Когда прошли первые восемь лет послушания, Прохор был пострижен в монахи и вскоре посвящен в иеродиакона. Игумен Пахомий, знавший о его пламенеющей вере, дал ему при постриге имя Серафим.
После посвящения в сан диакона преподобный почти каждый день участвовал в совершении Божественной службы. Оставшееся время он проводил в келье, стоя читал Священное Писание и святых отцов.
В это время ему было еще одно видение. За литургией Великого четверга, которую совершал игумен Пахомий, преподобный Серафим, как диакон, вышел на амвон и возгласил: «Господи, спаси благочестивыя и услыши ны!» При этом он должен был, по уставу, навести орарем на присутствующих. Но вдруг выражение лица его изменилось, он был не в состоянии произнести ни слова. Все поняли, что он имел видение. Два иеродиакона взяли его под руки и ввели в алтарь.
Три часа отец Серафим был не в состоянии что-либо сказать. Когда речь вернулась к нему, он смиренно сообщил игумену: «После малого входа и паремий возгласил я, убогий, в царских вратах: „Господи, спаси благочестивыя и услыши ны“,— и навел на предстоящих орарем и возгласил: „И во веки веков“ — вдруг озарил меня луч как бы солнечного света. Взглянув на сияние, я увидел Господа Бога нашего Иисуса Христа во образе Сына Человеческого, в славе, сияющего неизреченным светом и окруженного, как бы роем пчелиным, небесными силами: ангелами, архангелами, херувимами и серафимами. От западных церковных врат Он шел по воздуху, остановился против амвона и, воздвигши Свои руки, благословил служащих и молящихся. Затем Он, вступив в местный образ Свой, что близ царских врат, преобразился... Я же, земля и пепел, сретая тогда Господа Иисуса Христа на воздухе, удостоился особенного от Него благословения. Сердце мое возрадовалось тогда чисто, просвещенно, в сладости любви ко Господу».
Епархиальный епископ Феофил, сам требовательный монах, зная о смиренном житии молодого монаха и заботясь о пользе церковной, посвятил его 2 сентября 1793 года во иеромонаха. Облеченный благодатью священства, преподобный Серафим продолжал прежнее аскетическое житие. После смерти престарелого игумена Пахомия преподобный Серафим решил перейти к отшельничеству, вне монастыря. В холодное зимнее утро в конце 1794 года преподобный Серафим оставил обитель и с трудом, через высокие снега, лесом пошел к маленькой хижине. Он ничего с собой не взял, кроме Евангелия и священных сосудов для литургии.
Отшельник был одет в белый балахончик; на ногах лапти и старая камилавка на голове. На груди носил он крест — благословение матери, а на спине мешок с камнями и Евангелием. На груди под рубахой он носил, кроме того, несколько железных крестов, которые вместе весили около двадцати фунтов, а на спине такие же кресты весом около восьми фунтов. Он был препоясан железным поясом. Зимою рубил он дрова в лесу для своей печки, но топил ее так, что келья едва нагревалась. Летом разводил огород, от плодов которого питался.
Занимаясь работой, преподобный Серафим молился, пел псалмы и тропари, которые знал наизусть. Особенно любил он догматик 1-го гласа «Всемирную славу» — песнь, прославляющую Пресвятую Богородицу, и антифон 1-го гласа «Пустынным непрестанное Божественное желание бывает, мира сущим суетнаго кроме». Ежедневно он прочитывал несколько глав из Евангелия и Посланий, а также аскетические писания святых отцов, просиявших в отшельничестве.
Но основным его занятием оставалась молитва.
На первой неделе Великого поста преподобный не вкушал никакой пищи; только по воскресеньям принимал он святое причастие и ел просфоры. Два года во время своего отшельничества он питался только одним растением, сниткой, летом — свежей, зимою — сушеной и сваренной в воде.
Иногда он рассказывал другим старцам о бесовских искушениях, которые посещали его среди ночи, когда он молился. Ему казалось, что стены хижины исчезали и дикие звери с рычанием нападали на него.
Когда таким способом не удалось изгнать подвижника из уединения, враг напал на него через злых людей. Осенним днем 1801 года преподобный рубил дрова в лесу. К нему подошли трое мужчин в крестьянской одежде и начали требовать от него денег. Они думали, что он много получает от приходящих к нему. Отец Серафим ответил, что у него ничего нет. Несмотря на то, что в руках преподобный Серафим держал топор и был достаточно силен, чтобы защититься, но он решил не сопротивляться и опустил топор на землю. Тогда один из пришедших ударил его обухом по голове. У старца полилась кровь изо рта и ушей, он упал. Избив старца и обыскав хижину, грабители ушли, ничего не найдя. До глубокой ночи лежал старец без сознания на земле. Рано утром он появился в монастыре, весь в крови. Через восемь дней, не видя улучшения, игумен послал за врачами. Пока они совещались, больной заснул. Во сне ему было снова видение Божией Матери и апостолов Петра и Иоанна. Небесная Царица повернулась к врачам и сказала: «Что вы трудитесь?» А потом обратилась к апостолам, сказав: «Сей от рода нашего!» И в это мгновение больной пробудился.