики. При сем не обошлось без большой докуки от дворян и детей боярских, которые в Смутную эпоху завладели многими дворцовыми имуществами; теперь же царские чиновники их отписывали обратно на государя. Немало беспокойств причиняли также разбойничьи и воровские шайки, которые производили грабежи и убийства в окрестностях столицы и делали небезопасным самый путь между ними и Ярославлем. Обо всем этом государь писал Земской думе и требовал принятия надежных мер. Само собой разумеется, если возьмем в расчет крайнюю юность и неопытность Михаила Федоровича, то поймем, что все эти полезные и предусмотрительные распоряжения, исходившие от его имени, внушались его руководителями, т. е. матерью и боярином Шереметевым; им, по всей вероятности, помогали и другие члены московского посольства, например, архиепископ Феодорит, келарь Авраамий, дьяк Болотников и пр.
Только 16 апреля Михаил с своею свитою выехал из Ярославля и на другой день прибыл в Ростов. Здесь он промедлил несколько дней; потом остановился в Переяславле-Залесском и в Троицкой Лавре. Везде он вместе с матерью обходил «честные» монастыри, молился «чудотворным» иконам и кланялся ♦ многоцелебным» мощам. С дороги государь не раз писал в Москву и изъявлял свое неудовольствие на то, что власти не принимали энергичных мер против разбойников и воров, которые продолжали грабить и убивать людей; чем отчасти объяснял замедление своего прибытия. Власти оправдывались, как могли. Земская дума прислала новое торжественное посольство с просьбою поспешить своим прибытием в царствующий град. Во главе посольства находились архиепископ суздальский Герасим, князь Воротынский, боярин Морозов, князь Мезецкий и дьяк Иванов. Оно приветствовало царя рано поутру 1 мая в селе Братовщине. На следующий день, 2 мая, в воскресенье, совершилось торжественное шествие Михаила и его матери в Москву. Их встретили за городом митрополит ростовский Кирилл со всем освященным собором и со крестами, бояре, дворяне и всяких чинов люди с женами и детьми. Они прибыли прямо в Успенский собор, где совершены были молебны; государь принял благословение от митрополита и архиепископов; пожаловал бояр и дворян и всяких чинов людей «велел быть у своей царской руки»; а они «здравствовали ему с радостнотворными слезами». Из Успенского собора он прошел в Архангельский поклониться гробам почивших государей, а отсюда в Благовещенский. Затем он расположился в разоренном Кремлевском дворце в тереме царицы Анастасии Романовны; этот ветхий терем к его приезду власти кое-как успели привести в порядок; а для старицы Марфы приготовили хоромы в Вознесенском девичьем монастыре. В каком страшном разорении находились тогда не только город и посады московские, но и самый Кремль, о том наглядно свидетельствуют большие хлопоты о помещении новоизбранного государя. Сначала окружающие Михаила из Ярославля писали в столицу, чтобы для него приготовили палаты бывшей царицы Ирины Федоровны, а для матери его хоромы супруги Василия Шуйского. Но от Великой думы получился ответ, что те палаты и хоромы стоят без кровель, без полов и лавок, без дверей и окон; в казне денег нет, плотников и подходящего лесу тоже под рукой не имеется, и вскоре добыть их нельзя.