В том же году прежде коронования ходил в Серпухов с полками, затеяв, будто крымский хан идет, а более для того делал, чтоб в войске людей к себе приласкать, потому во оном походе многие милости показывал. При Серпухове пришли из Крыма русские посланники Леонтий Ладыженский с товарищами и сказали, что мир утвердили. С ними ж пришли и от хана послы. Июня 29 числа принимал он крымских послов с великим убранством в шатрах. Войско же поставлено было все возле дороги в лучшем убранстве, которое протянулось на 7 верст. И оных послов, одарив, отпустил. После отпуска послов, послав некоторое количество войск для оберегания на украину, прочее распустив, возвратился в Москву июля 6 числа.
В том же году в Сибири из Тары ходили воеводы на царя Кучума, оного войско разбили и взяли его 8 жен, 3-х сыновей, которых прислали в Москву. И за то оным воеводам и служивым даны были золотые, а Строгановым великие земли в Перми. Царевичам же определил нескудный корм и честное содержание.
1598. Сентября 1 короновался царь Борис Федорович от патриарха, Мстиславский корону нес и золотыми осыпал. В Сибири построен город Мангазея от князя Василия Масальского-Рубца 1599 году.
1599. Пришел в Москву по призыву королевич шведский Густав, сын Эрика 14 короля шведского, который имел намерение жениться на дочери царя Бориса. Но видя из-за того со шведами быть войне, царь Борис дал ему Углич в удел и отпустил его туда со всеми служителями. Он, не приняв закон греческий, скончался 16 числа в Угличе. Оный королевич после приезда был у государя за столом, и сидели за одним столом, только блюда были разные, а ели с золота. И царевича Казачьей орды Бур-Мамета, который приехал при царе Феодоре, пожаловал городом Касимовым с волостями, и приехавшие с ним и с другими царевичами татары там поселились. Слышал царь Борис, что около Астрахани Ногайская орда умножается и дети ханские разделились, опасаясь впредь от них вреда, писал в Астрахань к воеводам, чтоб они братьев тех поссорили. Которое так сделано, что они, друг на друга нападая, множество меж собою побили и мало что их осталось, множество же детей русским продавали по рублю и меньше, и погибло их более 20 000 человек.
Царь Борис, будучи похитителем престола русского, всегда опасался, чтоб его с престола не ссадили и другого не выбрали, и начал тайно выведывать, что где про него говорят, наиболее же опасался Шуйских, и Романовых, и других знатных людей, умыслил людей их подкупать и научать, чтоб на бояр своих в измене доводили. И первый явился Воинко, служитель князя Федора Шерстунова. И хотя он, закрывая свою злость, тому боярину ничего не сделал, но служителю оному на площади велел объявить дворянство и дал деревни, написав по городу. Что служителей многих в волнение привело и, сговорясь, многие стали на господ своих доводить, поставляя в свидетели свою братью, таких же воров. И в том много невинных перепытано, а особенно холопов, которые, помня страх Божий, истину говорили и невинность господ своих утверждали, в чем наиболее служители Шуйских и Романовых себя показали. Доносчиков же, хотя б и не довели, жаловал по городам в дети боярские, отчего великая смута учинилась, многие дома были разорены после столь жестоких и коварных происков. Дома Александра Никитича Романова служитель Второй Бахтеяров, быв у него казначеем, умыслив обман, набрав всяких кореньев мешок, по научению князя Дмитрия Годунова, положил в казенную и пошел доводить, сказал про коренья, якобы господин его приготовил на умерщвление царское. Царь же Борис послал окольничего Михаила Салтыкова с товарищами. Они же придя в казенную, не искав, по показанию оного обманщика взяли оные коренья, привезли и пред всеми боярами объявили, а Федора Никитича с братиею привели при том же и отдали