К Пожарскому, лечившемуся от ран в селе Мугрееве Суздальского уезда, поехала делегация во главе с архимандритом Нижегородско-Печерского монастыря Феодосием и дворянином Болтиным. Согласно тогдашнему этикету, князь долго отказывался, но затем согласился возглавить ополчение.
По некоторым данным, К. Минин ездил к нему ранее и обо всем предварительно договорился. Теперь уже Пожарский потребовал Кузьму на пост хозяйственного руководителя ополчения как условие своего согласия.
В октябре 1611 года князь Дмитрий с семьей и в сопровождении вооруженных холопов, послужильцев прибыл в Нижний Новгород. Перед ним стояла задача – сформировать и возглавить армию, способную разгромить интервентов. Такого опыта Пожарский еще не имел. Однако стараниями его и Минина костяк армии был к началу 1612 года создан.
Высланные Пожарским отряды навели порядок на севере и северо-востоке. Многие крупные землевладельцы увидели во втором, Нижегородском, ополчении многообещающую силу и перешли на его сторону. К февралю 1612 года в ополчении было уже много знати, которая вместе с представителями городов составила правительство – «Совет Всей Земли», обосновавшееся в Ярославле. Численность ополчения к этому времени составила уже 10 тысяч человек. Вошли в него и татарские отряды из Касимова, Темникова, Алатыря и Кадома.
В начале июля были получены сведения о движении к Москве войска гетмана Ходкевича. Дмитрий Михайлович направил передовые отряды к столице, двинулись вслед за ними и основные силы. В ночь на 20 августа ополчение стояло у Москвы и блокировало Кремль. Ходкевич опоздал на полтора дня.
Казаки и дворяне князя Д. Трубецкого тоже стояли под стенами столицы, но необходимого доверия между ними и ратниками Пожарского не было. Нижегородцы принялись возводить укрепленный лагерь на другом берегу Яузы. Уже 22 августа лагерь атаковали венгерские и запорожские конники, затем началась рукопашная схватка. Ходкевич потеснил Пожарского, с другой стороны ударили по ополченцам поляки из Кремля. Князь Д. Трубецкой, получивший накануне от князя Дмитрия пять сотен всадников, отнюдь не спешил идти на помощь.
Командиры сотен, поддержанные частью казаков, не выдержав бездействия, ударили по полякам с фланга. Враг был отброшен с большими потерями. Так провалилась первая попытка гетмана Ходкевича пробить блокаду кремлевского гарнизона. 24 августа укрепившийся у Донского монастыря гетман попытался взять реванш. Поляки атаковали одновременно отряды Пожарского и Трубецкого. Опорный пункт казаков – церковь Климента на Пятницкой – переходил из рук в руки, ожесточенный бой с ополченцами шел у Крымского брода. Победу русским воинам принес К. Минин, ударивший с четырьмя сотнями отборной конницы и опрокинувший у брода польские роты. Снова Ходкевич потерпел большой урон в людях и потерял 400 возов с провиантом. Поняв безнадежность своих попыток, гетман бросил на произвол судьбы кремлевский гарнизон и ушел к Вязьме. Через два месяца, 22 октября, ополченцы Пожарского освободили Китай-город. 27 октября 1612 года капитулировал польский гарнизон в Кремле.
Между тем польский король Сигизмунд с армией в шесть тысяч человек шел на Москву. Он не знал о взятии Кремля. Пожарский, Трубецкой и Минин серьезно обеспокоились. К этому времени большая часть дворян уже разъехалась по домам. Теперь вся надежда была на казаков. Пожарский смог договориться с ними. Атаманам дали поместья, казакам – жалованье и право строить дома в Москве. Королевские войска были изгнаны на запад от Волоколамска. Вскоре съехались в столицу участники Земского собора для избрания царя. После долгих обсуждений они избрали нового государя: шестнадцатилетнего Михаила Романова, сына тушинского патриарха Филарета, двоюродного брата царя Федора (по женской линии).
Так 21 февраля 1613 года закончилось правление Пожарского, Трубецкого и Минина. Тогда же князь стал боярином, а Минин – думным дворянином. Новые власти не очень желали видеть рядом тех, кому они были обязаны троном, при всяком столкновении с родственниками нового царя Пожарскому постоянно указывали на его «худородность», а в конце 1613 года при очередном местническом споре его выдали головой боярину Б. М. Салтыкову. Однако вскоре с Пожарским пришлось говорить иначе. Знаменитый польский атаман Лисовский тревожил своими набегами юго-запад страны. Князя Дмитрия послали против его старого врага. Весной 1615 года под Орлом произошла битва. Не выдержав удара шляхетской конницы, бежал второй воевода Ислентьев с частью войска. Пожарский приказал оставшимся – их было в три раза меньше, чем «лисовчиков», – укрыться за возами. Атаки противника были отбиты, русские воины захватили пленных. Затем вернулись и беглецы Ислентьева, и Лисовский бежал. Позднее он погиб в Комарицкой волости.