под крепкие караулы с великим руганием. А также послали в Астрахань за князем Иваном Васильевичем Сицким, который Романовым был ближней свойственник, велели его привести скованным. И как оных Романовых, так и племянника их князя Ивана Борисовича Черкасского многократно к пытке приводили, людей же их лучших всех пытали. И хотя многие на пытках померли, но никто на них ничего не сказал. И видя, что ничего доказать не могли, послали их в ссылки: Федора Никитича Романова в Сийский монастырь и, там постригши, нарекли Филаретом; Александра Никитича Романова в Поморье Кольское, село Луду, и там его Леонтий Лодыженский задушил; Михаила Никитича Романова в Пермь, от Чердыни 7 верст, и там его голодом морили, но поскольку мужики тайно кормили, того ради его удавили; Ивана да Василия Никитичей Романовых в Сибирь в город Пелым, и Василия удавили, а Ивана голодом морили, но мужик тайно его прокормил; зятя их князя Бориса Канбулатовича Черкасского, с ним же детей Федора Никитича Романова, сына и дочь, сестру Настасью Никитишну и жену Александра Никитича на Белоозеро в тюрьму; князя Ивана Борисовича Черкасского в тюрьму в Еренск; князя Ивана Сицкого в Конжеозерский монастырь, а княгиню его в пустыню, и там их, постригши, удавили; Федора Никитича Романова жену Ксению Ивановну, постригши, нарекли Марфою и, сослав в Заонежский погост, велели уморить с голоду, но кресгьянин тайно ее пропитал. Сии крестьяне, и что Ивана Никитича в Сибири спасли, до сих пор никаких податей наследники их не платят. Свойственников их, Репниных, Сицких и Карповых, разослали по городам, а деревни их все раздали, пожитки же и дворы распродали. Через некоторое время вспомнил Годунов грех свой, велел Ивана Никитича Романова с женою, князя Ивана Борисовича Черкасского детей и сестру Федора Никитича привести в вотчину Романова, Юрьевского уезда село Клин, и жить тут за приставом, где они были до смерти царя Бориса. Сицких же выпустив, велел быть на Низу по городам в воеводах, а князь Борис Конбулатович Черкасский в тюрьме умер. Князя Ивана сына Василия Сицкого велел привести к Москве, но посланный по дороге его задавил. Доносчики же оные друг друга перерезали и все пропали.
Город Смоленск доделали при царе Борисе, а камень возили из Рузы и Старицы, известь жгли в Бельском уезде. Из Польши пришли великие послы. Лев Сапега с товарищами, и сделали перемирие на 20 лет. Построен город Царев Борисов, строил Богдан Яковлевич Вольский с войском. А поскольку оный к ратным людям великою милость показывал, и им войско хвалилось, того ради привело его у царя Бориса в подозрение, и без всякой причины, ограбив его, сослал в ссылку, и он в тюрьме умер. Другие сказывают, якобы Бельский отцу духовному в смерти царя Иоанна и царя Федора каялся, что сделал по научению Годунова, о чем поп тот сказал патриарху, а патриарх царю Борису, после чего тот немедленно велел Бельского, взяв, сослать. И долго о том, куда и за что сослали, никто не ведал. В Польшу посланы послы Михаил Глебович Салтыков да Василий Осипович Плещеев.
Августа 15 был великий мороз, позябли все жита на полях, и сделался великий голод на три года, а потом мор. Тогда ж на месте, где были хоромы царя Иоанна, для пропитания людей сделали каменные палаты, что ныне Набережный двор, и другие многие строении для пропитания народа заведены, чрез что множество народа прокормлено и от смерти избавлено. Тогда ж были послы персидские с великими дарами. А также были английские послы и просили, чтоб им в Персию торговать позволено было, и о том с ними договорились. В Крым послан был князь Федор Борятинский, но поскольку его дела непорядочными явились, послали князя Григория Волконского, который с мирными договорами возвратился, и дана ему старинная их вотчина на речке Волконке.